[日本語] English
万見
- PDB-7zjr: X-ray structure of the periplasmic region of PilJ from P. aeruginosa -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zjr
タイトルX-ray structure of the periplasmic region of PilJ from P. aeruginosa
要素Protein PilJ
キーワードSIGNALING PROTEIN / pilJ / Signal mechanotransduction / chemoreceptor-like / twitching motility protein / two-components system / methyl-accepting-chemotaxis-protein MCP homolog
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NarX-like, N-terminal / Type IV pili methyl-accepting chemotaxis transducer N-term / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.50312151016 Å
データ登録者Pierrat, X. / Pojer, F. / Persat, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_189084 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of the periplasmic region of PilJ from P. aeruginosa
著者: Pierrat, X. / Pojer, F. / Persat, A.
履歴
登録2022年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein PilJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7591
ポリマ－31,7591
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: molecular dynamics with a model of full length pilJ, unpublished mutagenesis on the dimerization interface, unpublished
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.059, 80.059, 202.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Protein PilJ


分子量: 31759.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: pilJ, PA0411 / プラスミド: pXP209 - 6xHis_Thrombin_PilJ_periplasmic / 詳細 (発現宿主): PilJ(36-309) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P42257
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% v/v Jeffamine M-600 pH 7.0, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→49.4400799314 Å / Num. obs: 54408 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 64.6291655926 Å2 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 21.36
反射 シェル解像度: 2.32→2.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 8751 / CC1/2: 0.45 / Rrim(I) all: 1.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2yfa

2yfa


解像度: 2.50312151016→49.4400799314 Å / SU ML: 0.364286546272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3400428594 / 位相誤差: 27.4485563934
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245240172751 1157 4.90254237288 %
Rwork0.215074867602 22443 -
obs0.216598906847 23600 99.9280179532 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.1813474692 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.50312151016→49.4400799314 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2044 0 0 14 2058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008560389988072076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9035408052132812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531722816143323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00498175339753380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.66919116531275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.50312151016-2.6170.3699773810531270.3128379395732727X-RAY DIFFRACTION99.6160558464
2.617-2.7550.3353522494231480.2996267384492764X-RAY DIFFRACTION99.9656711294
2.755-2.92760.3384053678821470.2725714950472711X-RAY DIFFRACTION100
2.9276-3.15360.3261901761691350.2847563288662795X-RAY DIFFRACTION99.9658819516
3.1536-3.47090.3130021459211340.2633693499142793X-RAY DIFFRACTION100
3.4709-3.97290.227468559061480.219766995422800X-RAY DIFFRACTION100
3.9729-5.00470.2386670450521430.1775338467952856X-RAY DIFFRACTION100
5.0047-49.440.1828672139851750.1767244253682997X-RAY DIFFRACTION99.8740554156

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る