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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zn8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the light-driven inward proton pump xenorhodopsin BcXeR in the ground state at pH 7.0 in the presence of sodium at 100K | ||||||
![]() | xenorhodopsin | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / retinal / rhodopsin / xenorhodopsin / ion transport / isomerization / photocycle | ||||||
機能・相同性 | EICOSANE / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kovalev, K. / Tsybrov, F. / Alekseev, A. / Bourenkov, G. / Gordeliy, V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanisms of inward transmembrane proton translocation. 著者: Kovalev, K. / Tsybrov, F. / Alekseev, A. / Shevchenko, V. / Soloviov, D. / Siletsky, S. / Bourenkov, G. / Agthe, M. / Nikolova, M. / von Stetten, D. / Astashkin, R. / Bukhdruker, S. / ...著者: Kovalev, K. / Tsybrov, F. / Alekseev, A. / Shevchenko, V. / Soloviov, D. / Siletsky, S. / Bourenkov, G. / Agthe, M. / Nikolova, M. / von Stetten, D. / Astashkin, R. / Bukhdruker, S. / Chizhov, I. / Royant, A. / Kuzmin, A. / Gushchin, I. / Rosselli, R. / Rodriguez-Valera, F. / Ilyinskiy, N. / Rogachev, A. / Borshchevskiy, V. / Schneider, T.R. / Bamberg, E. / Gordeliy, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zmyC ![]() 7zn0C ![]() 7zn3C ![]() 7zn9C ![]() 7znaC ![]() 7znbC ![]() 7zncC ![]() 7zndC ![]() 7zneC ![]() 7zngC ![]() 7znhC ![]() 7zniC ![]() 1xioS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: FME / Beg label comp-ID: FME / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 25725.627 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 350分子 ![](data/chem/img/LFA.gif)
![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-LFA / #3: 化合物 | ChemComp-OLA / #4: 化合物 | ChemComp-OLC / ( | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 0.8 M Na/K-Pi pH 8.2 crystals soaked in 1.2 M Na/K-Pi pH 7.0 before harvesting |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→49.798 Å / Num. obs: 37291 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.293 Å / Rmerge(I) obs: 3.775 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1865 / CC1/2: 0.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1XIO 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 8.014 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.27 Å2 / Biso mean: 35.505 Å2 / Biso min: 11.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.256 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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