PDB-7zjx: Rabbit 80S ribosome programmed with SECIS and SBP2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zjx

タイトル

Rabbit 80S ribosome programmed with SECIS and SBP2

要素

(40S ribosomal protein ...) x 29
(60S ribosomal Protein ...) x 34
(Ribosomal protein ...) x 7
18S rRNA
28S rRNA
5.8S rRNA
5S rRNA
CrPV IRES
GPX4 SECIS element
Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1
Ribosomal protein
Ribosomal_L18_c domain-containing protein
Ribosomal_L23eN domain-containing protein
S10_plectin domain-containing protein
Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2
Ubiquitin carboxyl extension protein 80

キーワード

RIBOSOME / Selenocysteine / recoding / 80S

機能・相同性

機能・相同性情報

forebrain neuron development / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits ...forebrain neuron development / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / selenocysteine incorporation / selenocysteine insertion sequence binding / striatum development / ribosomal subunit / negative regulation of RNA splicing / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / laminin receptor activity / exit from mitosis / Ribosomal scanning and start codon recognition / optic nerve development / Translation initiation complex formation / mammalian oogenesis stage / retinal ganglion cell axon guidance / activation-induced cell death of T cells / Protein hydroxylation / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / organelle membrane / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / erythrocyte development / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translation regulator activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ribonucleoprotein complex binding / cytosolic ribosome / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / mRNA 3'-UTR binding / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / modification-dependent protein catabolic process / spindle / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / protein tag activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ribosome binding / glucose homeostasis / retina development in camera-type eye / virus receptor activity / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / heparin binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery
類似検索 - 分子機能

Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2 / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e ...Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2 / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / metallochaperone-like domain / Ribosomal protein S12e / TRASH domain / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / : / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性

: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL13 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L36 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Ribosomal protein L19 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS15 / 60S ribosomal protein L37a / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / 40S ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS11 / 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

Cricket paralysis virus (ウイルス)

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Hilal, T. / Simonovic, M. / Spahn, C.M.T.

資金援助

ドイツ,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structure of the mammalian ribosome as it decodes the selenocysteine UGA codon.
著者: Tarek Hilal / Benjamin Y Killam / Milica Grozdanović / Malgorzata Dobosz-Bartoszek / Justus Loerke / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Paul R Copeland / Miljan Simonović / Christian M T Spahn /

要旨: The elongation of eukaryotic selenoproteins relies on a poorly understood process of interpreting in-frame UGA stop codons as selenocysteine (Sec). We used cryo-electron microscopy to visualize Sec ...

履歴

登録	2022年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_entity_assembly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_entity_assembly.source / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年4月24日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zjx.cif.gz	4.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zjx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zjx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zjx_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zjx_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7zjx_validation.xml.gz	365.9 KB	表示
CIF形式データ	7zjx_validation.cif.gz	618.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/7zjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/7zjx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	14752MC 14751C 7zjwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (130) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (90) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (84) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (10) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (8) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (3) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (234) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (8) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (5) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (2) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (16) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (12) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (130)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (90)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (84)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (10)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (8)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (3)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (234)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (3)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (3)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (8)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (5)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (2)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (16)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (12)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2

