+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zgn | ||||||
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Title | Plant/insect N-glycan active PNGase | ||||||
Components | Glpgli family protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / plant N-glycans / PNGase / gut microbiota | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced ascorbate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Phocaeicola massiliensis B84634 = Timone 84634 = DSM 17679 = JCM 13223 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Basle, A. / Crouch, L. / Bolam, D. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2022 Title: Plant N -glycan breakdown by human gut Bacteroides. Authors: Crouch, L.I. / Urbanowicz, P.A. / Basle, A. / Cai, Z.P. / Liu, L. / Voglmeir, J. / Melo Diaz, J.M. / Benedict, S.T. / Spencer, D.I.R. / Bolam, D.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zgn.cif.gz | 414.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zgn.ent.gz | 330.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zgn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgn | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7zgmC 4r4zS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 27 - 569 / Label seq-ID: 8 - 550
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 62082.770 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Phocaeicola massiliensis B84634 = Timone 84634 = DSM 17679 = JCM 13223 (bacteria) Gene: HMPREF1534_02483 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: U6RE59 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10 mM Cobalt chloride hexahydrate, 100 mM Tris pH 8.5 and 10% w/v Polyvinylpyrrolidone K15 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 22, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→45.09 Å / Num. obs: 79080 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.99 Å / Redundancy: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4454 / CC1/2: 0.517 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4r4z Resolution: 1.95→44.379 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.194 / SU ML: 0.139 / Cross valid method: NONE / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.162 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.568 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→44.379 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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