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- PDB-7zhl: Salmonella enterica Rhs1 C-terminal toxin TreTu -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zhl
タイトルSalmonella enterica Rhs1 C-terminal toxin TreTu
要素RHS repeat protein
キーワードTOXIN / bacterial toxin / secreted toxin / T6SS / ADP-ribosyltransferase / translation inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF6531 / RHS protein / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / PAAR motif / PAAR motif / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core ...Domain of unknown function DUF6531 / RHS protein / Domain of unknown function (DUF6531) / RHS protein / PAAR motif / PAAR motif / RHS repeat / RHS Repeat / YD repeat / Rhs repeat-associated core / : / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like
類似検索 - ドメイン・相同性
RHS repeat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jurenas, D. / Rey, M. / Chamot-Rooke, J. / Terradot, L. / Cascales, E.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0039 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE11-0017 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Salmonella antibacterial Rhs polymorphic toxin inhibits translation through ADP-ribosylation of EF-Tu P-loop.
著者: Jurenas, D. / Rey, M. / Byrne, D. / Chamot-Rooke, J. / Terradot, L. / Cascales, E.
履歴
登録2022年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHS repeat protein
B: RHS repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0577
ポリマ－24,7302
非ポリマー3275
水66737
1
A: RHS repeat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6926
ポリマ－12,3651
非ポリマー3275
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RHS repeat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3651
ポリマ－12,3651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.546, 66.366, 67.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 1 - 113 / Label seq-ID: 3 - 115

