PDB-7zin: JC Polyomavirus VP1 in complex with 6'-Sialyllactose glycomacromo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zin

タイトル

JC Polyomavirus VP1 in complex with 6'-Sialyllactose glycomacromolecules (aliphatic linker)

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Complex / Sialic acid / Capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.648 Å

データ登録者

Freytag, J. / Mueller, J.C. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2022
タイトル: Synthesis of Homo- and Heteromultivalent Fucosylated and Sialylated Oligosaccharide Conjugates via Preactivated N -Methyloxyamine Precision Macromolecules and Their Binding to Polyomavirus Capsid Proteins.
著者: Konietzny, P.B. / Freytag, J. / Feldhof, M.I. / Muller, J.C. / Ohl, D. / Stehle, T. / Hartmann, L.

履歴

登録	2022年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zin.cif.gz	322.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zin.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zin.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zin_validation.pdf.gz	631.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zin_full_validation.pdf.gz	635.8 KB	表示
XML形式データ	7zin_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	7zin_validation.cif.gz	49.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zin	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zilC 7zimC 7zioC 7zipC 7ziqC 3nxdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

153 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.132, 96.692, 128.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.625, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1

分子量: 30075.861 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03089

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Neup5Ac]{}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M KSCN, 12% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.648→45 Å / Num. obs: 204346 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.85 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 10.69
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 32369 / CC_1/2: 0.59 / R_rim(I) all: 1.41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NXD

3nxd

解像度: 1.648→44.855 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.171 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	4087	2 %
R_work	0.1664	200255	-
all	0.167	-	-
obs	-	204342	98.836 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.712 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.115 Å²	-0 Å²	-0.77 Å²
2-	-	1.408 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.556 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.648→44.855 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10110	0	128	1713	11951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	10906
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	9681
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.535	1.661	14912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.44	1.581	22569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.276	5	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.329	22.824	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.583	15	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.137	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12491
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	9114
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	5230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.117	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.352	1.656	5478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.351	1.655	5477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.143	2.47	6904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.143	2.47	6905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.048	1.899	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.048	1.9	5429
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.197	2.752	7993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.197	2.753	7994
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.666	21.696	12353
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.245	20.491	11806

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.648-1.691	0.405	291	0.378	14299	0.378	15219	0.617	0.62	95.867	0.375
1.691-1.737	0.303	291	0.322	14255	0.322	14816	0.734	0.73	98.1777	0.312
1.737-1.787	0.308	285	0.267	13941	0.268	14489	0.83	0.841	98.1848	0.248
1.787-1.842	0.254	275	0.235	13478	0.235	13953	0.863	0.875	98.5666	0.21
1.842-1.903	0.256	269	0.214	13169	0.215	13651	0.873	0.891	98.4397	0.187
1.903-1.969	0.233	259	0.206	12680	0.207	13127	0.908	0.918	98.5678	0.177
1.969-2.043	0.19	251	0.169	12313	0.169	12681	0.943	0.946	99.0774	0.143
2.043-2.127	0.193	242	0.166	11880	0.167	12257	0.945	0.952	98.8986	0.141
2.127-2.221	0.169	233	0.149	11382	0.149	11709	0.954	0.962	99.1972	0.126
2.221-2.329	0.194	222	0.163	10922	0.164	11234	0.941	0.954	99.1989	0.136
2.329-2.455	0.179	212	0.135	10379	0.136	10649	0.959	0.968	99.4554	0.112
2.455-2.603	0.181	201	0.133	9847	0.134	10092	0.953	0.969	99.564	0.111
2.603-2.782	0.171	190	0.134	9303	0.134	9536	0.962	0.97	99.5491	0.114
2.782-3.004	0.166	176	0.142	8642	0.142	8832	0.962	0.966	99.8415	0.124
3.004-3.289	0.175	164	0.142	7993	0.142	8167	0.966	0.972	99.8776	0.129
3.289-3.675	0.169	147	0.146	7249	0.147	7402	0.966	0.97	99.9189	0.137
3.675-4.239	0.136	131	0.122	6414	0.122	6551	0.976	0.977	99.9084	0.117
4.239-5.18	0.157	111	0.128	5422	0.129	5540	0.975	0.982	99.8736	0.128
5.18-7.278	0.182	87	0.2	4240	0.199	4330	0.966	0.967	99.9307	0.192
7.278-44.855	0.21	50	0.2	2448	0.2	2504	0.95	0.959	99.7604	0.204

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)