I: CrPV IRES

L5: 28S rRNA

L7: 5S rRNA

L8: 5.8S rRNA

LD: 60S ribosomal protein uL2

LE: 60S ribosomal protein uL3

LF: 60S ribosomal protein L4

LG: Ribosomal_L18_c domain-containing protein

LH: 60S ribosomal protein L6

LI: 60S ribosomal Protein uL30

LJ: 60S ribosomal protein eL8

LK: 60S ribosomal protein L9

LL: Ribosomal protein L10

LM: 60S ribosomal protein L11

LO: 60S ribosomal protein eL13

LP: 60S ribosomal protein L14

LQ: Ribosomal protein L15

LR: 60S ribosomal protein uL13

LS: 60S ribosomal protein uL22

LT: 60S ribosomal Protein eL18

LU: 60S ribosomal protein L19

LV: 60S ribosomal protein eL20

LW: 60S ribosomal protein L21

LX: 60S ribosomal protein eL22

LY: 60S ribosomal protein L23

LZ: Ribosomal protein L24

La: Ribosomal_L23eN domain-containing protein

Lb: Ribosomal protein L26

Lc: 60S ribosomal protein L27

Ld: 60S ribosomal protein L27a

Le: 60S ribosomal protein L29

Lf: 60S ribosomal protein L30

Lg: 60S ribosomal protein L31

Lh: Ribosomal protein L32

Li: 60S ribosomal protein L35a

Lj: 60S ribosomal protein L34

Lk: 60S ribosomal protein L35

Ll: 60S ribosomal protein L36

Lm: Ribosomal protein L37

Ln: 60S ribosomal protein L38

Lo: 60S ribosomal protein eL39

Lp: 60S ribosomal protein L40

Lq: 60S ribosomal protein eL42

Lr: 60S ribosomal protein eL43

Ls: 60S ribosomal protein eL28

Lx: Ribosomal protein

S: GPX4 SECIS element

S2: 18S rRNA

SB: 40S ribosomal protein S27

SC: 40S ribosomal protein S28

SD: Ubiquitin carboxyl extension protein 80

SE: 40S ribosomal protein S30

SF: 40S ribosomal protein eS26

SG: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1

SH: 40S ribosomal protein S29

SL: 40S ribosomal protein SA

SM: 40S ribosomal protein S3a

SN: 40S ribosomal protein uS5

SO: 40S ribosomal protein S3

SP: 40S ribosomal protein S4

SQ: Ribosomal protein S5

SR: 40S ribosomal protein S6

SS: 40S ribosomal protein S7

ST: 40S ribosomal protein S8

SU: 40S ribosomal protein S9

SV: S10_plectin domain-containing protein

SW: 40S ribosomal protein S11

SX: 40S ribosomal protein S12

SY: 40S ribosomal protein S13

SZ: 40S ribosomal protein uS11

Sa: 40S ribosomal protein S15

Sb: 40S ribosomal protein uS9

Sc: 40S ribosomal protein S17

Sd: 40S ribosomal protein S18

Se: 40S Ribosomal protein eS19

Sf: 40S ribosomal protein S20

Sg: 40S ribosomal protein eS21

Sh: 40S ribosomal protein S15a

Si: 40S ribosomal protein S23

Sj: 40S ribosomal protein S24

Sk: 40S ribosomal protein S25

Sl: 60S ribosomal protein L41

ヘテロ分子

4.2 MDa, 83 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

-
タンパク質 , 7種, 7分子 BLGLaLxSDSGSV

#1: タンパク質	Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2 / SECIS-binding protein 2 分子量: 95640.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SECISBP2, SBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96T21
#9: タンパク質	Ribosomal_L18_c domain-containing protein 分子量: 34523.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#28: タンパク質	Ribosomal_L23eN domain-containing protein 分子量: 17768.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#47: タンパク質	Ribosomal protein 分子量: 24875.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKZ8
#52: タンパク質	Ubiquitin carboxyl extension protein 80 / Ubiquitin carboxyl extension protein 80 分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A8C0T835
#55: タンパク質	Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2K6K8B0
#67: タンパク質	S10_plectin domain-containing protein 分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 IL5L7L8SS2

#2: RNA鎖	CrPV IRES 分子量: 52131.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cricket paralysis virus (ウイルス)
#3: RNA鎖	28S rRNA 分子量: 1557505.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#4: RNA鎖	5S rRNA 分子量: 38851.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 39
#5: RNA鎖	5.8S rRNA 分子量: 50809.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 57148
#48: RNA鎖	GPX4 SECIS element 分子量: 275721.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: GenBank: 25123295
#49: RNA鎖	18S rRNA 分子量: 603814.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 37956930

+
60S ribosomal Protein ... , 34種, 34分子 LDLELFLHLILJLKLMLOLPLRLSLTLULVLWLXLYLcLdLeLfLgLiLjLkLlLnLoLp...

