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- PDB-7zn6: Crystal structure of laccase-like multicopper oxidase (LMCO) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zn6
タイトルCrystal structure of laccase-like multicopper oxidase (LMCO) from Thermothelomyces thermophilus
要素Laccase-like multicopper oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, fungi / Fungal multicopper oxidase, cupredoxin domain 3 / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 ...Multicopper oxidase, fungi / Fungal multicopper oxidase, cupredoxin domain 3 / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / OXYGEN MOLECULE / Laccase-like multicopper oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kosinas, C. / Dimarogona, M. / Zerva, A. / Topakas, E.
資金援助 ギリシャ, European Union, 3件
組織認可番号国
Hellenic Foundation for Research and Innovation (HFRI)328 ギリシャ
iNEXT-Discovery16132European Union
University of Patras81074 ギリシャ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structure-function studies of a novel laccase-like multicopper oxidase from Thermothelomyces thermophila provide insights into its biological role.
著者: Kosinas, C. / Zerva, A. / Topakas, E. / Dimarogona, M.
履歴
登録2022年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laccase-like multicopper oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,23915
ポリマ－72,8131
非ポリマー1,42614
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21090 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.855, 74.855, 118.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Laccase-like multicopper oxidase 1 / LMCO


分子量: 72812.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: LMCO1, MYCTH_2063133 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G2QFD0, 酸化還元酵素, laccase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 357分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#7: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NH4Cl 18% w/v PEG 6000 0.1 M MES pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→118.95 Å / Num. obs: 51534 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル

Num. unique obs: 39344 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
1.9-1.9411.91.0280.8860.4561.126
9.11-118.9512.70.0620.9970.0250.067

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold 2.0

解像度: 1.9→74.967 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.184 / WRfactor Rwork: 0.151 / SU B: 6.184 / SU ML: 0.092 / Average fsc free: 0.925 / Average fsc work: 0.9319 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1847 2567 4.986 %
Rwork0.1516 48919 -
all0.153 --
obs-51486 99.996 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 35.061 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.867 Å20 Å20 Å2
2---1.867 Å20 Å2
3---3.733 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→74.967 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4523 0 80 345 4948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0134763
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.71.6666492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3581.5859915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0255582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45921.868257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71515707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0541532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2791
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1850.24076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.22250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.22272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0380.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1090.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1850.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4372.2252316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4372.2242315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2823.3292896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2823.332897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.892.482447
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.892.4812448
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.983.6193594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.983.623595
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.53226.795141
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.48126.365083
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9490.261810.2433625X-RAY DIFFRACTION100
1.949-2.0030.2241600.2173505X-RAY DIFFRACTION100
2.003-2.0610.2232050.1933412X-RAY DIFFRACTION100
2.061-2.1240.2111730.1863341X-RAY DIFFRACTION100
2.124-2.1940.2011450.1613238X-RAY DIFFRACTION100
2.194-2.2710.2161720.1553126X-RAY DIFFRACTION100
2.271-2.3570.1881630.1462989X-RAY DIFFRACTION100
2.357-2.4530.2051190.1512912X-RAY DIFFRACTION100
2.453-2.5620.2221650.1532759X-RAY DIFFRACTION99.9658
2.562-2.6870.1881830.152617X-RAY DIFFRACTION100
2.687-2.8320.2041420.1462496X-RAY DIFFRACTION100
2.832-3.0040.1771100.1412447X-RAY DIFFRACTION100
3.004-3.2110.1651280.1442227X-RAY DIFFRACTION100
3.211-3.4680.1811140.1442083X-RAY DIFFRACTION100
3.468-3.7990.176950.141944X-RAY DIFFRACTION100
3.799-4.2460.139820.1291748X-RAY DIFFRACTION100
4.246-4.9020.154680.1191551X-RAY DIFFRACTION100
4.902-6.0020.157610.1411319X-RAY DIFFRACTION100
6.002-8.4770.168630.1611014X-RAY DIFFRACTION100
8.477-74.9670.229380.201566X-RAY DIFFRACTION99.8347
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.7826 Å / Origin y: 35.7063 Å / Origin z: -0.4031 Å
111213212223313233
T0.0832 Å20.012 Å2-0.0085 Å2-0.0632 Å20.0024 Å2--0.0062 Å2
L1.9419 °2-0.0991 °2-0.5745 °2-0.8488 °2-0.2121 °2--0.9658 °2
S-0.0425 Å °-0.0039 Å °-0.0248 Å °0.0244 Å °0.0375 Å °0.062 Å °-0.0333 Å °-0.0198 Å °0.0051 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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