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- PDB-7zhk: GPN-loop GTPase from Sulfolobus acidocaldarius open state (GDP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zhk
タイトルGPN-loop GTPase from Sulfolobus acidocaldarius open state (GDP)
要素GTPase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / GPN-loop / self-activating / GTPase / homodimer
機能・相同性GPN-loop GTPase / Conserved hypothetical ATP binding protein / hydrolase activity / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Korf, L. / Essen, L.-O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Archaeal GPN-loop GTPases involve a lock-switch-rock mechanism for GTP hydrolysis.
著者: Korf, L. / Ye, X. / Vogt, M.S. / Steinchen, W. / Watad, M. / van der Does, C. / Tourte, M. / Sivabalasarma, S. / Albers, S.-V. / Essen, L.-O.
履歴
登録2022年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase
B: GTPase
C: GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9829
ポリマ－92,5793
非ポリマー1,4036
水5,999333
1
A: GTPase
C: GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6556
ポリマ－61,7202
非ポリマー9354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTPase
ヘテロ分子

B: GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6556
ポリマ－61,7202
非ポリマー9354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)117.689, 141.878, 100.239
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 182 or resid 184 through 187 or resid 189 through 240))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 182 or resid 184 through 187 or resid 189 through 240))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 182 or resid 184 through 187 or resid 189 through 240))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERMETMETAA1 - 18220 - 201
d_12SERSERGLUGLUAA184 - 187203 - 206
d_13GLYGLYALAALAAA189 - 240208 - 259
d_21SERSERMETMETBB1 - 18220 - 201
d_22SERSERGLUGLUBB184 - 187203 - 206
d_23GLYGLYALAALABB189 - 240208 - 259
d_31SERSERMETMETCC1 - 18220 - 201
d_32SERSERGLUGLUCC184 - 187203 - 206
d_33GLYGLYALAALACC189 - 240208 - 259

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999975258167, -0.00637431440834, -0.00297509152563), (-0.00164946574825, -0.19866616708, 0.980065831116), (-0.00683829777851, 0.980046489802, 0.198650737501)-39.0377640863, 0.0288543295816, -0.122732248273
2given(-0.999905266357, -0.00844423480792, 0.010869830311), (0.00364272690943, -0.923892263665, -0.382635356025), (0.0132736149237, -0.382559511761, 0.923835500026)-77.9443907223, -49.334967838, -9.26276308226

-
要素

#1: タンパク質 GTPase


分子量: 30859.830 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: ATY89_00095, ATZ20_03140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U2WWJ1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M MES pH=5.5, 40% (v/v) PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.29 Å / Num. obs: 30856 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 52.81 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 1.223 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 6660 / CC1/2: 0.325 / Rpim(I) all: 1.063 / Rrim(I) all: 1.628 / Χ2: 1.02 / % possible all: 67.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
xia2データ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZHF

