PDB-7zgh: Crystal Structure of Amycolatopsis jejuensis Multiple Inositol Po...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zgh

タイトル

Crystal Structure of Amycolatopsis jejuensis Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase, complex with myo-inositol hexakissulfate

要素

Multiple inositol-polyphosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / phytase / histidine phosphatase / MINPP / Amycolatopsis

機能・相同性

Phosphoglycerate mutase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE

機能・相同性情報

生物種

Amycolatopsis jejuensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Acquistapace, I.M. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Amycolatopsis jejuensis Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase, complex with myo-inositol hexakissulfate
著者: Acquistapace, I.M. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2022年4月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zgh.cif.gz	426.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zgh.ent.gz	289.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zgh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/7zgh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rxdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Multiple inositol-polyphosphate phosphatase

B: Multiple inositol-polyphosphate phosphatase

ヘテロ分子

95.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multiple inositol-polyphosphate phosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
47.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Multiple inositol-polyphosphate phosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.840, 86.420, 70.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Multiple inositol-polyphosphate phosphatase 分子量: 46871.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis jejuensis (バクテリア) 遺伝子: GFH48_35735 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle Express T7 / 参照: multiple inositol-polyphosphate phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / myo-イノシト-ルヘキサスルファ-ト分子量: 660.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂₄S₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate/citrate, 20 % w/v PEG 1000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.41→32.192 Å / Num. obs: 152343 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 14.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.41-1.43	2.85	0.825	1.2	6732	0.536	0.556	88.39
1.43-1.46	3.12	0.811	1.3	7309	0.564	0.518	95.38
1.46-1.49	3.67	0.764	1.6	7649	0.642	0.451	99.77
1.49-1.52	4.01	0.652	2	7649	0.727	0.369	99.78
1.52-1.55	4.48	0.6	2.4	7671	0.8	0.316	99.88
1.55-1.59	4.54	0.508	2.8	7656	0.837	0.266	99.9
1.59-1.63	4.49	0.433	3.3	7679	0.88	0.228	99.81
1.63-1.67	4.39	0.356	3.8	7659		0.191	99.95
1.67-1.72	4.56	0.308	4.5	7619	0.933	0.16	99.9
1.72-1.78	4.45	0.261	5.2	7682	0.948	0.139	99.9
1.78-1.84	4.63	0.214	6.5	7719	0.966	0.111	99.9
1.84-1.91	4.55	0.169	8.1	7627	0.978	0.089	99.88
1.91-2	4.45	0.136	9.8	7698	0.984	0.073	99.87
2-2.11	4.47	0.107	12.4	7668	0.989	0.057	99.91
2.11-2.24	4.62	0.084	16.1	7676	0.993	0.044	99.93
2.24-2.41	4.58	0.07	18.9	7709	0.995	0.037	99.91
2.41-2.65	4.57	0.058	22.1	7704	0.996	0.03	99.92
2.65-3.04	4.59	0.047	27.7	7707	0.998	0.024	99.91
3.04-3.83	4.53	0.032	39.5	7732	0.999	0.017	99.9
3.83-32.2	4.41	0.026	48.4	7834	0.999	0.014	99.81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RXD

6rxd

解像度: 1.41→32.19 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2616
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1831	7714	5.06 %
R_work	0.149	144595	-
obs	0.1507	152309	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→32.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6542	0	84	816	7442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	6912
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8607	9419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1000
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	1242
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.1783	993

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.43	0.3121	212	0.2697	4207	X-RAY DIFFRACTION	87.21
1.43-1.44	0.3186	239	0.2574	4461	X-RAY DIFFRACTION	91.83
1.44-1.46	0.3121	234	0.2437	4685	X-RAY DIFFRACTION	96.56
1.46-1.48	0.2507	252	0.2268	4837	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.48-1.5	0.236	248	0.2093	4848	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.5-1.52	0.2229	283	0.1975	4792	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.52-1.54	0.2321	266	0.1908	4874	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.54-1.56	0.2091	268	0.1882	4826	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.56-1.59	0.2232	253	0.1769	4839	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.59-1.61	0.2313	294	0.1704	4843	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.61-1.64	0.2225	259	0.1616	4835	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.64-1.67	0.1909	261	0.1503	4845	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.67-1.7	0.1944	244	0.1488	4849	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.7-1.74	0.1904	255	0.149	4880	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.74-1.78	0.1878	290	0.1397	4781	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.78-1.82	0.1796	275	0.1377	4817	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.82-1.86	0.1789	267	0.1377	4874	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.86-1.91	0.1872	251	0.1392	4861	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.91-1.97	0.1793	290	0.1323	4830	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.97-2.03	0.1738	288	0.1315	4817	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.03-2.11	0.1648	258	0.1312	4881	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.11-2.19	0.1803	232	0.1293	4908	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.19-2.29	0.1566	243	0.1257	4861	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.29-2.41	0.1716	243	0.1335	4895	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.41-2.56	0.1662	257	0.1418	4861	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.56-2.76	0.1846	221	0.1475	4904	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.76-3.04	0.1671	278	0.1462	4886	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.04-3.48	0.1732	279	0.1423	4877	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.48-4.38	0.1623	231	0.1346	4934	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.38-32.19	0.1717	243	0.1586	4987	X-RAY DIFFRACTION	99.58

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)