PDB-7zhm: Salmonella enterica Rhs1 C-terminal toxin TreTu complex with TriT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zhm

タイトル

Salmonella enterica Rhs1 C-terminal toxin TreTu complex with TriTu immunity protein

要素

Immunity protein TriTu
Rhs1 protein

キーワード

TOXIN (毒素) /

Bacterial toxin / Toxin-Immunity / Secreted toxin /

T6SS / Rhs

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Jurenas, D. / Rey, M. / Chamot-Rooke, J. / Terradot, L. / Cascales, E.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Salmonella antibacterial Rhs polymorphic toxin inhibits translation through ADP-ribosylation of EF-Tu P-loop.
著者: Jurenas, D. / Rey, M. / Byrne, D. / Chamot-Rooke, J. / Terradot, L. / Cascales, E.

履歴

登録	2022年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zhm.cif.gz	182.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zhm.ent.gz	145.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zhm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/7zhm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7zhlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Rhs1 protein

B: Rhs1 protein

C: Immunity protein TriTu

D: Immunity protein TriTu

ヘテロ分子

47.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Rhs1 protein

C: Immunity protein TriTu

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
23.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Rhs1 protein

D: Immunity protein TriTu

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.645, 94.036, 61.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.069, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Rhs1 protein / Type IV secretion protein Rhs 分子量: 12280.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: rhs1, AAC35_21760, D4387_21375, D5X47_21305, D6J79_20575, DLB93_21645, DNZ37_21750, DP680_20875, EBD14_21675, EBK21_05215, EPB30_20940, G0A51_20515, G0A70_20295, G0A76_24585, G0A92_21400, ...遺伝子: rhs1, AAC35_21760, D4387_21375, D5X47_21305, D6J79_20575, DLB93_21645, DNZ37_21750, DP680_20875, EBD14_21675, EBK21_05215, EPB30_20940, G0A51_20515, G0A70_20295, G0A76_24585, G0A92_21400, G0B96_23075, G0L34_19925, G0L35_16920, G0L38_12410, G0O00_10210, G0O74_11815, G0P08_23200, G3270_004033, G3A35_20815, G3V17_004532, G3V56_003855, G3V57_003909, G4202_004361, G4A85_004523, G4C74_004221, G4G97_002756, G4H00_004443, G4H24_004340, G4J08_004554, G4O67_004413, G4P85_004250, G4P93_004471, G4Q28_004357, G4Q31_004333, G4Q59_002008, G4Q60_003793, G4R01_003771, G4R15_004097, G4R16_004318, G4W86_004197, G4W87_004001, G9302_002704, G9304_004450, G9313_003832, G9367_004345, G9W65_003986, G9W79_004269, G9W95_004377, GBY13_08045, GBY73_05000, GEZ01_12865, GNB36_003912, GYI77_06060, Z700_16315 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93IR1