#6: タンパク質	60S ribosomal protein uL2 分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A8B8VPA8
#7: タンパク質	60S ribosomal protein uL3 分子量: 46120.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#8: タンパク質	60S ribosomal protein L4 分子量: 46430.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#10: タンパク質	60S ribosomal protein L6 分子量: 33028.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#11: タンパク質	60S ribosomal Protein uL30 分子量: 29201.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A7J8C453
#12: タンパク質	60S ribosomal protein eL8 分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P62424
#13: タンパク質	60S ribosomal protein L9 分子量: 21871.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#15: タンパク質	60S ribosomal protein L11 分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#16: タンパク質	60S ribosomal protein eL13 分子量: 24331.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TKB3
#17: タンパク質	60S ribosomal protein L14 分子量: 23870.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12
#19: タンパク質	60S ribosomal protein uL13 分子量: 23533.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A0N8ETI8
#20: タンパク質	60S ribosomal protein uL22 分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A8J4KQ25
#21: タンパク質	60S ribosomal Protein eL18 分子量: 21699.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: F6QKI9
#22: タンパク質	60S ribosomal protein L19 分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2J8KH59
#23: タンパク質	60S ribosomal protein eL20 分子量: 20749.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1Z5LHJ5
#24: タンパク質	60S ribosomal protein L21 分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#25: タンパク質	60S ribosomal protein eL22 分子量: 14756.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q4R5I3
#26: タンパク質	60S ribosomal protein L23 分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A3P9HH38
#30: タンパク質	60S ribosomal protein L27 分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A851LWS6
#31: タンパク質	60S ribosomal protein L27a 分子量: 16620.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#32: タンパク質	60S ribosomal protein L29 分子量: 26721.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#33: タンパク質	60S ribosomal protein L30 分子量: 12807.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#34: タンパク質	60S ribosomal protein L31 分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#36: タンパク質	60S ribosomal protein L35a 分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#37: タンパク質	60S ribosomal protein L34 分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXG5
#38: タンパク質	60S ribosomal protein L35 分子量: 14566.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#39: タンパク質	60S ribosomal protein L36 分子量: 12263.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1S3FQR5
#41: タンパク質	60S ribosomal protein L38 分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1A7W9T9
#42: タンパク質	60S ribosomal protein eL39 分子量: 6455.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#43: タンパク質	60S ribosomal protein L40 分子量: 14800.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A8C8Y9V5
#44: タンパク質	60S ribosomal protein eL42 分子量: 12489.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A7J7V6K8
#45: タンパク質	60S ribosomal protein eL43 分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A6I9ZMF9
#46: タンパク質	60S ribosomal protein eL28 分子量: 15844.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A4U1EJN3
#83: タンパク質・ペプチド	60S ribosomal protein L41 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4

-
Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 LLLQLZLbLhLmSQ

#14: タンパク質	Ribosomal protein L10 分子量: 24643.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2
#18: タンパク質	Ribosomal protein L15 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#27: タンパク質	Ribosomal protein L24 分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28
#29: タンパク質	Ribosomal protein L26 分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5N3X333
#35: タンパク質	Ribosomal protein L32 分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#40: タンパク質	Ribosomal protein L37 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#62: タンパク質	Ribosomal protein S5 分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9DBR8

+
40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 SBSCSESFSHSLSMSNSOSPSRSSSTSUSWSXSYSZSaSbScSdSeSfSgShSiSjSk

#50: タンパク質	40S ribosomal protein S27 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A7J8BG50
#51: タンパク質	40S ribosomal protein S28 分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A3M0JHZ8
#53: タンパク質	40S ribosomal protein S30 分子量: 14498.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T8A2
#54: タンパク質	40S ribosomal protein eS26 分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2K5LQY6
#56: タンパク質	40S ribosomal protein S29 分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4
#57: タンパク質	40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 分子量: 32970.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TLT8
#58: タンパク質	40S ribosomal protein S3a 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#59: タンパク質	40S ribosomal protein uS5 分子量: 31285.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: O18789
#60: タンパク質	40S ribosomal protein S3 分子量: 31146.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#61: タンパク質	40S ribosomal protein S4 分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q76N24
#63: タンパク質	40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6 分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P62753
#64: タンパク質	40S ribosomal protein S7 分子量: 47356.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVB0
#65: タンパク質	40S ribosomal protein S8 分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q5E958
#66: タンパク質	40S ribosomal protein S9 分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#68: タンパク質	40S ribosomal protein S11 分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#69: タンパク質	40S ribosomal protein S12 分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#70: タンパク質	40S ribosomal protein S13 分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A663F1C0
#71: タンパク質	40S ribosomal protein uS11 分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A7L0BEC6
#72: タンパク質	40S ribosomal protein S15 分子量: 17049.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#73: タンパク質	40S ribosomal protein uS9 分子量: 19213.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#74: タンパク質	40S ribosomal protein S17 分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#75: タンパク質	40S ribosomal protein S18 分子量: 17801.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: H0WTR0
#76: タンパク質	40S Ribosomal protein eS19 分子量: 16104.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2Y9E7Q1
#77: タンパク質	40S ribosomal protein S20 分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIZ2
#78: タンパク質	40S ribosomal protein eS21 分子量: 9181.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A1Z5KTU7
#79: タンパク質	40S ribosomal protein S15a 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#80: タンパク質	40S ribosomal protein S23 分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#81: タンパク質	40S ribosomal protein S24 分子量: 15107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A6J1UT65
#82: タンパク質	40S ribosomal protein S25 分子量: 13645.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A2U4BVW1

