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- PDB-7zg8: Crystal structure of A. baumannii penicillin-binding protein 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zg8
タイトルCrystal structure of A. baumannii penicillin-binding protein 2
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
キーワードHYDROLASE / Peptidoglycan D / D-transpeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / glycosyltransferase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 2 / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Micelli, C. / Crow, A. / Roper, D.I.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J014532/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)G1100127 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)G0400848 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N002679/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N003241/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: A conserved zinc-binding site in Acinetobacter baumannii PBP2 required for elongasome-directed bacterial cell shape.
著者: Micelli, C. / Dai, Y. / Raustad, N. / Isberg, R.R. / Dowson, C.G. / Lloyd, A.J. / Geisinger, E. / Crow, A. / Roper, D.I.
履歴
登録2022年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
BBB: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,6734
ポリマ－141,5422
非ポリマー1312
水2,036113
1
AAA: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8362
ポリマ－70,7711
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8362
ポリマ－70,7711
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.249, 151.030, 177.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 62 - 615 / Label seq-ID: 32 - 585

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AAAA
22BBBB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2


分子量: 70770.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: pbpA, ftsI_2, mrdA, A7M90_11050, Aba9201_18945, ABKPCSM17A_03355, ABR2091_1008, APC21_12345, AUO97_12320, AYR68_04860, B7L45_13860, BAA1790NC_2670, BS065_13515, C5H40_15225, CBE85_06915, ...遺伝子: pbpA, ftsI_2, mrdA, A7M90_11050, Aba9201_18945, ABKPCSM17A_03355, ABR2091_1008, APC21_12345, AUO97_12320, AYR68_04860, B7L45_13860, BAA1790NC_2670, BS065_13515, C5H40_15225, CBE85_06915, CBL15_12940, CPI82_12065, CTZ19_13825, D8O08_019760, DLI71_06110, DLI72_10975, DVA69_07035, E2532_18440, E2533_01825, E2534_02130, E2535_02530, E2536_16000, E2538_02065, E2539_12745, E2540_02675, E2541_02210, EA706_11320, EA720_005325, EA722_01945, EGM95_15605, EKS29_18090, EP550_13800, EP560_04330, EQH48_13445, F4T85_05015, F4T91_06035, FDN00_07050, FE003_14290, FJU36_11640, FJU42_01870, FR761_06255, G3N53_08595, GSE42_05635, H0529_10125, HBK86_03170, IAG11_14580, IMO23_05010, ITE13_01515, SAMEA104305281_03511, SAMEA104305318_00781, SAMEA104305385_03293, SI89_19130
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G1C6X4, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M Na2HPO4 adjusted to pH 4.2 with citric acid, 16% (v/v) ethanol, and 5% (w/v) PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→44.34 Å / Num. obs: 46823 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.213 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4576 / CC1/2: 0.754 / Rpim(I) all: 0.36 / Rrim(I) all: 1.167 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LP4

5lp4


解像度: 2.65→44.334 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.224 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 17.42 / SU ML: 0.316 / Average fsc free: 0.7923 / Average fsc work: 0.8029 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.48 / ESU R Free: 0.294 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 2395 5.115 %
Rwork0.211 44424 -
all0.213 --
obs-46819 98.388 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 61.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9 Å2-0 Å20 Å2
2---2.868 Å2-0 Å2
3----6.132 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8071 0 2 113 8186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0138280
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0157851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.64811224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1951.58218073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.05251023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15722.098429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.275151382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1041554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21074
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1710.11475
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1480.17200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1560.23816
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.23751
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2770.15
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1240.142
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0740.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5526.3254113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5526.3254112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2729.4695129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.2729.4695130
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0426.7644167
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0416.7644168
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6819.9596095
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.689.9596096
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.79871.5718747
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.79971.5818745
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.090.0516047
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.090160.05008
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.090160.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.65-2.7190.3491820.36932540.36834590.450.44999.33510.341
2.719-2.7930.3311810.34731840.34633860.5420.51799.37980.314
2.793-2.8730.3481790.32530930.32632980.6180.62399.21160.289
2.873-2.9610.3251590.29630050.29731860.6930.68299.30950.259
2.961-3.0580.3061600.28529400.28631200.7020.72199.3590.253
3.058-3.1650.3231440.26728230.2729890.7810.78699.2640.232
3.165-3.2840.3061480.24627440.24929300.8150.84298.70310.215
3.284-3.4170.2471460.22325870.22527590.8690.88699.05760.194
3.417-3.5680.2161350.19325220.19427020.9280.92298.33460.167
3.568-3.7410.2551290.18524090.18925680.9040.93298.83180.163
3.741-3.9420.2181200.1822920.18224490.9360.93898.48920.16
3.942-4.1790.2331010.15821790.16123250.9240.94998.06450.142
4.179-4.4650.2021080.14520400.14821910.9540.96198.03740.131
4.465-4.8180.2181070.15518810.15820400.9420.95697.4510.144
4.818-5.2720.227790.16717730.1719060.9320.94797.16680.155
5.272-5.8840.229780.17615870.17917100.9280.94997.36840.163
5.884-6.7740.185740.15714080.15915420.9560.96396.10890.15
6.774-8.2480.215650.16411960.16713140.9550.95995.96650.156
8.248-11.4680.182730.169190.16210410.9610.96895.2930.159
11.468-44.3340.385270.3215880.3246540.8980.8894.03670.331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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