#2: タンパク質	Immunity protein TriTu / 分子量: 10501.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: A3104_21280, A3S30_24885, A3T81_18830, A3U32_23685, A3V03_03705, A3V89_26565, A3W57_07430, A3W75_17160, A3X15_18460, A3Y76_22790, A4N07_19890, A4O05_22095, A4O41_12545, A4R48_24810, A6D61_ ...遺伝子: A3104_21280, A3S30_24885, A3T81_18830, A3U32_23685, A3V03_03705, A3V89_26565, A3W57_07430, A3W75_17160, A3X15_18460, A3Y76_22790, A4N07_19890, A4O05_22095, A4O41_12545, A4R48_24810, A6D61_18845, AAA76_24645, AAB27_16245, AAB79_24185, AAC35_21755, ADQ28_19745, AGM99_21090, AIT36_18185, AKH62_23030, AL144_24155, AL168_20775, AL184_23325, AQ530_17415, AU613_26795, AVA38_22450, AVL16_21415, AWT30_20335, B1265_13470, B1642_20645, B1P38_21655, B2E31_16670, B4V59_16295, B4W90_20805, B6362_18775, B7Q27_21350, B8Y16_20415, B8Z46_24695, B9C90_17255, B9C96_11800, B9M14_21175, B9O84_21965, BG493_18250, BIC00_10565, BIC13_08285, BK110_20995, BKM50_05830, BMS46_06345, BZ203_05255, BZZ88_03145, C5W43_06445, CA117_20185, CAC59_18410, CB646_20565, CBM67_18245, CBM76_20015, CBZ90_02090, CC339_16850, CC453_18020, CC652_24350, CCP17_20025, CDZ72_05380, CE70_17375, CEQ70_05720, CFF58_06395, CFF59_23420, CHN22_22420, CIX60_10615, CPS79_21305, CQO33_21175, CSG22_15055, CVR97_23495, D4361_24780, D4387_21370, D5823_18210, D5N86_25720, D5N95_24415, D5X47_21300, D6422_21315, D6J79_20570, D8S24_24495, DD95_17770, DLB93_21650, DLR28_20680, DMI89_02275, DMO92_25405, DN165_21400, DNB97_10255, DNZ37_21745, DO533_23325, DP680_20880, DPB42_24965, DPD91_20640, DPF41_22985, DPS76_24805, DQD22_24730, DQR44_25750, DRT38_21835, DSF94_24595, DU071_23735, DU657_22350, DU793_24960, DWU22_23300, DY580_17115, DYM27_14260, E0935_15085, E1A11_24660, E6W45_19865, EBD14_21680, EBK21_05210, EC404_18500, ED463_24780, EER35_24745, EHB09_18595, EK388_24345, ELS01_16950, EPB30_20945, EVY71_17715, F0D96_10735, F2P00_21530, F3Q97_07515, F3R12_08905, F9G02_19695, F9O44_23175, FEM52_19775, FGZ46_23375, FQC24_21550, G0038_13780, G0040_20120, G0042_18040, G0045_14575, G0047_13425, G0048_23400, G0051_22050, G0052_21825, G0059_15490, G0061_22165, G0062_16025, G0063_14840, G0067_13555, G0069_22925, G0070_23015, G0071_21925, G0072_07235, G0074_16430, G0076_15445, G0077_22910, G0080_17120, G0084_21735, G0086_23605, G0087_16490, G0088_22725, G0089_23720, G0090_23715, G0094_19715, G0100_23135, G0101_12940, G0102_15580, G0111_13420, G0113_17090, G0117_16475, G0123_16485, G0124_22895, G0148_15150, G0157_15905, G0170_21030, G0A32_24610, G0A39_17590, G0A43_17095, G0A44_21085, G0A46_19240, G0A50_18180, G0A51_20520, G0A53_24605, G0A58_24565, G0A60_20185, G0A61_24205, G0A66_20235, G0A67_17800, G0A68_19685, G0A70_20300, G0A73_20560, G0A76_24590, G0A79_18405, G0A92_21395, G0A96_18505, G0