PDB-7zil: JC Polyomavirus VP1 in complex with 3'-Sialyllactose glycomacromo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zil

タイトル

JC Polyomavirus VP1 in complex with 3'-Sialyllactose glycomacromolecules (aliphatic linker)

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Complex / Sialic acid / Capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Freytag, J. / Mueller, J.C. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2022
タイトル: Synthesis of Homo- and Heteromultivalent Fucosylated and Sialylated Oligosaccharide Conjugates via Preactivated N -Methyloxyamine Precision Macromolecules and Their Binding to Polyomavirus Capsid Proteins.
著者: Konietzny, P.B. / Freytag, J. / Feldhof, M.I. / Muller, J.C. / Ohl, D. / Stehle, T. / Hartmann, L.

履歴

登録	2022年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zil.cif.gz	601.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zil.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zil.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/7zil	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zimC 7zinC 7zioC 7zipC 7ziqC 3nxdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

153 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.098, 96.023, 128.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.555, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AAABBBCCCDDDEEE

#1: タンパク質

Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1

分子量: 30075.861 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03089

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: BIRD: PRD_002415

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 1986分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1965 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M KSCN, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→48.012 Å / Num. obs: 464154 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.78 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 12.14
反射シェル	解像度: 1.24→1.31 Å / Num. unique obs: 61755 / CC_1/2: 0.49 / R_rim(I) all: 1.04

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NXD

3nxd

解像度: 1.24→48.012 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1547	9262	2 %
R_work	0.1375	453835	-
all	0.138	-	-
obs	-	463097	95.983 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.372 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	-0 Å²	0.104 Å²
2-	-	-0.136 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→48.012 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10070	0	155	1965	12190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	11718
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	10436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.659	1.665	16103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.476	1.585	24426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.383	5	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.985	22.966	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.208	15	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.667	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	13680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.225	0.2	9699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	5285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	4961
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.103	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.118	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.423	1.382	5862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.423	1.382	5861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.769	2.079	7500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.769	2.079	7501
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.195	1.675	5856
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.195	1.675	5857
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.657	2.411	8588
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.657	2.411	8589
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.953	19.77	13348
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.201	17.995	12682
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	11.366	3	22153

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.269	0.609	502	0.566	24642	X-RAY DIFFRACTION	70.6947
1.269-1.304	0.423	593	0.433	29031	X-RAY DIFFRACTION	85.4727
1.304-1.342	0.317	634	0.298	31089	X-RAY DIFFRACTION	93.9551
1.342-1.383	0.245	633	0.227	31012	X-RAY DIFFRACTION	96.8418
1.383-1.428	0.2	631	0.176	30889	X-RAY DIFFRACTION	99.0385
1.428-1.478	0.179	611	0.146	29945	X-RAY DIFFRACTION	99.4144
1.478-1.534	0.151	591	0.127	28983	X-RAY DIFFRACTION	99.6026
1.534-1.597	0.145	569	0.115	27862	X-RAY DIFFRACTION	99.7334
1.597-1.668	0.126	547	0.106	26819	X-RAY DIFFRACTION	99.8577
1.668-1.749	0.127	525	0.103	25696	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.749-1.844	0.123	498	0.102	24398	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.955	0.135	471	0.107	23095	X-RAY DIFFRACTION	99.9745
1.955-2.09	0.128	443	0.112	21702	X-RAY DIFFRACTION	99.9458
2.09-2.257	0.133	413	0.109	20242	X-RAY DIFFRACTION	99.9516
2.257-2.472	0.123	380	0.105	18647	X-RAY DIFFRACTION	99.8688
2.472-2.763	0.132	345	0.112	16862	X-RAY DIFFRACTION	99.9593
2.763-3.188	0.136	304	0.121	14930	X-RAY DIFFRACTION	99.9278
3.188-3.901	0.125	258	0.119	12615	X-RAY DIFFRACTION	99.8836
3.901-5.498	0.14	200	0.14	9828	X-RAY DIFFRACTION	99.9502
5.498-48.012	0.244	114	0.228	5547	X-RAY DIFFRACTION	99.8237

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AAABBBCCCDDDEEE

-
非ポリマー , 5種, 1986分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AAABBBCCCDDDEEE

-非ポリマー , 5種, 1986分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AAABBBCCCDDDEEE

-
非ポリマー , 5種, 1986分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)