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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zhe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CtaZ from Ruminiclostridium cellulolyticum | ||||||
![]() | Transcription activator effector binding | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / GYRASE-LIKE DOMAIN / RECEPTOR / SIDEROPHORE / SELF PROTECTION / ANTIBIOTIC RESISTANCE / DRUG BINDING | ||||||
機能・相同性 | Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Transcription activator effector binding![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gude, F. / Molloy, E.M. / Horch, T. / Dell, M. / Dunbar, K.L. / Krabbe, J. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: A Specialized Polythioamide-Binding Protein Confers Antibiotic Self-Resistance in Anaerobic Bacteria. 著者: Gude, F. / Molloy, E.M. / Horch, T. / Dell, M. / Dunbar, K.L. / Krabbe, J. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zhdSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17550.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Ccel_3263 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.8 M NaAc |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 20682 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2807 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7ZHD 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 7.547 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.44 Å2 / Biso mean: 45.487 Å2 / Biso min: 29.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -6.1331 Å / Origin y: -18.1165 Å / Origin z: -38.6975 Å
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