A97_19250, G0B03_20850, G0B05_20705, G0B07_16840, G0B08_21360, G0B12_21550, G0B96_23080, G0C03_24060, G0C04_24220, G0E15_21920, G0J24_22230, G0J26_25045, G0J27_25740, G0J28_19390, G0J31_25020, G0J33_18415, G0J34_20270, G0J36_21375, G0J37_24850, G0J40_21210, G0J43_24590, G0J44_24385, G0J45_23050, G0J46_22870, G0J47_24120, G0J49_20830, G0J51_21340, G0J53_11145, G0J55_24390, G0J58_15270, G0J66_15690, G0J67_25385, G0J69_25180, G0J71_10030, G0J76_18575, G0J79_03375, G0J81_26215, G0J82_02110, G0J85_17250, G0J97_23130, G0K00_25630, G0K02_24765, G0K03_21950, G0K04_16625, G0K05_24660, G0K07_08180, G0K13_24505, G0K15_25490, G0K18_22600, G0K20_24440, G0K23_21730, G0K25_19165, G0K26_19795, G0K30_21835, G0K31_21125, G0K32_24960, G0K33_21675, G0K37_26455, G0K38_09335, G0K39_24415, G0K41_25485, G0K42_07385, G0K44_21165, G0K46_22525, G0K47_20865, G0K56_20360, G0K61_19885, G0K65_20230, G0K68_13530, G0K70_20080, G0K72_25870, G0K75_20250, G0K78_22450, G0K83_20680, G0K84_08060, G0K88_004862, G0K89_004674, G0K90_004874, G0K94_004855, G0K95_004955, G0L00_004940, G0L02_004996, G0L03_24850, G0L06_24860, G0L07_26440, G0L10_24895, G0L14_15080, G0L15_24510, G0L18_24450, G0L19_24455, G0L20_20700, G0L24_22165, G0L25_20785, G0L29_20935, G0L31_20250, G0L32_18730, G0L34_19930, G0L35_16925, G0L36_21935, G0L37_20125, G0L38_12415, G0L48_24860, G0L49_24370, G0L51_18465, G0L52_23735, G0L55_21695, G0L59_24055, G0L62_23350, G0L63_24085, G0L65_24025, G0L67_19310, G0L68_17340, G0L73_23990, G0L76_23685, G0L78_24345, G0L79_23490, G0L83_23425, G0L86_004812, G0L89_24295, G0L91_24300, G0L96_18690, G0M05_22390, G0M06_004322, G0M13_004595, G0M14_21270, G0M16_23890, G0M18_004837, G0M21_22175, G0M22_004559, G0M25_004774, G0M26_24365, G0M29_004801, G0M30_21230, G0M33_24520, G0M35_09450, G0M38_22475, G0M39_24755, G0M41_21985, G0M45_21465, G0M46_004440, G0M48_004285, G0M53_23940, G0M55_19470, G0M56_19795, G0M58_20480, G0M63_26290, G0M65_19275, G0M67_19925, G0N45_07225, G0N48_21510, G0N51_19570, G0N53_23280, G0N55_14925, G0N57_23975, G0N58_12235, G0N59_12850, G0N60_07005, G0N61_11300, G0N62_19460, G0N64_21975, G0N65_17595, G0N66_06990, G0N67_21060, G0N71_13580, G0N75_12675, G0N78_12230, G0N82_24540, G0N84_21935, G0N85_09660, G0N86_06910, G0N88_19275, G0N89_17190, G0N90_13675, G0N94_23710, G0N95_20720, G0N98_19345, G0N99_14210, G0O00_10205, G0O10_08850, G0O14_23250, G0O19_21995, G0O20_19940, G0O22_07780, G0O25_02530, G0O27_12190, G0O31_13055, G0O32_20735, G0O37_05335, G0O39_11125, G0O40_07750, G0O41_22035, G0O42_21895, G0O43_14195, G0O47_22690, G0O52_15185, G0O55_24580, G0O57_14580, G0O58_14110, G0O59_02765, G0O60_13880, G0O63_14335, G0O68_16445, G0O70_16490, G0O71_22265, G0O74_11810, G0O75_22305, G0O77_14470, G0O78_16070, G0O80_13375, G0O81_17735, G0O82_14790, G0O84_15