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- PDB-7zit: 14-3-3 in complex with SARS-COV2 N phospho-peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zit
タイトル14-3-3 in complex with SARS-COV2 N phospho-peptide
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • Nucleoprotein
キーワードPROTEIN BINDING / covid / coronavirus / N-phosphopeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


: / synaptic target recognition / Golgi reassembly / response to host immune response / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / viral RNA genome packaging / establishment of Golgi localization / respiratory system process / tube formation / negative regulation of interferon-beta production ...: / synaptic target recognition / Golgi reassembly / response to host immune response / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / viral RNA genome packaging / establishment of Golgi localization / respiratory system process / tube formation / negative regulation of interferon-beta production / regulation of synapse maturation / Rap1 signalling / negative regulation of protein localization to nucleus / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / intracellular membraneless organelle / GP1b-IX-V activation signalling / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / phosphoserine residue binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria / protein targeting / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / lung development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / VEGFR2 mediated vascular permeability / Negative regulation of NOTCH4 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / molecular condensate scaffold activity / regulation of protein stability / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / RNA stem-loop binding / viral capsid / melanosome / intracellular protein localization / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / blood microparticle / vesicle / angiogenesis / protein phosphatase binding / host cell Golgi apparatus / DNA-binding transcription factor binding / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / transmembrane transporter binding / Attachment and Entry / protein phosphorylation / host cell perinuclear region of cytoplasm / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / 14-3-3 domain ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BENZOIC ACID / Nucleoprotein / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Eisenreichova, A. / Boura, E.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Academy of Sciences61388963 チェコ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) protein recognition by 14-3-3 proteins.
著者: Eisenreichova, A. / Boura, E.
履歴
登録2022年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5638
ポリマ－54,2314
非ポリマー3324
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.180, 83.517, 111.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26316.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P63104
#2: タンパク質・ペプチド Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 798.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC9

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非ポリマー , 4種, 398分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 9 0.2 M Sodium acetate 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5 30% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→30.32 Å / Num. obs: 62474 / % possible obs: 97.43 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03016 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 1.79→1.854 Å / Rmerge(I) obs: 0.4116 / Num. unique obs: 5637

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NAS

5nas


解像度: 1.79→30.32 Å / SU ML: 0.1838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.2845
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 3121 5 %
Rwork0.1839 59334 -
obs0.1849 62455 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→30.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3753 0 23 394 4170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88665149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0503528
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.820.3271230.27082349X-RAY DIFFRACTION85.86
1.82-1.850.30181310.25462492X-RAY DIFFRACTION91.84
1.85-1.880.27921350.23522547X-RAY DIFFRACTION93.12
1.88-1.910.2231350.23682582X-RAY DIFFRACTION94.57
1.91-1.950.22961380.22752620X-RAY DIFFRACTION95.7
1.95-1.990.24821410.21842667X-RAY DIFFRACTION97.1
1.99-2.030.22881410.21832681X-RAY DIFFRACTION98.36
2.03-2.080.20791420.20842705X-RAY DIFFRACTION98.85
2.08-2.130.20751440.18952731X-RAY DIFFRACTION99.45
2.13-2.190.18421430.18412717X-RAY DIFFRACTION99.37
2.19-2.260.20041450.18562758X-RAY DIFFRACTION99.21
2.26-2.330.21091430.18162713X-RAY DIFFRACTION99.27
2.33-2.410.21341440.18682740X-RAY DIFFRACTION99.31
2.41-2.510.23971440.19272734X-RAY DIFFRACTION99.41
2.51-2.620.20351430.19472720X-RAY DIFFRACTION99.34
2.62-2.760.21671460.19692758X-RAY DIFFRACTION99.05
2.76-2.930.22241450.1942760X-RAY DIFFRACTION99.66
2.93-3.160.2161460.19442786X-RAY DIFFRACTION99.86
3.16-3.480.2241480.17632797X-RAY DIFFRACTION99.66
3.48-3.980.18271470.16882792X-RAY DIFFRACTION99.32
3.98-5.010.15261470.15032793X-RAY DIFFRACTION98.66
5.01-30.320.19841500.16692892X-RAY DIFFRACTION96.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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