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- PDB-7zn8: Crystal structure of the light-driven inward proton pump xenorhod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zn8
タイトルCrystal structure of the light-driven inward proton pump xenorhodopsin BcXeR in the ground state at pH 7.0 in the presence of sodium at 100K
要素xenorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / retinal / rhodopsin / xenorhodopsin / ion transport / isomerization / photocycle
機能・相同性EICOSANE / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Bacillus coahuilensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kovalev, K. / Tsybrov, F. / Alekseev, A. / Bourenkov, G. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-CE11-0029-02 フランス
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Mechanisms of inward transmembrane proton translocation.
著者: Kovalev, K. / Tsybrov, F. / Alekseev, A. / Shevchenko, V. / Soloviov, D. / Siletsky, S. / Bourenkov, G. / Agthe, M. / Nikolova, M. / von Stetten, D. / Astashkin, R. / Bukhdruker, S. / ...著者: Kovalev, K. / Tsybrov, F. / Alekseev, A. / Shevchenko, V. / Soloviov, D. / Siletsky, S. / Bourenkov, G. / Agthe, M. / Nikolova, M. / von Stetten, D. / Astashkin, R. / Bukhdruker, S. / Chizhov, I. / Royant, A. / Kuzmin, A. / Gushchin, I. / Rosselli, R. / Rodriguez-Valera, F. / Ilyinskiy, N. / Rogachev, A. / Borshchevskiy, V. / Schneider, T.R. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2022年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.22023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年7月26日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: xenorhodopsin
B: xenorhodopsin
C: xenorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,43975
ポリマ－77,1773
非ポリマー19,26272
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32290 Å2
ΔGint149 kcal/mol
Surface area23690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.600, 109.600, 119.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: FME / Beg label comp-ID: FME / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA1 - 2231 - 223
21GLNGLNBB1 - 2231 - 223
12SERSERAA1 - 2241 - 224
22SERSERCC1 - 2241 - 224
13HISHISBB1 - 2221 - 222
23HISHISCC1 - 2221 - 222

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 xenorhodopsin


分子量: 25725.627 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus coahuilensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 350分子

#2: 化合物...
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.8 M Na/K-Pi pH 8.2 crystals soaked in 1.2 M Na/K-Pi pH 7.0 before harvesting

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.798 Å / Num. obs: 37291 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.293 Å / Rmerge(I) obs: 3.775 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1865 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XIO

1xio


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 8.014 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 1868 5 %RANDOM
Rwork0.1977 ---
obs0.1998 35350 80.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.27 Å2 / Biso mean: 35.505 Å2 / Biso min: 11.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å2-0 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5262 0 745 281 6288
Biso mean--58.69 48.45 -
残基数----667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0136190
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0156793
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0911.6488183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.061.54415611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8955690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.99418.657216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.59315849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6161520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021312
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A7791
12B7791
21A7786
22C7786
31B7752
32C7752
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 41 -
Rwork0.302 727 -
all-768 -
obs--22.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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