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万見
- PDB-7zi2: Crystal structure of dCK C4S-S74E mutant in complex with UDP and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zi2
タイトルCrystal structure of dCK C4S-S74E mutant in complex with UDP and the dCKi2 inhibitor
要素Deoxycytidine kinase
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J7W / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Deoxycytidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Saez-Ayala, M. / Ben-Yaala, K. / Betzi, S. / Rebuffet, E. / Morelli, X.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Fondation ARCSL220130606659 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: From a drug repositioning to a structure-based drug design approach to tackle acute lymphoblastic leukemia.
著者: Saez-Ayala, M. / Hoffer, L. / Abel, S. / Ben Yaala, K. / Sicard, B. / Andrieu, G.P. / Latiri, M. / Davison, E.K. / Ciufolini, M.A. / Bremond, P. / Rebuffet, E. / Roche, P. / Derviaux, C. / ...著者: Saez-Ayala, M. / Hoffer, L. / Abel, S. / Ben Yaala, K. / Sicard, B. / Andrieu, G.P. / Latiri, M. / Davison, E.K. / Ciufolini, M.A. / Bremond, P. / Rebuffet, E. / Roche, P. / Derviaux, C. / Voisset, E. / Montersino, C. / Castellano, R. / Collette, Y. / Asnafi, V. / Betzi, S. / Dubreuil, P. / Combes, S. / Morelli, X.
履歴
登録2022年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6584
ポリマ－32,7021
非ポリマー9573
水66737
1
A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3178
ポリマ－65,4032
非ポリマー1,9146
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area21950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.836, 68.836, 123.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Deoxycytidine kinase / dCK / Deoxyadenosine kinase / Deoxyguanosine kinase


分子量: 32701.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase, 2'-deoxyadenosine kinase, deoxyguanosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 化合物 ChemComp-J7W / N-[3-[[4-[4,6-bis(azanyl)pyrimidin-2-yl]-1,3-thiazol-2-yl]amino]-4-methyl-phenyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]benzamide


分子量: 529.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31N9OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.9 M Sodium Citrate, 60 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→60.14 Å / Num. obs: 16221 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 43.966 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 174047
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all
2.18-2.2211.21.191108100.5811.959
5.92-60.178.923.483579400.020.061

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KCG

4kcg


解像度: 2.18→48.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.193 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2616 749 4.6 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2041 15419 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.77 Å2 / Biso mean: 52.838 Å2 / Biso min: 33.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.47 Å20 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---2.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1923 0 64 37 2024
Biso mean--59.79 45.18 -
残基数----230
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.6642760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2971.5864309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5075227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.70123.246114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28815358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3531511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02486
LS精密化 シェル解像度: 2.181→2.238 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 57 -
Rwork0.371 1107 -
all-1164 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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