PDB-7zim: JC Polyomavirus VP1 in complex with 3'-Sialyllactose glycomacromo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zim

タイトル

JC Polyomavirus VP1 in complex with 3'-Sialyllactose glycomacromolecules (aromatic linker)

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Complex / Sialic acid / Capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Freytag, J. / Mueller, J.C. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2022
タイトル: Synthesis of Homo- and Heteromultivalent Fucosylated and Sialylated Oligosaccharide Conjugates via Preactivated N -Methyloxyamine Precision Macromolecules and Their Binding to Polyomavirus Capsid Proteins.
著者: Konietzny, P.B. / Freytag, J. / Feldhof, M.I. / Muller, J.C. / Ohl, D. / Stehle, T. / Hartmann, L.

履歴

登録	2022年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zim.cif.gz	312.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zim.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zim_validation.pdf.gz	641.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zim_full_validation.pdf.gz	645.4 KB	表示
XML形式データ	7zim_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	7zim_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zilC 7zinC 7zioC 7zipC 7ziqC 3nxdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

152 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.146, 96.635, 128.555
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.487, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1

分子量: 30075.861 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03089

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: BIRD: PRD_002415

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: BIRD: PRD_002415

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Neup5Ac]{}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M KSCN, 12% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→44.8 Å / Num. obs: 248912 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.74 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 10.61
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å / Num. unique obs: 39897 / CC_1/2: 0.49 / R_rim(I) all: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NXD

3nxd

解像度: 1.55→44.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1909	4979	2 %
R_work	0.167	243931	-
all	0.167	-	-
obs	-	248910	99.791 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.833 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.555 Å²	0 Å²	-0.116 Å²
2-	-	-0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.517 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→44.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10099	0	110	1703	11912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10825
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	9640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.661	14790
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.396	1.582	22516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.158	5	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.688	22.943	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.782	15	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.539	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	8945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	5143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4522
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.099	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.14	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.329	1.758	5397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.326	1.757	5396
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.094	2.622	6783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.095	2.623	6784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.072	2.004	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.072	2.005	5429
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.285	2.912	7987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.285	2.912	7988
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.6	22.839	12169
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.168	21.436	11613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.589	0.391	362	0.422	17742	X-RAY DIFFRACTION	98.3646
1.589-1.632	0.345	358	0.353	17524	X-RAY DIFFRACTION	99.972
1.632-1.679	0.299	348	0.299	17040	X-RAY DIFFRACTION	99.9425
1.679-1.731	0.285	339	0.251	16609	X-RAY DIFFRACTION	99.9823
1.731-1.788	0.212	328	0.212	16102	X-RAY DIFFRACTION	99.9696
1.788-1.85	0.217	316	0.186	15486	X-RAY DIFFRACTION	99.7853
1.85-1.92	0.221	307	0.174	15002	X-RAY DIFFRACTION	99.9543
1.92-1.998	0.203	293	0.165	14401	X-RAY DIFFRACTION	99.9252
1.998-2.087	0.18	284	0.161	13889	X-RAY DIFFRACTION	99.9365
2.087-2.188	0.182	271	0.153	13266	X-RAY DIFFRACTION	99.9114
2.188-2.307	0.182	257	0.145	12605	X-RAY DIFFRACTION	99.9456
2.307-2.446	0.184	243	0.14	11909	X-RAY DIFFRACTION	99.9178
2.446-2.614	0.158	230	0.137	11278	X-RAY DIFFRACTION	99.9479
2.614-2.823	0.178	213	0.139	10420	X-RAY DIFFRACTION	99.953
2.823-3.091	0.178	197	0.145	9670	X-RAY DIFFRACTION	99.8988
3.091-3.454	0.167	178	0.142	8704	X-RAY DIFFRACTION	99.7753
3.454-3.985	0.153	157	0.132	7713	X-RAY DIFFRACTION	99.8478
3.985-4.87	0.15	134	0.125	6553	X-RAY DIFFRACTION	99.9253
4.87-6.848	0.162	104	0.188	5118	X-RAY DIFFRACTION	99.7517
6.848-44.8	0.24	60	0.207	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.1625

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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