955, G0O85_22150, G0O87_15165, G0O89_22500, G0O92_22385, G0O93_21600, G0O97_23980, G0O99_21870, G0P00_11275, G0P01_09120, G0P02_11570, G0P06_15360, G0P08_23205, G0P12_21645, G0P13_14815, G0P17_08625, G0P18_23550, G0P19_15165, G0P24_23215, G0P26_16080, G0P28_15535, G0P30_18490, G0P31_16945, G0P36_17640, G0P37_03640, G0P41_08910, G0P44_05725, G0P45_20895, G0P48_14810, G0P49_24390, G0P52_16495, G0P53_25970, G0P56_15465, G0P57_22450, G0P58_07240, G0P65_09610, G0P69_15980, G0P73_20420, G0P75_21260, G0P76_06270, G1N61_22185, G1N64_16755, G1N66_16750, G1N68_16445, G1N71_16735, G1N72_16750, G1N86_17030, G1N87_16775, G1N91_02715, G1O00_17040, G1O02_17040, G1O04_16755, G1O05_16750, G1O08_22790, G1O10_20855, G1O12_17045, G1O16_17040, G1O17_16525, G1O18_17045, G1O20_17035, G1O23_16075, G1O25_17030, G1O26_17035, G1O27_21860, G1O28_16795, G1O29_21775, G1O32_17025, G1O34_17105, G1O38_22465, G1O40_23015, G1O43_17025, G1O46_16735, G1O48_16810, G1O49_16885, G1O51_17030, G1O53_17100, G1O62_17040, G1O63_17020, G1O65_21780, G1O67_16355, G1O68_22065, G1O69_16595, G1O71_16590, G1O72_22140, G1O76_17115, G1O77_17030, G1O80_17125, G1O81_16760, G1O83_17620, G1O84_17115, G1O87_17120, G1O88_22145, G1O89_17040, G1O90_17110, G1O93_17110, G1O94_17105, G1O96_17110, G1P02_17100, G1P03_17955, G1P06_22395, G1P09_16990, G1P10_17055, G1P12_17110, G1P14_23900, G1P15_17570, G1P17_17120, G1P19_17110, G1P23_17115, G1P24_22065, G1P25_18595, G1P26_22030, G1P29_17940, G1P31_17100, G1P35_17035, G1P36_17030, G1P37_20220, G1P40_22710, G1P44_17035, G1P45_17115, G1P47_16830, G1P48_17115, G1P51_17115, G1P52_17885, G1P53_17830, G1P54_17125, G1P55_16805, G1P56_17090, G1P57_16840, G1P58_17105, G1P59_17115, G1P61_17570, G1P64_16805, G1P67_21670, G1P69_17025, G1P72_20030, G1P75_16360, G1P76_16700, G1P78_17005, G1P83_20760, G1P84_17040, G1P87_17110, G1P90_16190, G1P91_17105, G1Q03_16720, G1Q08_21475, G1Q67_17115, G1Q78_19740, G1Q81_16595, G1Q83_17535, G1Q84_19165, G1Q85_16240, G1Q86_16210, G1Q88_20510, G1Q90_21735, G1Q91_22000, G1Q93_21400, G1Q96_25325, G1Q98_16260, G1Q99_20460, G1R01_17960, G1R02_17040, G1R03_22070, G1R04_17050, G1R08_14270, G1R13_21520, G1R15_20520, G1R20_02785, G1R21_15830, G1R22_16790, G1R23_14625, G1R27_16360, G1R28_16555, G1R29_17120, G1R30_16810, G1R31_16595, G1R36_18045, G1R38_16005, G1R40_16640, G1R42_25245, G1R44_22230, G1R45_21135, G1R47_16330, G1R48_19405, G1R51_16745, G1R53_18050, G1R63_22140, G1R69_20835, G1R87_17240, G1R93_16715, G1S02_16830, G2203_21425, G2212_15325, G2218_13260, G2279_08735, G2290_16920, G2793_20235, G2951_19065, G3221_004811, G3230_001780, G3231_003879, G3247_004837, G3248_001209, G3254_003730, G3270_004034, G3275_004813, G3336_003433, G3357_000489, G3369_004805, G3433_001837, G3464_004195, G3593_004828, G3A35_20820, G