PDB-7zgn: Plant/insect N-glycan active PNGase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zgn

タイトル

Plant/insect N-glycan active PNGase

要素

Glpgli family protein

キーワード

HYDROLASE / plant N-glycans / PNGase / gut microbiota

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced ascorbate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen
類似検索 - 分子機能

生物種

Phocaeicola massiliensis B84634 = Timone 84634 = DSM 17679 = JCM 13223 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Basle, A. / Crouch, L. / Bolam, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Plant N -glycan breakdown by human gut Bacteroides.
著者: Crouch, L.I. / Urbanowicz, P.A. / Basle, A. / Cai, Z.P. / Liu, L. / Voglmeir, J. / Melo Diaz, J.M. / Benedict, S.T. / Spencer, D.I.R. / Bolam, D.N.

履歴

登録	2022年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zgn.cif.gz	415 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zgn.ent.gz	330.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zgn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zgmC 4r4zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glpgli family protein

B: Glpgli family protein

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.050, 100.550, 180.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 27 - 569 / Label seq-ID: 8 - 550

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Glpgli family protein / B035DRAFT_03341PNGase 分子量: 62082.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phocaeicola massiliensis B84634 = Timone 84634 = DSM 17679 = JCM 13223 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF1534_02483 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U6RE59
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mM Cobalt chloride hexahydrate, 100 mM Tris pH 8.5 and 10% w/v Polyvinylpyrrolidone K15

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→45.09 Å / Num. obs: 79080 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.95→1.99 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4454 / CC_1/2: 0.517 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0326	精密化
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
pointless		データスケーリング
xia2		データ削減
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4r4z

4r4z

解像度: 1.95→44.379 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.194 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2395	3990	5.05 %
R_work	0.1892	75017	-
all	0.192	-	-
obs	-	79007	99.77 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.568 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.568 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.597 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.029 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→44.379 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8305	0	0	336	8641

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.011	8529
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	7992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.768	1.638	11572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.577	1.568	18437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.089	5	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.292	22	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.535	10.222	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.837	10	326
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	10018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	7571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	5022
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.034	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.668	4.418	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.667	4.418	4240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.213	6.605	5294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.213	6.605	5295
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.365	4.94	4289
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.365	4.94	4289
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.874	7.158	6276
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.873	7.157	6277
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.792	59.964	9334
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.791	59.962	9335
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	16486

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10531	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10531	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.324	272	0.304	5480	0.305	5779	0.926	0.929	99.5328	0.293
2.001-2.055	0.336	286	0.281	5312	0.284	5621	0.926	0.944	99.5908	0.265
2.055-2.115	0.316	270	0.273	5198	0.275	5483	0.924	0.947	99.7264	0.254
2.115-2.18	0.299	263	0.254	5062	0.256	5343	0.94	0.955	99.6631	0.231
2.18-2.251	0.291	261	0.236	4874	0.239	5146	0.944	0.964	99.7862	0.211
2.251-2.33	0.3	261	0.234	4721	0.237	4995	0.943	0.965	99.7397	0.204
2.33-2.417	0.308	245	0.229	4561	0.233	4815	0.936	0.966	99.8131	0.2
2.417-2.516	0.307	232	0.217	4416	0.221	4658	0.94	0.97	99.7853	0.188
2.516-2.627	0.275	223	0.212	4246	0.215	4474	0.956	0.973	99.8882	0.187
2.627-2.755	0.313	207	0.211	4074	0.215	4288	0.949	0.974	99.8368	0.186
2.755-2.903	0.266	214	0.205	3869	0.208	4083	0.959	0.975	100	0.185
2.903-3.079	0.274	195	0.203	3685	0.207	3880	0.954	0.974	100	0.185
3.079-3.29	0.253	172	0.204	3471	0.206	3649	0.955	0.975	99.8356	0.195
3.29-3.552	0.233	171	0.189	3229	0.192	3403	0.968	0.98	99.9118	0.185
3.552-3.889	0.229	177	0.174	2991	0.177	3175	0.969	0.983	99.7795	0.175
3.889-4.344	0.174	150	0.14	2688	0.142	2839	0.984	0.988	99.9648	0.149
4.344-5.008	0.17	138	0.129	2433	0.131	2573	0.984	0.991	99.9223	0.141
5.008-6.114	0.182	121	0.144	2060	0.147	2181	0.98	0.989	100	0.157
6.114-8.565	0.197	84	0.146	1648	0.148	1736	0.976	0.988	99.7696	0.161
8.565-44.379	0.206	48	0.182	999	0.183	1057	0.971	0.978	99.0539	0.201

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関連情報:EMDBヘッダ

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