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- PDB-7zgi: chloroplast trigger factor (TIG1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zgi
タイトルchloroplast trigger factor (TIG1)
要素Peptidylprolyl isomerase
キーワードCHAPERONE / Molecular chaperones / chloroplast / co-translational folding / PPIase
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' cotranslational protein folding / protein unfolding / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein transport / ribosome binding
類似検索 - 分子機能
Trigger factor / Trigger factor, C-terminal / Trigger factor, ribosome-binding, bacterial / Trigger factor ribosome-binding domain superfamily / Bacterial trigger factor protein (TF) / Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peptidylprolyl isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Carius, Y. / Ries, F. / Gries, K. / Trentmann, O. / Willmund, F. / Lancaster, C.R.D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Other government ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural features of chloroplast trigger factor determined at 2.6 angstrom resolution.
著者: Carius, Y. / Ries, F. / Gries, K. / Trentmann, O. / Lancaster, C.R.D. / Willmund, F.
履歴
登録2022年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidylprolyl isomerase
B: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,29414
ポリマ－109,1012
非ポリマー1,19312
水46826
1
A: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0516
ポリマ－54,5511
非ポリマー5005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2438
ポリマ－54,5511
非ポリマー6937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.291, 69.879, 106.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-613-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidylprolyl isomerase / Chloroplast trigger factor (TIG1)


分子量: 54550.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: TIG1, CHLRE_01g001750v5, CHLREDRAFT_196868 / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2556 / 参照: UniProt: A8JD56, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.3 M MgSO4, 10 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97779 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→54.31 Å / Num. obs: 37064 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.548 / Num. unique obs: 4515 / CC1/2: 0.941

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→54.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 0.004 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2826 1738 4.7 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.2371 35263 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.53 Å2 / Biso mean: 57.871 Å2 / Biso min: 20.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å20 Å2-2.19 Å2
2--5.68 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→54.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5207 0 68 26 5301
Biso mean--65.84 39.68 -
残基数----656
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 144 -
Rwork0.354 2560 -
all-2704 -
obs--99.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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