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- PDB-7zjs: Structural basis of centromeric cohesion protection by SGO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zjs
タイトルStructural basis of centromeric cohesion protection by SGO1
要素
  • Cohesin subunit SA-2
  • Double-strand-break repair protein rad21 homolog
  • Shugoshin 1
キーワードCELL CYCLE / cohesin / STAG2 / SGO1 / HEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / centriole-centriole cohesion / Cohesin Loading onto Chromatin / meiotic cohesin complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex ...mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / centriole-centriole cohesion / Cohesin Loading onto Chromatin / meiotic cohesin complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / meiotic chromosome segregation / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / attachment of spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of glial cell apoptotic process / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / condensed chromosome, centromeric region / chromatin looping / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / negative regulation of interleukin-1 beta production / lncRNA binding / mitotic spindle pole / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein localization to chromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Meiotic synapsis / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / kinase binding / nuclear matrix / fibrillar center / spindle pole / Separation of Sister Chromatids / double-strand break repair / chromosome / midbody / DNA recombination / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / response to hypoxia / nuclear speck / cell division / apoptotic process / centrosome / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shugoshin, C-terminal / Shugoshin, N-terminal coiled-coil domain / Shugoshin / Shugoshin C terminus / Shugoshin N-terminal coiled-coil region / : / Cohesin subunit SCC3/SA, HEAT-repeats domain / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA ...Shugoshin, C-terminal / Shugoshin, N-terminal coiled-coil domain / Shugoshin / Shugoshin C terminus / Shugoshin N-terminal coiled-coil region / : / Cohesin subunit SCC3/SA, HEAT-repeats domain / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA / STAG domain / Stromalin conservative domain / Stromalin conservative (SCD) domain profile. / : / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-strand-break repair protein rad21 homolog / Shugoshin 1 / Cohesin subunit SA-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Patel, A. / Panne, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust219534/Z/19/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/W001667/1 英国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of centromeric cohesion protection.
著者: Garcia-Nieto, A. / Patel, A. / Li, Y. / Oldenkamp, R. / Feletto, L. / Graham, J.J. / Willems, L. / Muir, K.W. / Panne, D. / Rowland, B.D.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cohesin subunit SA-2
B: Double-strand-break repair protein rad21 homolog
C: Cohesin subunit SA-2
D: Double-strand-break repair protein rad21 homolog
E: Shugoshin 1
F: Shugoshin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)429,1796
ポリマ－429,1796
非ポリマー00
水77543
1
A: Cohesin subunit SA-2
B: Double-strand-break repair protein rad21 homolog
E: Shugoshin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,5903
ポリマ－214,5903
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8300 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area48710 Å2
手法PISA
2
C: Cohesin subunit SA-2
D: Double-strand-break repair protein rad21 homolog
F: Shugoshin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,5903
ポリマ－214,5903
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area48600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.808, 181.098, 111.374
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.254, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Cohesin subunit SA-2 / SCC3 homolog 2 / Stromal antigen 2


分子量: 141502.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAG2, SA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N3U4
#2: タンパク質 Double-strand-break repair protein rad21 homolog / hHR21 / Nuclear matrix protein 1 / NXP-1 / SCC1 homolog


分子量: 71772.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD21, HR21, KIAA0078, NXP1, SCC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60216
#3: タンパク質・ペプチド Shugoshin 1 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-85 / Shugoshin-like 1


分子量: 1315.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5FBB7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.06 M Morpheus Divalents mix, 0.1 M Morpheus buffer system 2, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→47.87 Å / Num. obs: 48451 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 108.36 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.24→3.35 Å / Num. unique obs: 4517 / CC1/2: 0.45

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QNX

6qnx


解像度: 3.24→47.87 Å / SU ML: 0.5833 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.4685
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2887 2420 5 %
Rwork0.2689 45950 -
obs0.2699 48370 97.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 129.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.24→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16178 0 0 43 16221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006216452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.890322171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04572527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00472803
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.97436186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.24-3.310.50381300.45882366X-RAY DIFFRACTION86.22
3.31-3.380.44821460.43772701X-RAY DIFFRACTION97.63
3.38-3.460.40221410.39292733X-RAY DIFFRACTION99
3.46-3.540.39811110.3592742X-RAY DIFFRACTION98.82
3.54-3.640.3271410.3152714X-RAY DIFFRACTION98.75
3.64-3.750.29781470.30882708X-RAY DIFFRACTION98.38
3.75-3.870.31331250.2892741X-RAY DIFFRACTION98.56
3.87-4.010.3051850.28852647X-RAY DIFFRACTION98.27
4.01-4.170.27261320.27942761X-RAY DIFFRACTION99.14
4.17-4.350.30451330.25432742X-RAY DIFFRACTION99.55
4.36-4.580.28321360.24352737X-RAY DIFFRACTION99.03
4.58-4.870.23831270.24532775X-RAY DIFFRACTION99.04
4.87-5.250.27721190.24962746X-RAY DIFFRACTION98.73
5.25-5.770.31351600.272704X-RAY DIFFRACTION98.76
5.77-6.610.32271580.30442734X-RAY DIFFRACTION98.87
6.61-8.320.26821780.24772683X-RAY DIFFRACTION98.05
8.32-47.870.22521510.21092716X-RAY DIFFRACTION96.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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