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- PDB-7zhh: Complex structure of drosophila Unr CSD789 and a poly(A) RNA sequence -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zhh
タイトルComplex structure of drosophila Unr CSD789 and a poly(A) RNA sequence
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • Upstream of N-ras, isoform A
キーワードRNA BINDING PROTEIN / drosophila Unr / CSD / cold-shock domain / protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dosage compensation complex assembly / protein-RNA adaptor activity / RISC complex binding / sex differentiation / lncRNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / cell differentiation / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cold shock domain-containing protein E1 CSD domain / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins ...: / Cold shock domain-containing protein E1 CSD domain / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-binding protein Unr
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Hennig, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Upstream of N-Ras C-terminal cold shock domains mediate poly(A) specificity in a novel RNA recognition mode and bind poly(A) binding protein.
著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Linse, J.B. / Ullmann, P. / Payr, M. / Murciano, B. / Simon, B. / Hub, J.S. / Hennig, J.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Upstream of N-Ras C-terminal cold shock domains mediate poly(A) specificity in a novel RNA recognition mode and bind poly(A) binding protein.
著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Linse, J.B. / Ullmann, P. / Payr, M. / Murciano, B. / Simon, B. / Hub, J.S. / Hennig, J.
#2: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Upstream of N-Ras C-terminal cold shock domains mediate poly(A) specificity in a novel RNA recognition mode and bind poly(A) binding protein during translation regulation
著者: Hollmann, N.M. / Jagtap, P.K.A. / Linse, J.B. / Ullmann, P. / Payr, M. / Murciano, B. / Simon, B. / Hub, J.S. / Hennig, J.
履歴
登録2022年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Upstream of N-ras, isoform A
C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1563
ポリマ－31,0602
非ポリマー961
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.920, 36.780, 85.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-653-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Upstream of N-ras, isoform A


分子量: 26166.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Unr, BcDNA:LD13080, CR32028, Dmel\CG7015, dUNR, dUnr, dunr, MRE30, UNR, unr, CG7015, Dmel_CG7015
プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VSK3
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 4893.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris-Cl (pH 7.0) 0.2 M lithium sulfate 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.79 Å / Num. obs: 35311 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.675 % / Biso Wilson estimate: 26.801 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 12.94 / Num. measured all: 235709 / Scaling rejects: 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.646.6311.2571.3516691259025170.4921.36497.2
1.64-1.696.6171.0531.6616735253925290.6031.14299.6
1.69-1.736.2340.8552.0115180243724350.6730.93399.9
1.73-1.796.870.6962.6916480240323990.8110.75399.8
1.79-1.856.8930.5053.7215992233223200.890.54699.5
1.85-1.916.7790.3944.7415158224022360.9360.42699.8
1.91-1.986.680.2926.3214388216221540.9610.31699.6
1.98-2.066.2830.2287.6413257211721100.9740.24999.7
2.06-2.166.7810.1810.1813746202820270.9860.195100
2.16-2.266.9320.1511.9613303192419190.9920.16299.7
2.26-2.386.8740.12514.4912538183318240.9920.13599.5
2.38-2.536.7720.11215.911533170717030.9930.12199.8
2.53-2.76.2910.09118.1110280163916340.9940.09999.7
2.7-2.927.040.07622.7610842154515400.9970.08299.7
2.92-3.26.9870.05629.779851141414100.9980.06199.7
3.2-3.586.7090.04536.128507127212680.9980.04999.7
3.58-4.136.1960.03738.556989113911280.9990.04199
4.13-5.066.950.03246.9266099539510.9990.03499.8
5.06-7.156.3880.03440.7249387787730.9990.03799.4
7.15-48.796.2030.0345.4626924444340.9990.03297.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y4H

6y4h


解像度: 1.6→48.79 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 1765 5 %
Rwork0.1872 33543 -
obs0.1884 35308 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.65 Å2 / Biso mean: 25.2251 Å2 / Biso min: 10.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 123 5 266 2081
Biso mean--37.07 35.96 -
残基数----225
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.640.40891310.34412482261398
1.64-1.690.31941340.299825562690100
1.69-1.750.33211360.269925802716100
1.75-1.810.26881330.220925382671100
1.81-1.880.24761360.197525662702100
1.88-1.970.21911350.185125652700100
1.97-2.070.24691350.184725712706100
2.07-2.20.18841360.174225882724100
2.2-2.370.22451360.168126002736100
2.37-2.610.22191360.178125922728100
2.61-2.980.20731370.184425902727100
2.98-3.760.16971370.164326152752100
3.76-48.790.18471430.184727002843100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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