PDB-7zm5: Structure of Mossman virus receptor binding protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zm5

タイトル

Structure of Mossman virus receptor binding protein

要素

Attachment glycoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Attachment glycoprotein / glycoprotein / receptor binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell membrane / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mossman narmovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Stelfox, A.J. / Bowden, T.A. / Rissanen, I. / Harlos, K.

資金援助

英国,

フィンランド,

米国, 11件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/L009528/1	英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/S007555/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/K503113/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/L505031/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/M50659X/1	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/M508111/1	英国
Academy of Finland	309605	フィンランド
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI123449	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI069317	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI115226	米国
Wellcome Trust	203141/Z/16Z	英国

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and solution state of the C-terminal head region of the narmovirus receptor binding protein.
著者: Stelfox, A.J. / Oguntuyo, K.Y. / Rissanen, I. / Harlos, K. / Rambo, R. / Lee, B. / Bowden, T.A.

履歴

登録	2022年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zm5.cif.gz	443.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zm5.ent.gz	297 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/7zm5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zm6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3) #113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Attachment glycoprotein

B: Attachment glycoprotein

ヘテロ分子

141 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, Size-exclusion chromatography-coupled small-angle X-ray scattering (SEC-SAXS) was performed to assess the oligomerisation state of glycosylated (high mannose) Mossman virus receptor ...根拠: SAXS, Size-exclusion chromatography-coupled small-angle X-ray scattering (SEC-SAXS) was performed to assess the oligomerisation state of glycosylated (high mannose) Mossman virus receptor binding protein in solution. Using the dimeric crystal structure data a best fitting model was generated using molecular dynamics, which considered the flexibility of the high mannose N-linked glycans and C- and N-termini. The extensive homodimeric interface observed in the crystal structure was largely retained.

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.200, 83.930, 122.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and resid 204 through 631)
d_2	ens_1	chain "B"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 204 - 631 / Label seq-ID: 204 - 631

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
d_1	A	A
d_2	B	B

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999962989198, 0.00606648240466, 0.00610065780899), (0.00815171301114, 0.89482704962, 0.446338549583), (-0.00275132867039, 0.446371761047, -0.894843383576) ...

#1: タンパク質

Attachment glycoprotein

分子量: 70311.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mossman narmovirus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): Human embryonic kidney 293T cells / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6WGM0

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M potassium bromide, 0.2 M potassium thiocynate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 3% PGA-LM, 20% w/v polyethylene glycol (PEG) 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→69.17 Å / Num. obs: 105014 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.01 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / R_merge(I) obs: 1.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 10324 / CC_1/2: 0.5 / R_pim(I) all: 0.68 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.62→52.38 Å / SU ML: 0.1929 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9411
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2116	5029	4.79 %
R_work	0.1765	99892	-
obs	0.1782	104921	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→52.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6766	0	14	692	7472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8863	9464
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0578	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	1226
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1528	2525