3V06_004100, G3V14_003903, G3V17_004533, G3V56_003854, G3V57_003910, G3X03_003938, G4189_003906, G4190_003784, G4192_004102, G4198_004153, G4201_001080, G4202_004362, G4A01_004238, G4A73_004743, G4A83_005114, G4A87_000956, G4B68_004665, G4B72_003508, G4B74_004047, G4C74_004222, G4D46_003776, G4F88_05850, G4F89_18520, G4F91_18175, G4F92_05850, G4G62_004887, G4G67_004167, G4G68_004801, G4G75_004042, G4G76_004048, G4G97_002755, G4H00_004444, G4H04_005144, G4H08_004806, G4H18_004810, G4H21_004803, G4H24_004341, G4H63_002715, G4I66_000598, G4J08_004555, G4J11_001980, G4J12_003329, G4J18_004322, G4J37_003944, G4J39_003448, G4J41_004178, G4J45_003829, G4J90_001468, G4K02_001147, G4K03_003353, G4O54_004070, G4O56_003838, G4O59_004025, G4O60_004234, G4O67_004414, G4O69_004025, G4P83_003986, G4P85_004251, G4P91_004016, G4P93_004472, G4Q12_004823, G4Q28_004358, G4Q31_004334, G4Q50_003968, G4Q52_003922, G4Q59_002007, G4Q60_003792, G4Q63_001067, G4Q94_004834, G4R01_003770, G4R02_004438, G4R15_004098, G4R16_004319, G4W68_004926, G4W73_004895, G4W86_004198, G4W87_004002, G4W88_004801, G4W91_004805, G4Y10_002409, G9269_004199, G9302_002703, G9305_004856, G9309_005009, G9313_003833, G9314_004703, G9367_004346, G9381_004732, G9C41_003972, G9C46_003916, G9C47_004060, G9C49_003732, G9C57_004803, G9C64_004472, G9G03_003957, G9G04_001247, G9G36_005129, G9G45_004558, G9G50_004372, G9G62_001322, G9W28_004171, G9W45_003984, G9W63_004617, G9W65_003987, G9W79_004270, G9W95_004378, G9W96_004800, GB021_10965, GB055_04415, GB076_17045, GB120_12265, GB131_19950, GB139_22990, GB171_14405, GB238_02775, GB280_14665, GB321_14460, GB331_23540, GB339_17310, GB342_18675, GB368_16270, GB372_23665, GB416_05155, GB452_17995, GB551_15365, GB567_23270, GBS44_20470, GBS58_20685, GBV53_19000, GBV54_05600, GBV60_14260, GBW44_24125, GBW52_14355, GBX12_18915, GBX20_18780, GBX46_21740, GBX55_16600, GBX64_17400, GBY13_08040, GBY23_19195, GBY73_04995, GBZ51_12855, GBZ55_24160, GCZ80_16680, GEZ01_12860, GJE27_26390, GJE28_08005, GNB28_004372, GNB36_003911, GNB86_003798, GNC11_003866, GNC19_004178, GNC45_003899, GNC75_003847, GTH60_08285, GTH62_23985, GTH63_21380, GTH68_16350, GTH70_24020, GTH73_18915, GTH75_20565, GTH77_04125, GTH78_21700, GTH79_06145, GTH81_12470, GTH85_15115, GTH87_15270, GTH89_25265, GTH90_24705, GTH91_24140, GTH93_17950, GTH94_22025, GTH99_25265, GXC51_12215, GXC56_23790, GXG40_14360, GYI62_004095, GYI77_06055, GYJ04_10830, GYJ27_02810, GYJ28_003616, GYJ30_21530, GYJ32_17670, GYJ53_17120, GYJ59_23540, GYJ60_22120, H8S97_01475, JJB80_01480, JJB81_01480, KP44_21460, NG06_24890, R035_03375, SEL4126_35730, STMLT2P22_CBEKMEGD_01031, Z700_16310, ZV17_24660, ZV33_19520, ZX03_23930, ZY40_12970 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3TET1

