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- PDB-7zhf: GPN-loop GTPase from Sulfolobus acidocaldarius closed state (GppNHp) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zhf
タイトルGPN-loop GTPase from Sulfolobus acidocaldarius closed state (GppNHp)
要素GTPase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / GPN-loop / self-activating / GTPase / homodimer
機能・相同性GPN-loop GTPase / Conserved hypothetical ATP binding protein / hydrolase activity / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Korf, L. / Essen, L.-O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Archaeal GPN-loop GTPases involve a lock-switch-rock mechanism for GTP hydrolysis.
著者: Korf, L. / Ye, X. / Vogt, M.S. / Steinchen, W. / Watad, M. / van der Does, C. / Tourte, M. / Sivabalasarma, S. / Albers, S.-V. / Essen, L.-O.
履歴
登録2022年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5345
ポリマ－30,8601
非ポリマー6744
水3,477193
1
A: GTPase
ヘテロ分子

A: GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,06810
ポリマ－61,7202
非ポリマー1,3488
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6830 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.305, 84.950, 75.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.618, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-430-

HOH

21A-530-

HOH

31A-592-

HOH

-
要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GTPase


分子量: 30859.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: ATY89_00095, ATZ20_03140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U2WWJ1

-
非ポリマー , 5種, 197分子

#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.018 M CaCl2, 0.09M Sodium acetate pH=4.6, 27% (v/v) MPD, 10% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月21日 / 詳細: flexible two-stage focusing X-ray optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.09 Å / Num. obs: 24163 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 41.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 0.71 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 24086 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.385 / Rrim(I) all: 0.573 / Χ2: 1.07 / % possible all: 54.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
xia2データスケーリング
BALBES位相決定
xia2データ削減
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YR7

1yr7


解像度: 1.8→41.09 Å / SU ML: 0.1564 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.3241
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 795 3.3 %
Rwork0.1725 23286 -
obs0.1735 24081 89.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1961 0 40 193 2194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062117
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8122899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0536340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9358775
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.910.2886960.2732757X-RAY DIFFRACTION64.07
1.91-2.060.2821460.23294084X-RAY DIFFRACTION94.44
2.06-2.270.22541390.20124097X-RAY DIFFRACTION95.53
2.27-2.60.20431310.1954103X-RAY DIFFRACTION94.19
2.6-3.270.23751460.20284204X-RAY DIFFRACTION96.84
3.27-41.090.18011370.14724041X-RAY DIFFRACTION91.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9257772658480.2406293931221.45654163231.861137218910.8071201130972.3926042494-0.103161604786-0.19998476506-0.1221968136490.631338431618-0.03731208365870.2872791323031.17360543684-0.6576050538890.1829641360510.694516626139-0.004460126881120.07767643743630.4291024653720.02839921107290.45316835261514.892923364638.242967273464.7083800376
24.27781521421-0.6395786103390.9262310907153.81064480433-1.629513706436.21026019624-0.207653700808-0.31601402587-0.3154117482550.7654113610770.235563213112-0.03361822288771.104273620580.463488245961-0.04388412224890.7402557813380.177432654245-0.01716851866460.4464852937550.04603702025920.41375129752124.962171065633.64720662157.6921252916
37.88857124078-2.036405315994.572105864793.08379387027-1.265372875044.741071908730.002548085621751.22481040833-2.216660443-0.1609087949710.8829815277720.3852311295591.98541348457-0.792834198672-0.8662377940591.10529101379-0.4424563001650.02987540535750.724524705075-0.1028537507930.97972054457510.387341367626.048928652241.3399791547
42.667248319860.6456568708980.2094175131212.50083263784-2.437975634958.138245017-0.730878477059-0.597442515471-1.263349381930.316017385578-0.009070242066650.393064594092.06379404457-1.421240921680.626060490860.748618470233-0.1825673208580.1985915156910.6637711392260.1487203655640.7455121506638.4632095315132.644638007449.941887166
52.92312922278-0.1160897994470.03329691523.6850642873-0.9962618071446.87527451145-0.032463052874-0.1378427572970.1450639193950.2462814912830.2087963075070.130534132006-0.103818581169-0.102776324906-0.1996101215170.2513490612910.02779933755860.006129244136020.241489894431-0.008876516013290.27380255212321.411179650846.243943635548.6884464801
66.08387135374-0.3796850866332.556934214755.14070594827-0.8439614656043.222314414240.1569006886940.285874289281.0775486867-0.2158863440540.0149135260599-0.349854159542-0.7956669834270.910481150035-0.177725725240.719722936334-0.2291990648290.2449264061090.677050709705-0.1126106293090.74395023036133.06893349560.502129076139.5616251101
77.072295191591.61623394145-5.2350290164.01381361340.8188321733527.517339927940.219071169853-1.001374631950.4317979279080.7384523221170.245721796064-0.371291879468-0.6165129632241.41999779518-0.437539657920.483190810006-0.0976237914704-0.1117973822940.737535269284-0.08934198104510.37908365191530.961196041249.067965370357.8526657813
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -9 through 13 )-9 - 131 - 23
22chain 'A' and (resid 14 through 51 )14 - 5124 - 61
33chain 'A' and (resid 52 through 68 )52 - 6862 - 78
44chain 'A' and (resid 69 through 93 )69 - 9379 - 103
55chain 'A' and (resid 94 through 175 )94 - 175104 - 185
66chain 'A' and (resid 176 through 212 )176 - 212186 - 222
77chain 'A' and (resid 213 through 240 )213 - 240223 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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