PDB-7zgw: Serratia NucC apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zgw

タイトル

Serratia NucC apo form

要素

Serratia NucC

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Nuclease

機能・相同性

Domain of unknown function DUF6602 / Domain of unknown function (DUF6602) / DUF6602 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Serratia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Garcia-Doval, C. / Mayo-Munoz, D. / Smith, L.M. / Fineran, P.C.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2022
タイトル: Type III CRISPR-Cas provides resistance against nucleus-forming jumbo phages via abortive infection.
著者: Mayo-Munoz, D. / Smith, L.M. / Garcia-Doval, C. / Malone, L.M. / Harding, K.R. / Jackson, S.A. / Hampton, H.G. / Fagerlund, R.D. / Gumy, L.F. / Fineran, P.C.

履歴

登録	2022年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zgw.cif.gz	972.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zgw.ent.gz	679.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7zgw_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zgw_full_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示
XML形式データ	7zgw_validation.xml.gz	54.9 KB	表示
CIF形式データ	7zgw_validation.cif.gz	79.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7zgvC 6q1hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serratia NucC

B: Serratia NucC

D: Serratia NucC

C: Serratia NucC

E: Serratia NucC

F: Serratia NucC

173 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, NucC forms an hexamer in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.468, 95.492, 94.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.052, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Serratia NucC 分子量: 28896.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia (バクテリア) / 遺伝子: CWC46_19930, Ser39006_019925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I5TBB8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.5 10% PEG 8000 10% PEG 1000 0.8 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→42.61 Å / Num. obs: 124878 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 27.64 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6266 / CC_1/2: 0.832 / R_pim(I) all: 0.304

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS	BUILT 20190806	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Q1H

6q1h

解像度: 1.83→42.61 Å / SU ML: 0.1987 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.9574
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	6326	5.07 %
R_work	0.1671	118541	-
obs	0.1692	124867	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→42.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11029	0	0	797	11826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0101	11230
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01	15218
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0579	1727
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0103	1973
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9458	4114

