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- PDB-7zkk: A216H variant of the CODH/ACS complex of C. hydrogenoformans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zkk
タイトルA216H variant of the CODH/ACS complex of C. hydrogenoformans
要素
  • CO-methylating acetyl-CoA synthase
  • Carbon monoxide dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CO2 reduction / acetyl-CoA synthesis / carbon monoxide
機能・相同性
機能・相同性情報


CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / hydroxylamine reductase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / acetyl-CoA metabolic process / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide ...CO-methylating acetyl-CoA synthase / CO-methylating acetyl-CoA synthase activity / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / hydroxylamine reductase activity / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / acetyl-CoA metabolic process / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Ni-containing CO dehydrogenase ...Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase(codh/acs), Chain M, domain 3 / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha ,N-terminal / Carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha N-terminal domain / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / Bifunctional carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-coa synthase, domain 3 superfamily / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit , C-terminal / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase complex beta subunit / ACS/CODH beta subunit C-terminal / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICKEL (II) ION / HYDROXIDE ION / Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster / IRON/SULFUR CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase / CO-methylating acetyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Ruickoldt, J. / Jeoung, J.-H. / Basak, Y. / Domnik, L. / Dobbek, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2008/1 390540038 ドイツ
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: On the Kinetics of CO2 Reduction by Ni, Fe-CO Dehydrogenases
著者: Ruickoldt, J. / Basak, Y. / Domnik, L. / Jeoung, J.H. / Dobbek, H.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase
B: CO-methylating acetyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,16713
ポリマ－155,3502
非ポリマー1,81711
水19,1861065
1
A: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Carbon monoxide dehydrogenase
ヘテロ分子

B: CO-methylating acetyl-CoA synthase
ヘテロ分子

B: CO-methylating acetyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,33426
ポリマ－310,7014
非ポリマー3,63422
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
crystal symmetry operation5_554y,-x+y,z-1/61
crystal symmetry operation8_445x-y-1,-y-1,-z1
Buried area21700 Å2
ΔGint-311 kcal/mol
Surface area89120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.630, 142.630, 291.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1107-

HOH

21B-1087-

HOH

31B-1241-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase


分子量: 73239.164 Da / 分子数: 1 / 変異: A216H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
遺伝子: ciss_06270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1L8D0M5, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase
#2: タンパク質 CO-methylating acetyl-CoA synthase


分子量: 82111.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア)
株: ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901 / 遺伝子: acsB, CHY_1222 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ACS4, CO-methylating acetyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 8種, 1076分子

#3: 化合物 ChemComp-RQM / Fe(3)-Ni(1)-S(4) cluster


分子量: 410.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1065 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.85
詳細: To form the drops 0.7 uL of the reservoir solution (0.1 M Na-acetate pH 4.85, 40 g/L PEG 4000, 210 g/L MPD) were mixed with 0.7 uL of 29 g/L CODH/ACS solution in 50 mM Mops pH 7.6, 150 mM ...詳細: To form the drops 0.7 uL of the reservoir solution (0.1 M Na-acetate pH 4.85, 40 g/L PEG 4000, 210 g/L MPD) were mixed with 0.7 uL of 29 g/L CODH/ACS solution in 50 mM Mops pH 7.6, 150 mM NaCl, 1.6 mM Ti(III)-EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→45.122 Å / Num. obs: 146514 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 38.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.86→1.92 Å / 冗長度: 26.32 % / Num. unique obs: 14298 / CC1/2: 0.458 / % possible all: 98.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZKJ

7zkj


解像度: 1.97→45.122 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1923 2451 1.05 %
Rwork0.1584 231913 -
obs0.1588 123451 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.61 Å2 / Biso mean: 37.3509 Å2 / Biso min: 16.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→45.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10911 0 46 1065 12022
Biso mean--40.15 43.57 -
残基数----1399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02115342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.41310880
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.97-2.00790.26361380.242112956
2.0079-2.04890.21451360.233212820
2.0489-2.09340.27431380.226612909
2.0934-2.14210.29281390.217212837
2.1421-2.19570.26931390.200612936
2.1957-2.25510.24271390.189112834
2.2551-2.32140.22911340.178512859
2.3214-2.39630.17111330.16212896
2.3963-2.4820.23861330.163212915
2.482-2.58140.23431360.164112913
2.5814-2.69880.2011330.154812861
2.6988-2.84110.18751340.152112900
2.8411-3.01910.16591340.158612871
3.0191-3.25210.22651420.162212904
3.2521-3.57930.18361290.149412872
3.5793-4.09690.16831410.134812850
4.0969-5.16050.13761390.124712897
5.1605-45.1220.17631340.154812883
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30870.4013-0.38330.9999-0.2990.7205-0.0065-0.0914-0.04750.0828-0.1094-0.23840.06360.41180.10370.18760.05270.01220.4250.11670.3393-28.282-51.1673-24.6067
20.9019-0.4568-1.06542.13371.55823.28550.0320.05940.02030.163-0.08910.5242-0.1308-0.46250.08820.20470.03020.0560.32340.08970.37-56.6332-36.901-26.7402
32.44140.4096-0.41962.3836-0.7591.49930.0972-0.4905-0.01170.4526-0.08130.115-0.16170.2469-0.02050.381-0.03510.04850.39720.02770.2499-42.0308-34.5422-1.9149
40.71660.0554-0.3231.03720.13471.8340.0545-0.10750.11680.1137-0.0664-0.115-0.24490.26820.01010.1776-0.03380.01670.27670.06190.2611-35.3189-27.5787-30.8202
50.7658-0.11210.08441.4076-0.1121.8375-0.00360.09680.0342-0.1106-0.0061-0.07520.0470.20350.00540.1937-0.0343-0.03080.20820.04030.186717.7767-58.3053-14.858
61.6503-1.1631.91990.8662-1.30242.5073-0.09610.24130.3630.0591-0.1246-0.2132-0.26620.28230.24360.3041-0.08990.00550.32730.06260.314812.055-37.1232-29.2397
71.3721-0.26730.00471.79530.68073.55010.00760.12760.1284-0.11680.10360.0168-0.0865-0.3021-0.10910.2221-0.03590.00280.27820.12480.2851-0.5-33.2863-42.567
83.2371.6832-1.33392.5071-0.92012.4062-0.04420.24410.0819-0.19620.09240.0347-0.0002-0.0918-0.04590.26940.0081-0.0110.15680.01210.19211.0003-65.9132-45.3626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 92 )A2 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 255 )A93 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 256 through 410 )A256 - 410
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 411 through 670 )A411 - 670
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 5 through 286 )B5 - 286
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 287 through 368 )B287 - 368
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 369 through 496 )B369 - 496
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 497 through 734 )B497 - 734

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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