#1: タンパク質

Rhs1 protein / Type IV secretion protein Rhs

分子量: 12280.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: rhs1, AAC35_21760, D4387_21375, D5X47_21305, D6J79_20575, DLB93_21645, DNZ37_21750, DP680_20875, EBD14_21675, EBK21_05215, EPB30_20940, G0A51_20515, G0A70_20295, G0A76_24585, G0A92_21400, ...
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93IR1

#2: タンパク質

Immunity protein TriTu /

分子量: 10501.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: A3104_21280, A3S30_24885, A3T81_18830, A3U32_23685, A3V03_03705, A3V89_26565, A3W57_07430, A3W75_17160, A3X15_18460, A3Y76_22790, A4N07_19890, A4O05_22095, A4O41_12545, A4R48_24810, A6D61_ ...遺伝子: A3104_21280, A3S30_24885, A3T81_18830, A3U32_23685, A3V03_03705, A3V89_26565, A3W57_07430, A3W75_17160, A3X15_18460, A3Y76_22790, A4N07_19890, A4O05_22095, A4O41_12545, A4R48_24810, A6D61_18845, AAA76_24645, AAB27_16245, AAB79_24185, AAC35_21755, ADQ28_19745, AGM99_21090, AIT36_18185, AKH62_23030, AL144_24155, AL168_20775, AL184_23325, AQ530_17415, AU613_26795, AVA38_22450, AVL16_21415, AWT30_20335, B1265_13470, B1642_20645, B1P38_21655, B2E31_16670, B4V59_16295, B4W90_20805, B6362_18775, B7Q27_21350, B8Y16_20415, B8Z46_24695, B9C90_17255, B9C96_11800, B9M14_21175, B9O84_21965, BG493_18250, BIC00_10565, BIC13_08285, BK110_20995, BKM50_05830, BMS46_06345, BZ203_05255, BZZ88_03145, C5W43_06445, CA117_20185, CAC59_18410, CB646_20565, CBM67_18245, CBM76_20015, CBZ90_02090, CC339_16850, 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G1N71_16735, G1N72_16750, G1N86_17030, G1N87_16775, G1N91_02715, G1O00_17040, G1O02_17040, G1O04_16755, G1O05_16750, G1O08_22790, G1O10_20855, G1O12_17045, G1O16_17040, G1O17_16525, G1O18_17045, G1O20_17035, G1O23_16075, G1O25_17030, G1O26_17035, G1O27_21860, G1O28_16795, G1O29_21775, G1O32_17025, G1O34_17105, G1O38_22465, G1O40_23015, G1O43_17025, G1O46_16735, G1O48_16810, G1O49_16885, G1O51_17030, G1O53_17100, G1O62_17040, G1O63_17020, G1O65_21780, G1O67_16355, G1O68_22065, G1O69_16595, G1O71_16590, G1O72_22140, G1O76_17115, G1O77_17030, G1O80_17125, G1O81_16760, G1O83_17620, G1O84_17115, G1O87_17120, G1O88_22145, G1O89_17040, G1O90_17110, G1O93_17110, G1O94_17105, G1O96_17110, G1P02_17100, G1P03_17955, G1P06_22395, G1P09_16990, G1P10_17055, G1P12_17110, G1P14_23900, G1P15_17570, G1P17_17120, G1P19_17110, G1P23_17115, G1P24_22065, G1P25_18595, G1P26_22030, G1P29_17940, G1P31_17100, G1P35_17035, G1P36_17030, G1P37_20220, G1P40_22710, G1P44_17035, G1P45_17115, G1P47_16830, G1P48_17115, G1P51_17115, G1P52_17885, G1P53_17830, G1P54_17125, G1P55_16805, G1P56_17090, G1P57_16840, G1P58_17105, G1P59_17115, G1P61_17570, G1P64_16805, G1P67_21670, G1P69_17025, G1P72_20030, G1P75_16360, G1P76_16700, G1P78_17005, G1P83_20760, G1P84_17040, G1P87_17110, G1P90_16190, G1P91_17105, G1Q03_16720, G1Q08_21475, G1Q67_17115, G1Q78_19740, G1Q81_16595, G1Q83_17535, G1Q84_19165, G1Q85_16240, G1Q86_16210, G1Q88_20510, G1Q90_21735, G1Q91_22000, G1Q93_21400, G1Q96_25325, G1Q98_16260, G1Q99_20460, G1R01_17960, G1R02_17040, G1R03_22070, G1R04_17050, G1R08_14270, G1R13_21520, G1R15_20520, G1R20_02785, G1R21_15830, G1R22_16790, G1R23_14625, G1R27_16360, G1R28_16555, G1R29_17120, G1R30_16810, G1R31_16595, G1R36_18045, G1R38