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.85	0.2603	184	0.2285	4000	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.85-1.87	0.3104	231	0.2342	3880	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.87-1.89	0.2848	207	0.2331	3973	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.89-1.92	0.2809	211	0.2362	3897	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.94	0.2786	217	0.2275	3927	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.94-1.97	0.2872	212	0.2212	3950	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2787	204	0.2185	3933	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2-2.03	0.2567	199	0.1849	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.2066	196	0.1695	3939	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.06-2.09	0.2171	208	0.1693	3953	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.09-2.13	0.2281	200	0.169	3930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2071	235	0.1639	3953	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.17-2.21	0.2277	197	0.1675	3949	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.21-2.25	0.2317	215	0.169	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.3	0.215	231	0.1668	3927	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.3-2.36	0.2099	220	0.1724	3942	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.36-2.41	0.2254	205	0.1697	3934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.48	0.249	204	0.1846	3972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.55	0.2306	242	0.178	3900	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.55-2.63	0.2548	203	0.1761	3991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.73	0.2012	235	0.1683	3915	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.73-2.84	0.2006	197	0.1661	3944	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.84-2.97	0.2164	227	0.1798	3960	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.97-3.12	0.2268	186	0.176	3946	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.12-3.32	0.2138	221	0.1749	3960	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.32-3.58	0.1844	218	0.1558	3973	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.58-3.93	0.1776	230	0.1544	3956	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.93-4.5	0.1628	217	0.1318	3972	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.5-5.67	0.1761	159	0.138	4037	X-RAY DIFFRACTION	99.79
5.67-42.61	0.1898	215	0.1672	4065	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.61730678121	0.25584279431	-0.252369837899	1.11929621813	-0.244943232293	1.00639351273	0.0503192004089	0.0809934695764	-0.105661061953	-0.0398121040896	-0.0486912962363	-0.0663645269158	0.0706531545262	0.0202926571167	-0.000645492296477	0.17587114344	-0.00119896888452	-0.0241613719358	0.200774783313	-0.00746275288481	0.202399082406	-13.6521729768	-20.4797900612	-51.7844402692
2	2.83690214049	3.63061073182	-0.452669544183	5.50683540703	-0.160119253652	0.967076194395	-0.00642774648714	-0.057492598658	0.0675323710163	-0.0319619702731	-0.0623174713261	-0.147099577936	-0.0438610443723	0.145786649302	0.0740144028295	0.143525189676	-0.0040048333749	-0.0339834070336	0.205390517138	0.000224892546835	0.209370009161	-0.801506408954	-11.7614311994	-43.5810263787
3	1.57902112033	1.2055044983	-0.701950076929	1.86585009391	-0.715478060454	1.29458277318	0.0754411153189	-0.139265122978	0.0193086956668	0.169038517766	-0.0935881952488	-0.0665985924249	0.0445876040535	0.0080245207564	0.0353311399579	0.163691501858	-0.0349057587375	-0.0306927727559	0.176994855077	-0.0195525574396	0.200675163943	-12.1696150513	-17.5304884812	-39.0607401719
4	3.72219879838	3.4419448625	0.443006385135	6.1796615778	-0.680910826778	2.56067721751	-0.0016268336139	0.0890589975261	0.323891756153	-0.25578381557	0.00152041696252	0.485662287531	0.123539929605	-0.295898739201	-0.00716197174769	0.274876736886	0.124635795541	0.011012566737	0.235646642698	-0.0206795919302	0.242567741022	-35.9873558469	0.130635861552	-76.6208625716
5	1.04428031712	-0.43679728938	0.618000587621	1.00553635939	-0.487938982059	1.59824055531	0.0379098566835	0.0196202142261	0.114229390287	-0.0995157355934	-0.0808670900386	0.0042541646681	-0.14941521427	-0.102059180172	0.0371570295387	0.1672758297	0.0471303555178	-0.000760018913076	0.152934661647	-0.0299861900591	0.214975161633	-34.7204348447	3.99145228252	-57.6022441986
6	6.36188073177	-1.2730259383	3.96369892479	5.95910365744	-2.19093404551	8.71900957256	0.0969659318985	0.452087373137	-0.0890564312296	-0.423814756789	-0.163764536709	-0.186575359437	0.256541880495	0.409303755725	0.0638222459159	0.196648241703	-0.00244199129115	0.0928459409719	0.251660694411	-0.0118513176796	0.330025845977	5.85338540103	-15.8337640865	-73.6515354213
7	3.09636437916	-0.63845553337	-0.158741646467	1.52459917263	0.146419235048	1.6962505291	0.0610331337783	0.279041488158	0.161189764463	-0.282313742335	-0.0732022503532	-0.0777312984777	-0.198105178434	0.0310480702237	-0.035957034376	0.270884869761	-0.00695064152468	0.0501253577116	0.217483989296	0.0559298661771	0.23228687051	-7.28402337978	3.52477592257	-76.0363671742
8	1.27800459597	1.14941315237	0.383028516025	1.3149686719	-0.474694967488	3.0459323344	0.0694598323423	0.653606160206	0.640804986301	-0.44484209878	0.0322991979697	-0.821297536247	-0.214223958719	0.72752851521	0.00257662342682	0.418956148616	-0.0485478867872	0.23191420237	0.543079969149	0.111557629085	0.676951338399	13.5383115184	2.79178107915	-80.5171777123
9	2.82569389889	-0.939915006593	0.190976524288	2.29968036962	-0.0008722667312	0.929684695358	-0.0310700442495	0.00557746448413	0.364627789089	-0.0865185979347	0.0580514801194	-0.414957736369	-0.156609682628	0.158816548739	0.0221524117497	0.269280788234	-0.0257430216854	0.0888614600826	0.202334819165	0.0427228511286	0.276311751866	0.602920670566	4.66912502886	-70.1034021852
10	7.30035203011	-5.4036230916	-1.07575294732	6.28791802692	0.959672629337	3.52995360193	-0.0631871625958	-0.167078388916	-0.13945589304	-0.0962226580284	0.024159939835	0.372926337068	-0.0981292857122	-0.132271930306	0.052629479939	0.156769620573	-0.0568559975938	-0.0493527172654	0.268847279582	-0.00498605063305	0.239621874888	-36.6389328005	-27.4209670262	-54.2010310694
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 12 through 116 )	A	A	12 - 116	1 - 105
2	2	chain 'A' and (resid 117 through 159 )	A	A	117 - 159	106 - 148
3	3	chain 'A' and (resid 160 through 249 )	A	A	160 - 249	149 - 238
4	4	chain 'B' and (resid 12 through 59 )	B	B	12 - 59	1 - 48
5	5	chain 'B' and (resid 60 through 250 )	B	B	60 - 250	49 - 239
6	6	chain 'C' and (resid 12 through 38 )	C	D	12 - 38	1 - 27
7	7	chain 'C' and (resid 39 through 159 )	C	D	39 - 159	28 - 130
8	8	chain 'C' and (resid 160 through 187 )	C	D	160 - 187	131 - 158
9	9	chain 'C' and (resid 188 through 250 )	C	D	188 - 250	159 - 221
10	10	chain 'D' and (resid 12 through 38 )	D	C	12 - 38	1 - 27
11	11	chain 'D' and (resid 39 through 59 )	D	C	39 - 59	28 - 43
12	12	chain 'D' and (resid 60 through 135 )	D	C	60 - 135	44 - 119
13	13	chain 'D' and (resid 136 through 159 )	D	C	136 - 159	120 - 132
14	14	chain 'D' and (resid 160 through 187 )	D	C	160 - 187	133 - 160
15	15	chain 'D' and (resid 188 through 205 )	D	C	188 - 205	161 - 178
16	16	chain 'D' and (resid 206 through 234 )	D	C	206 - 234	179 - 207
17	17	chain 'D' and (resid 235 through 250 )	D	C	235 - 250	208 - 223
18	18	chain 'E' and (resid 12 through 72 )	E	E	12 - 72	1 - 61
19	19	chain 'E' and (resid 73 through 135 )	E	E	73 - 135	62 - 124
20	20	chain 'E' and (resid 136 through 159 )	E	E	136 - 159	125 - 148
21	21	chain 'E' and (resid 160 through 250 )	E	E	160 - 250	149 - 239
22	22	chain 'F' and (resid 5 through 35 )	F	F	5 - 35	1 - 31
23	23	chain 'F' and (resid 36 through 87 )	F	F	36 - 87	32 - 73
24	24	chain 'F' and (resid 88 through 101 )	F	F	88 - 101	74 - 87
25	25	chain 'F' and (resid 102 through 250 )	F	F	102 - 250	88 - 226

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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