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

-
要素

#1: タンパク質 RHS repeat protein


分子量: 12364.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: D5823_18215, G0J71_10035, G0K31_21120 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Y4SQA0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Zinc acetate dihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 18% w/v Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.27819 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.392 Å / Num. obs: 12221 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 36.8 % / Biso Wilson estimate: 35.26 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.212 / Rsym value: 0.205 / Net I/av σ(I): 2.8 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.3237.91.4330.56522417210.2351.4611.4335.798.7
2.32-2.4636.41.0670.66018316530.1791.0891.067798.4
2.46-2.6337.50.8020.85845815570.1320.8180.8028.899.4
2.63-2.8438.30.5691.15593914590.0930.5810.56910.899.6
2.84-3.1137.80.3561.75058613380.0590.3640.35614.199.4
3.11-3.48360.2182.74437012330.0370.2240.21818.599.7
3.48-4.0235.40.1364.43928511100.0230.140.1362599.9
4.02-4.9235.80.1075.4336989420.0180.110.10730.699.9
4.92-6.9636.20.0936.3271917510.0160.0990.09330.3100
6.96-41.01232.60.0876.9148864570.0160.0930.08732.999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→41.012 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2258 510 4.19 %random
Rwork0.192 11666 --
obs0.1935 12176 99.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.09 Å2 / Biso mean: 35.5685 Å2 / Biso min: 11.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→41.012 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1666 0 5 37 1708
Biso mean--79.55 33.37 -
残基数----225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2212310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.271620
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A909X-RAY DIFFRACTION11.242TORSIONAL
12B909X-RAY DIFFRACTION11.242TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2001-2.42150.29211380.2271281898
2.4215-2.77180.2806900.2155288599
2.7718-3.49190.26361350.2051292199
3.4919-41.010.18731470.17143042100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00990.0007-0.0089-0.00120.0060.0142-0.0715-0.01460.07960.1893-0.0221-0.00080.05860.088600.2143-0.01010.03180.2019-0.00010.220839.316422.717348.3925
20.0043-0.0003-0.00610.00090.00430.00390.034-0.08220.10180.1238-0.0152-0.1038-0.1156-0.029400.2216-0.00720.01780.16480.01670.24944.682233.678647.7915
30.0047-0.00520-0.0017-0.00170.0011-0.0105-0.01340.03420.0386-0.0197-0.03210.05940.1500.1976-0.0158-0.00130.26970.05170.200937.591532.374555.484
40.00750.0056-0.00190.0064-0.01010.0115-0.0056-0.0094-0.0331-0.02690.0443-0.01150.0155-0.032900.2241-0.0325-0.0010.2105-0.0190.210634.304420.559550.3801
50.00850.0001-0.00330.0042-0.00130.0067-0.01660.01350.0819-0.0320.04530.01830.0652-0.010100.2827-0.07390.00750.4685-0.05450.272731.27620.366141.3338
60.01550.04980.00920.025-0.00210.02820.08990.0581-0.0186-0.09710.09120.00040.0148-0.028800.19510.009-0.02020.21440.0350.213537.50224.62846.7093
70.0041000.0038-0.00040.00140.016-0.1041-0.02960.02440.0582-0.0070.0398-0.032900.4376-0.0853-0.04020.3590.02850.341329.12617.805156.3012
80.0094-0.0058-0.00270.00350.0115-0.0024-0.01090.07620.01450.1321-0.01820.0044-0.05820.0292-00.2283-0.04490.03760.1833-0.02150.242233.892128.203860.2912
90.00820.00950.0020.0107-0.00510.003-0.0012-0.02430.05640.0378-0.08550.0035-0.106-0.0132-00.25370.0033-0.02540.2693-0.02080.204929.733330.815269.0477
10-0.0202-0.0025-0.0279-0.0098-0.0071-0.00040.05490.0908-0.05860.19740.1108-0.21620.02640.0871-00.26820.04190.01770.29180.00070.242341.564226.228761.6369
110.00610.0075-0.00290.00920.00140.00630.05030.0782-0.12880.01380.0646-0.1687-0.0435-0.0874-00.3245-0.10390.05130.5815-0.02220.089239.331125.657236.9616
12-0.003-0.00750.0098-0.00730.0120.0106-0.01540.03930.147-0.04980.03940.03420.04410.0124-00.3772-0.3350.22090.5862-0.0597-0.529735.103324.804331.8177
130.01830.0179-0.00330.00370.01840.0298-0.0932-0.13550.03310.39150.12010.0099-0.0378-0.1236-00.19360.01860.00730.125-0.01320.204610.728717.487954.2367
140.00590.0257-0.00460.00360.01640.0018-0.1168-0.19610.01180.13770.05350.0866-0.06130.1073-00.2226-0.0032-0.00770.1892-0.00950.203817.39622.487757.875
150.0032-0.0083-0.00540.00150.00890.0098-0.01590.0974-0.011-0.04140.0496-0.1316-0.00330.0719-00.246-0.0462-0.02770.2757-0.01150.29120.864317.475544.5175
160.00840.0053-0.01710.00480.00370.01290.04480.03750.1518-0.0982-0.00640.10360.0323-0.0317-00.1892-0.0135-0.02780.21850.01090.23510.69124.150751.6221
170.0123-0.00390.00080.01060.02260.0072-0.0885-0.0771-0.00350.0797-0.13880.00710.0302-0.011300.27390.0064-0.00160.1935-0.01490.328919.796928.64457.0831
180.0317-0.025-0.02590.0277-0.00110.00830.0605-0.11140.05860.0243-0.07070.1464-0.1304-0.0643-00.2464-0.0482-0.01420.3203-0.04390.247914.974828.415966.5687
190.00650.0083-0.0054-0.0016-0.00280.00920.00610.0510.1956-0.0445-0.00770.20820.0062-0.048100.2579-0.01080.00010.2007-0.07840.247212.638412.716944.0284
200.0014-0.00120.00120.00170.00470.0066-0.0930.0212-0.0074-0.0617-0.04080.15220.0187-0.0059-00.2877-0.0087-0.00240.228-0.03040.271717.29439.59739.293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 20 )A11 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 21 through 29 )A21 - 29
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 30 through 38 )A30 - 38
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 39 through 43 )A39 - 43
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 44 through 61 )A44 - 61
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 62 through 69 )A62 - 69
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 70 through 77 )A70 - 77
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 78 through 85 )A78 - 85
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 86 through 99 )A86 - 99
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 100 through 106 )A100 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 107 through 113 )A107 - 113
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 20 )B1 - 20
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 21 through 35 )B21 - 35
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 36 through 50 )B36 - 50
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 51 through 61 )B51 - 61
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 62 through 77 )B62 - 77
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 78 through 99 )B78 - 99
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 100 through 106 )B100 - 106
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 107 through 113 )B107 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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