_16005, G1R40_16640, G1R42_25245, G1R44_22230, G1R45_21135, G1R47_16330, G1R48_19405, G1R51_16745, G1R53_18050, G1R63_22140, G1R69_20835, G1R87_17240, G1R93_16715, G1S02_16830, G2203_21425, G2212_15325, G2218_13260, G2279_08735, G2290_16920, G2793_20235, G2951_19065, G3221_004811, G3230_001780, G3231_003879, G3247_004837, G3248_001209, G3254_003730, G3270_004034, G3275_004813, G3336_003433, G3357_000489, G3369_004805, G3433_001837, G3464_004195, G3593_004828, G3A35_20820, G3V06_004100, G3V14_003903, G3V17_004533, G3V56_003854, G3V57_003910, G3X03_003938, G4189_003906, G4190_003784, G4192_004102, G4198_004153, G4201_001080, G4202_004362, G4A01_004238, G4A73_004743, G4A83_005114, G4A87_000956, G4B68_004665, G4B72_003508, G4B74_004047, G4C74_004222, G4D46_003776, G4F88_05850, G4F89_18520, G4F91_18175, G4F92_05850, G4G62_004887, G4G67_004167, G4G68_004801, G4G75_004042, G4G76_004048, G4G97_002755, G4H00_004444, G4H04_005144, G4H08_004806, G4H18_004810, G4H21_004803, G4H24_004341, G4H63_002715, G4I66_000598, G4J08_004555, G4J11_001980, G4J12_003329, G4J18_004322, G4J37_003944, G4J39_003448, G4J41_004178, G4J45_003829, G4J90_001468, G4K02_001147, G4K03_003353, G4O54_004070, G4O56_003838, G4O59_004025, G4O60_004234, G4O67_004414, G4O69_004025, G4P83_003986, G4P85_004251, G4P91_004016, G4P93_004472, G4Q12_004823, G4Q28_004358, G4Q31_004334, G4Q50_003968, G4Q52_003922, G4Q59_002007, G4Q60_003792, G4Q63_001067, G4Q94_004834, G4R01_003770, G4R02_004438, G4R15_004098, G4R16_004319, G4W68_004926, G4W73_004895, G4W86_004198, G4W87_004002, G4W88_004801, G4W91_004805, G4Y10_002409, G9269_004199, G9302_002703, G9305_004856, G9309_005009, G9313_003833, G9314_004703, G9367_004346, G9381_004732, G9C41_003972, G9C46_003916, G9C47_004060, G9C49_003732, G9C57_004803, G9C64_004472, G9G03_003957, G9G04_001247, G9G36_005129, G9G45_004558, G9G50_004372, G9G62_001322, G9W28_004171, G9W45_003984, G9W63_004617, G9W65_003987, G9W79_004270, G9W95_004378, G9W96_004800, GB021_10965, GB055_04415, GB076_17045, GB120_12265, GB131_19950, GB139_22990, GB171_14405, GB238_02775, GB280_14665, GB321_14460, GB331_23540, GB339_17310, GB342_18675, GB368_16270, GB372_23665, GB416_05155, GB452_17995, GB551_15365, GB567_23270, GBS44_20470, GBS58_20685, GBV53_19000, GBV54_05600, GBV60_14260, GBW44_24125, GBW52_14355, GBX12_18915, GBX20_18780, GBX46_21740, GBX55_16600, GBX64_17400, GBY13_08040, GBY23_19195, GBY73_04995, GBZ51_12855, GBZ55_24160, GCZ80_16680, GEZ01_12860, GJE27_26390, GJE28_08005, GNB28_004372, GNB36_003911, GNB86_003798, GNC11_003866, GNC19_004178, GNC45_003899, GNC75_003847, GTH60_08285, GTH62_23985, GTH63_21380, GTH68_16350, GTH70_24020, GTH73_18915, GTH75_20565, GTH77_04125, GTH78_21700, GTH79_06145, GTH81_12470, GTH85_15115, GTH87_15270, GTH89_25265, GTH90_24705, GTH91_24140, GTH93_17950, GTH94_22025, GTH99_25265, GXC51_12215, GXC56_23790, GXG40_14360, GYI62_004095, GYI77_06055, GYJ04_10830, GYJ27_02810, GYJ28_003616, GYJ30_21530, GYJ32_17670, GYJ53_17120, GYJ59_23540, GYJ60_22120, H8S97_01475, JJB80_01480, JJB81_01480, KP44_21460, NG06_24890, R035_03375, SEL4126_35730, STMLT2P22_CBEKMEGD_01031, Z700_16310, ZV17_24660, ZV33_19520, ZX03_23930, ZY40_12970
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3TET1