7zhf


解像度: 2.4→45.29 Å / SU ML: 0.2698 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1522
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 1283 5.04 %
Rwork0.1879 24182 -
obs0.1909 25465 76.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5653 0 87 333 6073
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00225888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5458020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418950
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.50072171
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.596935861527
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.763930193554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.50.3322360.2549680X-RAY DIFFRACTION19.68
2.5-2.610.2769680.24961281X-RAY DIFFRACTION37.18
2.61-2.750.32131100.25632192X-RAY DIFFRACTION63.47
2.75-2.920.27521650.2312770X-RAY DIFFRACTION80.28
2.92-3.140.30591750.20963188X-RAY DIFFRACTION91.78
3.14-3.460.24712010.20753455X-RAY DIFFRACTION99.13
3.46-3.960.25631590.16563486X-RAY DIFFRACTION99.26
3.96-4.990.21261840.14743523X-RAY DIFFRACTION99.7
4.99-45.290.2351850.20353607X-RAY DIFFRACTION98.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.66640991375-0.5240867979661.052899958765.15424010907-0.3795275478725.22504230020.05732954146950.563977043539-0.229693532682-0.9606178844790.06987801386970.2413470755180.209452479246-0.00796775657636-0.1693347569320.403955811442-0.0534673069904-4.84897154683E-50.3740587192890.02651739335960.286799259595-25.4614314937-27.6201724679-16.7013695491
25.147595712750.3783021817370.4728392967045.281020414633.751467339247.746978676620.567406784387-0.084907292583-1.52578745482-0.747206534851-0.212703556514-0.05690910510110.8281250135520.0263430675329-0.285503114670.571214813979-0.0122521313142-0.08296078972430.360002851241-0.07881285856060.687372804702-20.6857508653-35.6101570513-15.7301310045
34.518493323860.1187336225870.1358246897672.474108851220.2561941807033.14626012467-0.062615225811-0.165365956811-0.881065605863-0.066580843942-0.006648185621060.2939211991290.511460196129-0.2084255989350.08438189991370.257098829664-0.0895535207715-0.05479180991140.3074031592090.06624011400120.392531577229-30.3027617852-26.5364295564-1.89644148566
45.403904000952.02571833365-1.851496119335.57760314597-0.5296356258265.006410562-0.0962006217555-0.624252078195-0.149675786370.738589279934-0.04450912483510.366844278487-0.125137588435-0.5053518031630.115584168610.385752137905-0.0244070446283-0.05673867135570.5663822050810.1031154871480.382233149687-30.3390763-17.295049878611.3350716047
56.41114172765-0.7839861255273.044011971336.90922905859-0.6027240814184.83924606690.108865681389-0.6618438574120.007929158696521.774291174550.156665026969-2.35265371729-0.323661607869-0.363340131645-0.07328949603210.362308330703-0.00540656451802-0.08764767978330.5020305651610.06469045367220.397455836-14.3471329804-28.53908486592.60287566023
67.95924603991-0.6324714008920.3968868797612.900248306460.5390685209972.99188221891-0.1381179847950.596360143544-0.494725037273-0.09645832857250.02272969713120.6163868148650.257958535883-0.4336917919160.02695996266170.467135000473-0.1244257564120.06322752259550.472890392374-0.06131974410560.361585442731-21.7847006312-3.51735914056-27.5425857083
76.33056521284-0.471699503269-1.804070812624.31424576145-1.482244091687.32941545118-0.209344263817-0.399672695176-0.715433886112-0.4312703656770.08097360374560.006163588726140.6643946372370.2321893181180.1491410483820.568133099829-0.1460044533150.1150762160920.467702067673-0.004143717937260.429223177084-15.9416342392-14.0424583098-28.4793535761
85.92769715097-0.721223295667-0.5461866824580.519046933478-1.442555736456.100257851750.3521332273330.452604045685-0.749445923428-0.474318036302-0.071894609248-0.06280924059571.706190654210.270361853718-0.1370290225360.9117951032360.02716065253040.226261925070.633073494905-0.1665498490260.550646037693-2.41070929222-17.7312845878-33.9494594212
92.12718730189-0.2742116127791.303868724146.410106128583.245328514092.77621438569-0.4704013288061.17081579298-0.244921107742-0.864346756259-0.268082235180.7010363918150.162587288110.3466797130210.510980001840.644708821768-0.08263955006320.1160843592450.847214816597-0.02305236319430.535030146366-18.0709736549-8.15911454434-38.1302279446
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 82 )AA0 - 821 - 83
22chain 'A' and (resid 83 through 106 )AA83 - 10684 - 107
33chain 'A' and (resid 107 through 175 )AA107 - 175108 - 176
44chain 'A' and (resid 176 through 227 )AA176 - 227177 - 228
55chain 'A' and (resid 228 through 240 )AA228 - 240229 - 241
66chain 'B' and (resid 1 through 36 )BB1 - 361 - 36
77chain 'B' and (resid 37 through 51 )BB37 - 5137 - 51
88chain 'B' and (resid 52 through 82 )BB52 - 8252 - 82
99chain 'B' and (resid 83 through 106 )BB83 - 10683 - 106
1010chain 'B' and (resid 107 through 159 )BB107 - 159107 - 159
1111chain 'B' and (resid 160 through 175 )BB160 - 175160 - 175
1212chain 'B' and (resid 176 through 199 )BB176 - 199176 - 199
1313chain 'B' and (resid 200 through 212 )BB200 - 212200 - 212
1414chain 'B' and (resid 213 through 227 )BB213 - 227213 - 227
1515chain 'B' and (resid 228 through 240 )BB228 - 240228 - 240
1616chain 'C' and (resid 1 through 51 )CC1 - 511 - 51
1717chain 'C' and (resid 52 through 68 )CC52 - 6852 - 68
1818chain 'C' and (resid 69 through 93 )CC69 - 9369 - 93
1919chain 'C' and (resid 94 through 113 )CC94 - 11394 - 113
2020chain 'C' and (resid 114 through 127 )CC114 - 127114 - 127
2121chain 'C' and (resid 128 through 188 )CC128 - 188128 - 188
2222chain 'C' and (resid 189 through 227 )CC189 - 227189 - 227
2323chain 'C' and (resid 228 through 240 )CC228 - 240228 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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