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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7znm | ||||||
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タイトル | Artificial Unspecific Peroxygenase expressed in Pichia pastoris at 2.01 Angstrom resolution | ||||||
要素 | Artificial Unspecific Peroxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Heme / peroxygenase / UPO | ||||||
機能・相同性 | PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Marasmius rotula (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å | ||||||
データ登録者 | Robinson, W.X.Q. / Mielke, T. / Grogan, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023 タイトル: Comparing the Catalytic and Structural Characteristics of a 'Short' Unspecific Peroxygenase (UPO) Expressed in Pichia pastoris and Escherichia coli. 著者: Robinson, W.X.Q. / Mielke, T. / Melling, B. / Cuetos, A. / Parkin, A. / Unsworth, W.P. / Cartwright, J. / Grogan, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7znm.cif.gz | 117.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7znm.ent.gz | 89 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7znm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/7znm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/7znm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7znvC 7znwC 5fujS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 238 / Label seq-ID: 9 - 238
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 26476.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius rotula (菌類) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: unspecific peroxygenase |
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-糖 , 2種, 6分子
#2: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 4種, 351分子
#3: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 0.2 M CaCl2 20% (w/v) PEG 3350 pH 5.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976254 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976254 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→50.57 Å / Num. obs: 39554 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 2861 / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.28 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5FUJ 解像度: 2.01→47.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.214 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.54 Å2 / Biso mean: 28.33 Å2 / Biso min: 16.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.01→47.82 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 7710 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.01→2.062 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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