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- PDB-7zkn: X-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zkn
タイトルX-ray structure of the complex between human alpha thrombin and a pseudo-cyclic thrombin binding aptamer (TBA-NNp/DDp) - Crystal form gamma
要素
  • TBA-NNp/DDp
  • Thrombin heavy chain
  • Thrombin light chain
キーワードHYDROLASE / Thrombin / Aptamer / Complex / Inhibitor / Coagulation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0G6 / Chem-JKR / Chem-JL0 / : / DNA / DNA (> 10) / Prothrombin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Troisi, R. / Sica, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Ther Nucleic Acids / 年: 2022
タイトル: A terminal functionalization strategy reveals unusual binding abilities of anti-thrombin anticoagulant aptamers.
著者: Troisi, R. / Riccardi, C. / Perez de Carvasal, K. / Smietana, M. / Morvan, F. / Del Vecchio, P. / Montesarchio, D. / Sica, F.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.year
改定 1.22022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
E: TBA-NNp/DDp
F: TBA-NNp/DDp
G: TBA-NNp/DDp
I: TBA-NNp/DDp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,30024
ポリマ－86,7268
非ポリマー8,57416
水52229
1
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
E: TBA-NNp/DDp
F: TBA-NNp/DDp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,65012
ポリマ－43,3634
非ポリマー4,2878
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
G: TBA-NNp/DDp
I: TBA-NNp/DDp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,65012
ポリマ－43,3634
非ポリマー4,2878
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.620, 114.860, 83.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質・ペプチド / タンパク質 / DNA鎖 / 糖 , 4種, 10分子 ACBDEFGI

#1: タンパク質・ペプチド Thrombin light chain


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#2: タンパク質 Thrombin heavy chain


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: DNA鎖
TBA-NNp/DDp


分子量: 4743.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 43分子

#5: 化合物 ChemComp-0G6 / D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide / PPACK


タイプ: peptide-like / 分子量: 453.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34ClN6O3
#6: 化合物
ChemComp-JL0 / 3-[13-methyl-5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1(15),2,4(16),8,10-pentaen-6-yl]propyl 3-[5,7,12,14-tetrakis(oxidanylidene)-13-(3-oxidanylpropyl)-6,13-diazatetracyclo[6.6.2.0^{4,16}.0^{11,15}]hexadeca-1,3,8(16),9,11(15)-pentaen-6-yl]propyl hydrogen phosphate


分子量: 1044.737 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H43N4O21P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-JKR / 3-[5-[3-bis(oxidanyl)phosphanyloxypropoxy]naphthalen-1-yl]oxypropyl 3-(5-oxidanylnaphthalen-1-yl)oxypropyl hydrogen phosphate


分子量: 620.521 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H34O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350 25% w/v, ammonium acetate 0.2 M, Bis-Tris 0.1 M, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→68.13 Å / Num. obs: 24860 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.03→3.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1266 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PPB

1ppb


解像度: 3.03→68.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 18.005 / SU ML: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 1223 4.9 %RANDOM
Rwork0.2006 ---
obs0.2027 23638 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.53 Å2 / Biso mean: 68.215 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å20.03 Å2
2--0.27 Å2-0 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.03→68.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4488 1057 526 29 6100
Biso mean--84.27 54.82 -
残基数----606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0126359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0311.6978869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9095549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.88421.216255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.30115821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3531539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024379
LS精密化 シェル解像度: 3.034→3.112 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 84 -
Rwork0.321 1734 -
all-1818 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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