-
非ポリマー , 4種, 115分子

#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.001M ZnSulfate heptahydrate; 0.05M HEPES 7.8; 28% PEG600

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.281493 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.281493 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→49.11 Å / Num. obs: 17246 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.974 / R_merge(I) obs: 0.247 / R_pim(I) all: 0.11 / R_rim(I) all: 0.271 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 102560 / Scaling rejects: 191

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.7 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.7-2.83	0.768	13112	2302	0.675	0.354	0.848	2.4	100
8.95-49.11	0.113	2772	490	0.989	0.051	0.125	9.9	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB-REDO	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: unpublished

解像度: 2.7→49.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 22.404 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.649 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25696	894	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21376	-	-	-
obs	0.21596	16319	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.168 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.75 Å²	0 Å²	1.17 Å²
2-	-	2.11 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3184	0	92	109	3385

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.018	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.002	1.865	4544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.899	2.735	7104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.712	5	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.665	23.855	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.366	15	573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.26	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3725
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.1	1.463	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.081	1.462	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.696	2.187	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.702	2.188	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.977	2.119	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.975	2.119	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.053	2.915	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.99	18.288	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.979	18.262	3515

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	65	-
R_work	0.338	1230	-
obs	-	-	99.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4729	-1.6213	1.3651	3.3537	-0.2858	2.6342	-0.0079	0.0006	-0.2386	-0.1118	-0.0099	0.1739	0.117	0.0211	0.0178	0.3769	-0.0098	-0.1225	0.0061	-0.0164	0.1396	39.447	0.876	20.888
2	3.8005	-1.0134	0.4508	4.3216	-0.7971	2.7578	-0.0607	0.1576	0.1012	-0.0629	0.0036	-0.2297	-0.1867	0.1022	0.0571	0.3394	-0.0264	-0.1457	0.0153	-0.0032	0.1192	12.636	8.864	-0.398
3	2.5671	-0.1903	1.1504	3.4706	1.2694	4.5509	-0.149	-0.0413	0.0371	-0.0913	-0.0135	0.1557	-0.0255	-0.2506	0.1625	0.3398	-0.0187	-0.1353	0.0163	0.0042	0.1748	35.045	17.145	32.64
4	2.797	1.7978	-0.4444	3.2838	-0.6354	2.8723	0.0083	-0.0667	-0.2243	0.1464	-0.0634	-0.1847	-0.0562	0.1321	0.0551	0.3667	0.0432	-0.1885	0.0154	-0.0105	0.1344	7.924	-7.279	11.307

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 87

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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