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- PDB-7zhr: Complex structure of drosophila Unr CSD789 and pAbp RRM3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zhr
タイトルComplex structure of drosophila Unr CSD789 and pAbp RRM3
要素
  • Polyadenylate-binding protein
  • Upstream of N-ras, isoform A
キーワードRNA BINDING PROTEIN / drosophila Unr / CSD / cold-shock domain / protein complex / PPI / drosophila pAbp / RRM / Unr / pAbp
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of compound eye photoreceptor development / male meiosis cytokinesis / dosage compensation complex assembly / spermatid nucleus differentiation / protein-RNA adaptor activity / RISC complex binding / male meiotic nuclear division / sex differentiation / poly(A) binding / oocyte development ...regulation of compound eye photoreceptor development / male meiosis cytokinesis / dosage compensation complex assembly / spermatid nucleus differentiation / protein-RNA adaptor activity / RISC complex binding / male meiotic nuclear division / sex differentiation / poly(A) binding / oocyte development / dorsal/ventral pattern formation / poly(U) RNA binding / precatalytic spliceosome / oogenesis / lncRNA binding / negative regulation of translational initiation / catalytic step 2 spliceosome / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / spermatogenesis / chemical synaptic transmission / cell differentiation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / synapse / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cold shock domain-containing protein E1 CSD domain / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain ...: / Cold shock domain-containing protein E1 CSD domain / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / MLLE domain / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyadenylate-binding protein / RNA-binding protein Unr
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Hennig, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Upstream of N-Ras C-terminal cold shock domains mediate poly(A) specificity in a novel RNA recognition mode and bind poly(A) binding protein.
著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Linse, J.B. / Ullmann, P. / Payr, M. / Murciano, B. / Simon, B. / Hub, J.S. / Hennig, J.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Upstream of N-Ras C-terminal cold shock domains mediate poly(A) specificity in a novel RNA recognition mode and bind poly(A) binding protein.
著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Linse, J.B. / Ullmann, P. / Payr, M. / Murciano, B. / Simon, B. / Hub, J.S. / Hennig, J.
#2: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Upstream of N-Ras C-terminal cold shock domains mediate poly(A) specificity in a novel RNA recognition mode and bind poly(A) binding protein during translation regulation
著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Linse, J.B. / Ullmann, P. / Payr, M. / Murciano, B. / Simon, B. / Hub, J.S. / Hennig, J.
履歴
登録2022年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Upstream of N-ras, isoform A
B: Polyadenylate-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1152
ポリマ－36,1152
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.600, 52.020, 73.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Upstream of N-ras, isoform A


分子量: 26166.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Unr, BcDNA:LD13080, CR32028, Dmel\CG7015, dUNR, dUnr, dunr, MRE30, UNR, unr, CG7015, Dmel_CG7015
プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VSK3
#2: タンパク質 Polyadenylate-binding protein / PABP / Poly(A)-binding protein


分子量: 9948.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: pAbp, CG5119 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P21187
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium formate 0.1 M bis-tris propane 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→42.36 Å / Num. obs: 7836 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.262 % / Biso Wilson estimate: 44.16 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rrim(I) all: 0.283 / Χ2: 0.853 / Net I/σ(I): 6.61 / Num. measured all: 49067
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.99-3.074.7510.6782.174780.6960.7681.4
3.07-3.165.1650.6342.525380.7210.70796.2
3.16-3.255.7940.5393.165730.8640.59499.7
3.25-3.356.3360.5133.845330.8710.5699.8
3.35-3.466.6450.4194.695270.9220.454100
3.46-3.586.7180.395.194790.9260.42399.8
3.58-3.716.5980.3475.625130.9590.376100
3.71-3.876.7940.3266.34670.960.354100
3.87-4.046.7440.2517.684420.9770.272100
4.04-4.236.6880.2318.554260.9750.251100
4.23-4.466.5830.19110.074240.980.20899.5
4.46-4.736.5990.17610.963890.980.191100
4.73-5.066.5260.17810.043590.9870.193100
5.06-5.476.4480.2198.33370.980.238100
5.47-5.996.4720.247.553260.9660.261100
5.99-6.696.4680.2367.522990.9750.25799.7
6.69-7.736.3670.1948.862480.9820.211100
7.73-9.475.7280.13211.42170.990.14599.5
9.47-13.395.8340.11213.551750.990.12299.4
13.39-42.365.2440.11312.13860.9840.12686

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZHH

7zhh


解像度: 2.99→42.36 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3154 392 5 %
Rwork0.2531 7443 -
obs0.256 7835 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.52 Å2 / Biso mean: 40.3117 Å2 / Biso min: 26.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.99→42.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2279 0 0 17 2296
Biso mean---35.31 -
残基数----288
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.99-3.430.31941250.29732379250495
3.43-4.320.34951330.256925302663100
4.32-42.360.28651340.22842534266899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0815-0.7198-1.1130.2490.37670.92320.1463-0.17350.4513-0.19550.1475-0.0727-0.00550.1052-0.21330.38050.02440.05160.5087-0.03950.4766-1.551534.097522.3897
21.0223-0.5382-0.01031.6597-0.06070.1431-0.07430.0287-0.1154-0.25080.13210.2280.156-0.3894-0.00410.5741-0.13610.08680.71340.01250.40392.681931.788320.8358
30.29970.4631-0.6771.1874-0.27762.7816-0.1886-0.0321-0.0554-0.9644-0.0178-0.5370.23670.42460.08040.703-0.10340.19880.2736-0.0110.541831.513526.5333-4.1362
42.0552-1.1082-0.4793.57071.51343.21550.03180.2260.3892-0.7699-0.2188-0.22460.0183-0.20050.18110.4401-0.020.10980.35630.04970.393127.746127.7135-8.1257
51.48490.64380.68180.93930.09531.0440.0355-0.17750.00840.1293-0.0614-0.072-0.065-0.12890.04710.34240.05070.03730.35190.00250.312325.32932.368122.4799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 163 through 219 )A163 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 220 through 235 )A220 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 9 through 22 )B9 - 22
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 23 through 88 )B23 - 88
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 8 through 162 )A8 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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