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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zha | ||||||
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タイトル | Structure of human OCT3 in complex with inhibitor decynium-22 | ||||||
![]() | Solute carrier family 22 member 3 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Organic cation transporter / major-facilitator superfamily / SLC22 family / Corticosterone sensitive protein / membrane transport / decynium-22 | ||||||
機能・相同性 | ![]() histamine transport / epinephrine uptake / histamine metabolic process / monocarboxylic acid transport / serotonin transport / spermidine transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transmembrane transporter activity / organic cation transport / quaternary ammonium group transport / epinephrine transport ...histamine transport / epinephrine uptake / histamine metabolic process / monocarboxylic acid transport / serotonin transport / spermidine transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transmembrane transporter activity / organic cation transport / quaternary ammonium group transport / epinephrine transport / purine-containing compound transmembrane transport / spermidine transport / Organic cation transport / organic cation transmembrane transporter activity / histamine uptake / regulation of appetite / dopamine uptake / norepinephrine uptake / toxin transmembrane transporter activity / Abacavir transmembrane transport / norepinephrine transport / serotonin uptake / organic anion transport / neurotransmitter transmembrane transporter activity / dopamine transport / organic anion transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / xenobiotic transport / nuclear outer membrane / cellular detoxification / neurotransmitter transport / transport across blood-brain barrier / endomembrane system / monoatomic ion transport / mitochondrial membrane / presynapse / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / neuronal cell body / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å | ||||||
![]() | Khanppnavar, B. / Korkhov, V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of organic cation transporter-3 inhibition. 著者: Basavraj Khanppnavar / Julian Maier / Freja Herborg / Ralph Gradisch / Erika Lazzarin / Dino Luethi / Jae-Won Yang / Chao Qi / Marion Holy / Kathrin Jäntsch / Oliver Kudlacek / Klaus ...著者: Basavraj Khanppnavar / Julian Maier / Freja Herborg / Ralph Gradisch / Erika Lazzarin / Dino Luethi / Jae-Won Yang / Chao Qi / Marion Holy / Kathrin Jäntsch / Oliver Kudlacek / Klaus Schicker / Thomas Werge / Ulrik Gether / Thomas Stockner / Volodymyr M Korkhov / Harald H Sitte / ![]() ![]() ![]() 要旨: Organic cation transporters (OCTs) facilitate the translocation of catecholamines, drugs and xenobiotics across the plasma membrane in various tissues throughout the human body. OCT3 plays a key role ...Organic cation transporters (OCTs) facilitate the translocation of catecholamines, drugs and xenobiotics across the plasma membrane in various tissues throughout the human body. OCT3 plays a key role in low-affinity, high-capacity uptake of monoamines in most tissues including heart, brain and liver. Its deregulation plays a role in diseases. Despite its importance, the structural basis of OCT3 function and its inhibition has remained enigmatic. Here we describe the cryo-EM structure of human OCT3 at 3.2 Å resolution. Structures of OCT3 bound to two inhibitors, corticosterone and decynium-22, define the ligand binding pocket and reveal common features of major facilitator transporter inhibitors. In addition, we relate the functional characteristics of an extensive collection of previously uncharacterized human genetic variants to structural features, thereby providing a basis for understanding the impact of OCT3 polymorphisms. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14728MC ![]() 7zh0C ![]() 7zh6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61332.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-JDW / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: human OCT3 reconstituted in lipid nanodisc and in complex with inhibitor decynium-22 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | |||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: ![]() | |||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm | |||||||||||||||
撮影 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130654 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 100 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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