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.663009456905 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.64	0.3854	165	0.3361	3266	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.64-1.66	0.355	175	0.3204	3267	X-RAY DIFFRACTION	99.28
1.66-1.68	0.3083	156	0.2964	3295	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.68-1.7	0.3035	164	0.2788	3277	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.7-1.72	0.2582	164	0.266	3314	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.72-1.75	0.2997	159	0.2451	3315	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.75-1.77	0.2722	153	0.234	3276	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.77-1.8	0.2685	152	0.2275	3304	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.8-1.82	0.2228	165	0.2255	3326	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.82-1.85	0.2779	144	0.2251	3302	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.85-1.89	0.2398	169	0.2142	3273	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.89-1.92	0.2387	186	0.2124	3303	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.92-1.96	0.262	177	0.2047	3326	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.96-2	0.2368	185	0.1837	3278	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2-2.04	0.2151	154	0.1745	3316	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.04-2.09	0.2284	167	0.1689	3293	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.09-2.14	0.1754	152	0.1598	3366	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.14-2.2	0.2034	173	0.1676	3274	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.2-2.26	0.2107	165	0.1819	3339	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.26-2.34	0.2472	154	0.184	3352	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.34-2.42	0.2181	185	0.1801	3317	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.42-2.52	0.2108	183	0.1771	3328	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.52-2.63	0.2137	212	0.1729	3289	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.63-2.77	0.2158	194	0.1729	3333	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.77-2.94	0.2129	146	0.1741	3360	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.94-3.17	0.208	147	0.1743	3384	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.17-3.49	0.1923	142	0.159	3438	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.49-3.99	0.1899	187	0.1559	3382	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.99-5.03	0.1675	185	0.1381	3418	X-RAY DIFFRACTION	99.72
5.03-52.38	0.2014	169	0.1676	3581	X-RAY DIFFRACTION	99.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.13620581148	1.40580922222	0.44814681128	2.49893468603	0.24973291168	2.35071748557	0.0540832824627	-0.494796412045	-0.384405429225	0.309403484473	-0.135301321249	-0.193113145078	0.0704589361786	0.303008017067	0.0733840628857	0.204668201778	-0.0178399464917	-0.0172047036292	0.411491288429	0.0893435644427	0.207044961651	-16.1487617351	0.194467658777	-1.60380683034
2	3.55446747609	0.628139485533	0.321587075162	1.4423441868	0.524705687213	2.49356756793	-0.0376216114338	0.040398265949	-0.183817316819	-0.0544404519999	-0.0527200407785	0.0339026161401	-0.032565440419	0.0147960350869	0.0876980846381	0.154815273822	0.0228740755143	0.0035709379057	0.101395006371	0.0153036201228	0.193192528388	-31.3498913773	-0.752672894682	-17.05209793
3	3.19284953999	-0.163445205269	0.682153721969	1.62596115366	-1.50399273116	5.31857158177	0.0205130087745	0.114779612123	-0.0616267469537	-0.0343916422659	-0.0611154710667	-0.0307883250218	0.089134733152	-0.000667346394774	0.0721666937337	0.116997683171	0.00124823138763	0.00339446655853	0.0793510921397	-0.00883938399997	0.178552258667	-31.8092495502	4.2532795928	-18.2543207125
4	2.76047540304	0.0493296148961	-1.25667421571	1.47453200367	-0.497033262565	2.65808084616	0.129896677222	0.160873327081	0.279973325594	-0.0420840395432	-0.00489306784091	-0.0411438833377	-0.275170432849	-0.0112028319967	-0.0804229761646	0.206305161294	-0.00580300349785	0.00183615754854	0.132626743222	0.0189028180712	0.208919560595	-29.1161311473	10.9696536538	-18.9392436707
5	2.43936273766	0.176977086191	-0.731719455747	1.46930698382	-0.171698045125	2.92266013005	0.131168036488	0.444647304976	0.240477415301	-0.206894675286	-0.0707187673774	-0.110951481574	-0.380172043536	0.133461460383	-0.101760251206	0.241040433116	0.0156884071112	0.0117481969609	0.274897737572	0.0938033666093	0.270467272516	-22.2954237666	15.6823112362	-30.7240627569
6	2.2750718688	-0.00935237018787	-0.720152046395	2.51174872578	-0.702986687474	2.43909392878	0.0661814410816	0.466167000405	0.146358259087	-0.212569246568	-0.064685617944	-0.261278889333	0.00917231324468	0.476805933323	-0.0658091346025	0.155411337741	-0.00336004160125	0.0114671817722	0.346322048791	0.053846831093	0.19367597432	-10.3883232215	8.86836054225	-30.8453748148
7	2.84799583287	-1.19379388801	-0.48061659374	6.53335534612	1.21515155241	3.14184794514	0.0119757287995	0.768346969822	-0.509615326213	-0.486606469848	-0.102896875552	-0.122138761962	0.297040437622	0.506080462689	0.0842135488772	0.243206139521	0.0732645307507	0.0555927227121	0.590823133102	-0.0496174061076	0.336505830002	-7.40049847939	-2.49702167451	-36.8672730551
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 203 through 229 )	A	A	203 - 229	1 - 27
2	2	chain 'A' and (resid 230 through 258 )	A	A	230 - 258	28 - 56
3	3	chain 'A' and (resid 259 through 293 )	A	A	259 - 293	57 - 91
4	4	chain 'A' and (resid 294 through 320 )	A	A	294 - 320	92 - 118
5	5	chain 'A' and (resid 321 through 371 )	A	A	321 - 371	119 - 169
6	6	chain 'A' and (resid 372 through 407 )	A	A	372 - 407	170 - 205
7	7	chain 'A' and (resid 408 through 442 )	A	A	408 - 442	206 - 240
8	8	chain 'A' and (resid 443 through 482 )	A	A	443 - 482	241 - 280
9	9	chain 'A' and (resid 483 through 502 )	A	A	483 - 502	281 - 300
10	10	chain 'A' and (resid 503 through 540 )	A	A	503 - 540	301 - 338
11	11	chain 'A' and (resid 541 through 582 )	A	A	541 - 582	339 - 380
12	12	chain 'A' and (resid 583 through 609 )	A	A	583 - 609	381 - 407
13	13	chain 'A' and (resid 610 through 631 )	A	A	610 - 631	408 - 429
14	14	chain 'B' and (resid 204 through 320 )	B	C	204 - 320	1 - 117
15	15	chain 'B' and (resid 321 through 407 )	B	C	321 - 407	118 - 204
16	16	chain 'B' and (resid 408 through 451 )	B	C	408 - 451	205 - 248
17	17	chain 'B' and (resid 452 through 631 )	B	C	452 - 631	249 - 428

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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