-
非ポリマー , 1種, 8分子

#84: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	80S-SBP2-SECIS	COMPLEX	#1-#83	0	MULTIPLE SOURCES
2	Selenocysteine insertion sequence-binding protein 2	COMPLEX	#1	1	RECOMBINANT
3	80S Ribosome	RIBOSOME	#3-#47, #49-#83	1	NATURAL
4	CrPV IRES	COMPLEX	#2	1	RECOMBINANT
5	GPX4 SECIS element	COMPLEX	#48	1	RECOMBINANT

分子量

値: 3.5 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	2	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	4	Cricket paralysis virus (ウイルス)	12136
4	5	Rattus norvegicus (ドブネズミ)	10116
5	3	Oryctolagus cuniculus (ウサギ)	9986

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	2	Escherichia coli (大腸菌)	562
2	4	Synthetic construct (人工物)	32630
3	5	Synthetic construct (人工物)	32630

緩衝液

pH: 7.6

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI POLARA 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 25 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6908

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	Leginon		画像取得
4	cryoSPARC		CTF補正
7	PHENIX	1.19.2	モデルフィッティング
9	PHENIX	1.19.2	モデル精密化
10	cryoSPARC		初期オイラー角割当
11	cryoSPARC		最終オイラー角割当
12	cisTEM		分類
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 179421

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39295 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 7O7Y

7o7y

Accession code: 7O7Y / Source name: PDB / タイプ: experimental model

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 7種, 7分子 BLGLaLxSDSGSV

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 IL5L7L8SS2

+
60S ribosomal Protein ... , 34種, 34分子 LDLELFLHLILJLKLMLOLPLRLSLTLULVLWLXLYLcLdLeLfLgLiLjLkLlLnLoLp...

-
Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 LLLQLZLbLhLmSQ

+
40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 SBSCSESFSHSLSMSNSOSPSRSSSTSUSWSXSYSZSaSbScSdSeSfSgShSiSjSk

-
非ポリマー , 1種, 8分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 7種, 7分子 BLGLaLxSDSGSV

-RNA鎖 , 6種, 6分子 IL5L7L8SS2

+60S ribosomal Protein ... , 34種, 34分子 LDLELFLHLILJLKLMLOLPLRLSLTLULVLWLXLYLcLdLeLfLgLiLjLkLlLnLoLp...

-Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 LLLQLZLbLhLmSQ

+40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 SBSCSESFSHSLSMSNSOSPSRSSSTSUSWSXSYSZSaSbScSdSeSfSgShSiSjSk

-非ポリマー , 1種, 8分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 7種, 7分子 BLGLaLxSDSGSV

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 IL5L7L8SS2

+
60S ribosomal Protein ... , 34種, 34分子 LDLELFLHLILJLKLMLOLPLRLSLTLULVLWLXLYLcLdLeLfLgLiLjLkLlLnLoLp...

-
Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 LLLQLZLbLhLmSQ

+
40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 SBSCSESFSHSLSMSNSOSPSRSSSTSUSWSXSYSZSaSbScSdSeSfSgShSiSjSk

-
非ポリマー , 1種, 8分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)