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万見
- PDB-7zjf: R399E, a mutated form of GDF5, for disease modification of osteoa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zjf
タイトルR399E, a mutated form of GDF5, for disease modification of osteoarthritis
要素Growth/differentiation factor 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / GROWTH FACTOR / GROWTH DIFFERENTIATION FACTOR / BONE MORPHOGENETIC
機能・相同性
機能・相同性情報


ossification involved in bone remodeling / forelimb morphogenesis / BMP binding / chondroblast differentiation / hindlimb morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of chondrocyte differentiation / mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of chondrocyte differentiation ...ossification involved in bone remodeling / forelimb morphogenesis / BMP binding / chondroblast differentiation / hindlimb morphogenesis / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of chondrocyte differentiation / mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic limb morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of multicellular organism growth / chondrocyte differentiation / response to mechanical stimulus / BMP signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Gigout, A. / Wekmann, D. / Menges, S. / Brenneis, C. / Henson, F. / Cowan, K.J. / Musil, D. / Thudium, C. / Guehring, H. / Michaelis, M. / Kleinschmidt-Doerr, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Arthritis Rheumatol / 年: 2023
タイトル: R399E, A Mutated Form of Growth and Differentiation Factor 5, for Disease Modification of Osteoarthritis.
著者: Gigout, A. / Werkmann, D. / Menges, S. / Brenneis, C. / Henson, F. / Cowan, K.J. / Musil, D. / Thudium, C.S. / Guhring, H. / Michaelis, M. / Kleinschmidt-Doerr, K.
履歴
登録2022年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 5
B: Growth/differentiation factor 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1412
ポリマ－27,1412
非ポリマー00
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.426, 84.732, 98.448
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 5 / GDF-5 / Bone morphogenetic protein 14 / BMP-14 / Cartilage-derived morphogenetic protein 1 / CDMP-1 ...GDF-5 / Bone morphogenetic protein 14 / BMP-14 / Cartilage-derived morphogenetic protein 1 / CDMP-1 / Lipopolysaccharide-associated protein 4 / LAP-4 / LPS-associated protein 4 / Radotermin


分子量: 13570.558 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF5, BMP14, CDMP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43026
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.15 / 詳細: 01 M Hepes, 32% PEG 400, 230 mM MgCl2, pH 8.15

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→49.22 Å / Num. obs: 75754 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.3→1.38 Å / 冗長度: 6.1 % / Num. unique obs: 11997 / CC1/2: 0.516 / Rpim(I) all: 0.436 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (3-FEB-2022)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bhk

2bhk


解像度: 1.3→49.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.048
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2219 3788 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.2077 75747 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 77.6 Å2 / Biso mean: 31.25 Å2 / Biso min: 17.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.9187 Å20 Å20 Å2
2--4.7559 Å20 Å2
3---6.1628 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1716 0 0 306 2022
Biso mean---44.28 -
残基数----217
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d638SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes318HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1862HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion247SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1977SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1862HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2552HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.56
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.31 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5472 76 5.02 %
Rwork0.5098 1439 -
all0.5115 1515 -
obs--95.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05980.0201-0.1271.05351.24983.03560.01960.00440.0578-0.032-0.0033-0.0014-0.30020.0419-0.01640.0368-0.0057-0.0112-0.0414-0.0118-0.0512-14.55520.276415.3652
20.2027-0.274-0.56680.62580.51781.0823-0.0386-0.02390.04770.003-0.00450.01020.05250.03970.04310.007-0.0036-0.0069-0.0093-0.007-0.0266-12.6233-12.0693.3723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A397 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B383 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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