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- PDB-7zi0: Structure of human Smoothened in complex with cholesterol and SAG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zi0
タイトルStructure of human Smoothened in complex with cholesterol and SAG
要素Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Class F G protein coupled receptor / Hedgehog signalling / oncoprotein / drug target / signal transduction / morphogen / cholesterol
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / central nervous system neuron differentiation / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling ...ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / central nervous system neuron differentiation / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling / myoblast migration / atrial septum morphogenesis / spinal cord dorsal/ventral patterning / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / midgut development / left/right axis specification / ciliary tip / Activation of SMO / thalamus development / somite development / patched binding / forebrain morphogenesis / cellular response to cholesterol / type B pancreatic cell development / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of organ growth / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / dorsal/ventral neural tube patterning / smooth muscle tissue development / pattern specification process / cerebellar cortex morphogenesis / mammary gland epithelial cell differentiation / dentate gyrus development / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / oxysterol binding / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of smoothened signaling pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / neural crest cell migration / cell fate specification / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / anterior/posterior pattern specification / ciliary membrane / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / hair follicle morphogenesis / smoothened signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / heart looping / negative regulation of DNA binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / protein kinase A catalytic subunit binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / neuroblast proliferation / vasculogenesis / Hedgehog 'off' state / skeletal muscle fiber development / positive regulation of epithelial cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / epithelial cell proliferation / protein sequestering activity / centriole / astrocyte activation / negative regulation of protein phosphorylation / central nervous system development / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / Hedgehog 'on' state / multicellular organism growth / cilium / cerebral cortex development / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / protein import into nucleus / endocytic vesicle membrane / late endosome / gene expression / in utero embryonic development / periplasmic space / electron transfer activity / protein stabilization / positive regulation of cell migration / iron ion binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / heme binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain ...Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-MPG / Chem-V0S / Soluble cytochrome b562 / Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Byrne, E.F.X. / Woolley, R.E. / Ansell, B. / Sansom, M.S.P. / Newstead, S. / Siebold, C.
資金援助 英国, European Union, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
European Research Council (ERC)647278European Union
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Patched 1 regulates Smoothened by controlling sterol binding to its extracellular cysteine-rich domain.
著者: Kinnebrew, M. / Woolley, R.E. / Ansell, T.B. / Byrne, E.F.X. / Frigui, S. / Luchetti, G. / Sircar, R. / Nachtergaele, S. / Mydock-McGrane, L. / Krishnan, K. / Newstead, S. / Sansom, M.S.P. / ...著者: Kinnebrew, M. / Woolley, R.E. / Ansell, T.B. / Byrne, E.F.X. / Frigui, S. / Luchetti, G. / Sircar, R. / Nachtergaele, S. / Mydock-McGrane, L. / Krishnan, K. / Newstead, S. / Sansom, M.S.P. / Covey, D.F. / Siebold, C. / Rohatgi, R.
履歴
登録2022年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562
B: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,94510
ポリマ－141,5682
非ポリマー2,3778
水00
1
A: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2847
ポリマ－70,7841
非ポリマー1,5006
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6613
ポリマ－70,7841
非ポリマー8772
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.860, 63.150, 208.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562 / SMO / Protein Gx / Cytochrome b-562


分子量: 70783.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human Smoothened with cytochrome b562 (BRIL) inserted in a cytoplasmic loop.,Human Smoothened with cytochrome b562 (BRIL) inserted in a cytoplasmic loop.,Human Smoothened with cytochrome b562 ...詳細: Human Smoothened with cytochrome b562 (BRIL) inserted in a cytoplasmic loop.,Human Smoothened with cytochrome b562 (BRIL) inserted in a cytoplasmic loop.,Human Smoothened with cytochrome b562 (BRIL) inserted in a cytoplasmic loop.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMO, SMOH, cybC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99835, UniProt: P0ABE7
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 7分子

#2: 化合物 ChemComp-V0S / 3-chloro-N-[trans-4-(methylamino)cyclohexyl]-N-{[3-(pyridin-4-yl)phenyl]methyl}-1-benzothiophene-2-carboxamide / SAG


分子量: 490.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28ClN3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH6.0, 0.09-0.12 M potassium formate, 24-27% (v/v) PEG500 DME, 0.5 mM zinc chloride, 0.1 M ammonium fluoride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→60.4 Å / Num. obs: 31218 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.797 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2012 / CC1/2: 0.363 / CC star: 0.73 / Rpim(I) all: 0.796 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSv1.1.3データ削減
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L7D

5l7d


解像度: 3→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 64.946 / SU ML: 0.498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2748 1480 4.7 %RANDOM
Rwork0.2309 ---
obs0.2331 29738 96.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 267.69 Å2 / Biso mean: 130.621 Å2 / Biso min: 62.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.35 Å20 Å24.81 Å2
2--4.6 Å20 Å2
3----2.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9245 0 164 0 9409
Biso mean--120.74 --
残基数----1171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0199674
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.029148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.9513165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4222.98820975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8285.0171168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.98723.082425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.819151523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6241570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022342
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 93 -
Rwork0.416 1909 -
all-2002 -
obs--86.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.32360.2292-2.31561.4045-1.22183.0807-0.3834-0.1339-0.2766-0.06020.1085-0.15230.0481-0.05740.2750.6410.0765-0.07070.3597-0.00710.5502-45.395-34.15107.375
26.2254-1.9895-2.12472.73370.38651.40860.19640.2093-0.7295-0.1049-0.4625-0.1924-0.6186-0.32390.26610.6344-0.0150.06061.243-0.00280.184822.744-16.776-5.185
33.42.3719-5.20082.9031-2.40779.17740.19860.39010.19690.40560.2207-0.00770.0155-0.5251-0.41940.60910.0768-0.07360.66590.04660.4825-40.27-22.60685.242
46.9592-2.675-1.45922.2022-3.156112.10020.20590.43290.3194-0.0652-0.057-0.1211-0.1135-0.4459-0.14890.6151-0.05010.1090.83790.10610.254213.12-6.76916.724
50.92010.2411-1.17210.0795-0.42094.16690.05310.28030.02530.05280.0695-0.0474-0.1432-0.4117-0.12250.66650.0501-0.00460.67170.08990.3497-29.079-19.78356.471
61.1831-0.151-1.13160.05380.17352.70050.06710.2936-0.12590.0661-0.0498-0.0471-0.3176-0.1146-0.01730.6639-0.07330.03780.8760.1870.25582.103-9.64247.599
74.2982-2.09860.16731.98250.50050.45010.12240.6233-0.4427-0.2815-0.17630.2317-0.213-0.11190.05390.63350.09950.24481.126-0.16460.2820.851-38.86413.971
83.16382.265-1.8352.5789-2.17112.23780.06750.4216-0.1330.31480.0033-0.0385-0.07050.0046-0.07090.6733-0.076-0.07380.40150.00080.5112-12.805-39.52289.762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A58 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2B58 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3A191 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4B191 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5A217 - 425
6X-RAY DIFFRACTION5A551 - 657
7X-RAY DIFFRACTION6B217 - 425
8X-RAY DIFFRACTION6B551 - 655
9X-RAY DIFFRACTION7A426 - 550
10X-RAY DIFFRACTION8B426 - 550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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