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- PDB-7zg6: TacA1 antitoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zg6
タイトルTacA1 antitoxin
要素DUF1778 domain-containing protein
キーワードANTITOXIN / Salmonella / Toxin-antitoxin system / RHH domain
機能・相同性Vibrio phage ICP1, Orf50 / Protein of unknown function (DUF1778) / Ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / DUF1778 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Grabe, G.J. / Morgan, R.M.L. / Helaine, S.
資金援助 英国, European Union, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M009629/1 英国
European Research Council (ERC)757369European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/D524840/1 英国
Wellcome Trust202926/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Molecular stripping underpins derepression of a toxin-antitoxin system.
著者: Grabe, G.J. / Giorgio, R.T. / Wieczor, M. / Gollan, B. / Sargen, M. / Orozco, M. / Hare, S.A. / Helaine, S.
履歴
登録2022年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title
改定 1.32024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF1778 domain-containing protein
B: DUF1778 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8843
ポリマ－20,8602
非ポリマー241
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area6760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.990, 68.990, 69.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

MG

-
要素

#1: タンパク質 DUF1778 domain-containing protein


分子量: 10429.851 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: A3104_05255, A3S30_03565, A3T81_04105, A3U32_05670, A3V03_13915, A3V89_00845, A3W57_03990, A3W75_07045, A3X15_00845, A3X55_00325, A3Y76_07970, A4N07_08005, A4O05_01325, A4O41_02030, A4R48_ ...遺伝子: A3104_05255, A3S30_03565, A3T81_04105, A3U32_05670, A3V03_13915, A3V89_00845, A3W57_03990, A3W75_07045, A3X15_00845, A3X55_00325, A3Y76_07970, A4N07_08005, A4O05_01325, A4O41_02030, A4R48_08935, A6D61_12035, AAA76_07485, AAB27_15580, AAB79_05115, AAC35_03625, ADQ28_10175, AF497_21965, AGM99_05600, AHN93_12130, AIT36_00965, AKH62_19105, AL144_05695, AL168_00235, AL184_01805, AQ530_13115, AU613_00250, AVA38_12925, AVC05_10875, AVL16_07530, AWT30_08430, AXX99_15530, B1265_05360, B1398_03145, B1642_07215, B1P38_10085, B2E31_12120, B4V59_11835, B4W90_05735, B6362_03215, B7Q27_05355, B8Y16_03500, B8Z46_06180, B9C90_03095, B9C96_10075, B9M14_05165, B9O84_11710, BBQ66_14315, BG493_00970, BIC00_08660, BIC13_03220, BK110_05555, BKM50_23075, BMS46_12650, BMU56_14435, BZ203_17650, BZZ88_00325, C5W43_16875, CA117_15910, CAC56_00970, CAC59_00965, CB102_05780, CB119_09125, CB198_11360, CB380_04130, CB535_00770, CB570_01825, CB646_00870, CBM67_04325, CBM76_05660, CBZ90_17945, CC339_13495, CC403_04170, CC453_00825, CC652_10795, CC971_08240, CCP17_05605, CDZ72_00830, CE70_05375, CED07_09525, CEQ70_11810, CFF58_15570, CFF59_19345, CHN22_12865, CIX60_11710, CPS79_04635, CQO33_02710, CSG22_15805, CVR97_16715, D4361_00880, D4387_02960, D4422_08010, D5823_11460, D5N86_07595, D5N95_00880, D5O82_10090, D5P17_09705, D5X47_03750, D5Y28_11875, D6422_07755, D6J79_03215, D8S24_00875, DLB93_00880, DLR28_04665, DMI89_02725, DMO92_11765, DN165_06005, DNB97_10970, DNM27_08060, DNZ37_00880, DO533_01630, DP680_00880, DPB42_14145, DPD91_14800, DPF41_20265, DPF68_06590, DPS76_07075, DQD22_06090, DQR44_03755, DRM14_09660, DRT38_10160, DRT61_12455, DRV05_07095, DSF94_03190, DSG41_05900, DTF68_09765, DU071_11260, DU223_00815, DU657_08780, DU879_06935, DUV75_05405, DWU22_19580, DY580_11365, DYM27_07925, E0935_00855, E1A11_05885, E6W45_05500, EBD14_00860, EBK21_06270, EC404_08070, EEQ30_12970, EER35_04045, EHB09_10535, EL822_04920, ELS01_06375, EPB30_06160, EQG93_08445, EVY71_04545, EW905_00790, F0D96_17675, F2P00_07215, F3Q97_08560, F3R12_09955, F9G02_14055, F9O44_13860, FE758_17770, FEM52_12105, FGZ46_08045, FJM64_04970, FQC24_05140, G0038_06515, G0040_06835, G0042_12205, G0045_10420, G0047_05575, G0048_09090, G0051_05645, G0052_10845, G0059_05920, G0061_08170, G0062_08755, G0063_08645, G0067_09250, G0069_08825, G0070_07845, G0071_07185, G0072_20045, G0074_10225, G0076_07480, G0077_09020, G0080_10875, G0084_11635, G0086_11145, G0087_09090, G0088_08175, G0089_05200, G0090_03750, G0094_03980, G0100_14430, G0101_08275, G0102_07975, G0111_07605, G0113_09075, G0117_05810, G0123_09090, G0124_08815, G0148_07850, G0157_08505, G0170_09825, G0A05_14075, G0A28_05465, G0A32_06825, G0A39_18140, G0A43_17520, G0A44_05550, G0A46_06310, G0A50_04840, G0A51_06360, G0A52_16360, G0A53_03430, G0A56_14045, G0A58_04545, G0A60_05590, G0A61_07875, G0A63_17195, G0A66_04925, G0A67_08445, G0A68_18030, G0A70_04840, G0A73_06565, G0A76_16870, G0A79_08455, G0A92_06600, G0A96_06095, G0A97_04965, G0B03_06365, G0B05_02820, G0B07_02725, G0B08_03810, G0B12_00880, G0B28_10240, G0B96_06335, G0C03_03190, G0C04_07190, G0C34_08565, G0E15_12925, G0E20_13295, G0G84_14085, G0J24_05055, G0J26_08460, G0J27_00095, G0J28_06230, G0J31_03640, G0J33_04725, G0J34_09505, G0J36_06530, G0J37_09245, G0J40_08070, G0J43_05190, G0J44_09360, G0J45_06495, G0J46_07005, G0J47_09125, G0J49_07265, G0J50_09965, G0J51_08105, G0J53_03235, G0J55_05945, G0J58_04230, G0J59_20595, G0J62_02515, G0J65_11725, G0J66_02900, G0J67_06095, G0J69_03030, G0J71_03030, G0J73_12265, G0J76_03040, G0J79_08505, G0J81_05720, G0J82_07345, G0J85_05720, G0J89_12195, G0J92_11440, G0J94_12605, G0J96_11010, G0J97_05440, G0K00_10905, G0K02_08285, G0K03_06860, G0K04_04250, G0K05_00240, G0K07_03030, G0K10_07455, G0K13_06135, G0K15_04670, G0K16_11380, G0K18_09305, G0K19_03650, G0K20_01175, G0K23_06850, G0K25_00860, G0K26_09485, G0K28_12265, G0K30_06250, G0K31_02845, G0K32_21510, G0K33_05630, G0K37_00860, G0K38_10400, G0K39_00335, G0K41_00085, G0K42_08445, G0K44_09515, G0K46_05720, G0K47_10440, G0K48_11600, G0K49_12390, G0K52_13585, G0K53_13740, G0K56_12050, G0K58_17230, G0K59_13125, G0K61_08780, G0K65_07070, G0K68_05005, G0K70_08325, G0K72_03975, G0K74_16835, G0K75_06960, G0K78_11500, G0K80_19145, G0K83_05585, G0K84_13785, G0K85_10750, G0K88_003091, G0K89_000478, G0K90_000620, G0K94_000430, G0K95_000292, G0L00_000826, G0L02_000147, G0L03_04555, G0L06_01490, G0L07_01390, G0L10_04810, G0L14_03745, G0L15_14085, G0L18_01845, G0L19_04630, G0L20_03085, G0L24_03300, G0L25_01965, G0L29_02895, G0L31_11005, G0L32_05770, G0L34_00205, G0L35_02995, G0L36_06695, G0L37_03740, G0L38_01885, G0L40_13160, G0L42_04645, G0L48_07890, G0L49_00765, G0L51_03265, G0L52_00205, G0L55_04440, G0L59_01970, G0L62_04765, G0L63_03260, G0L65_18350, G0L67_02995, G0L68_05120, G0L70_10470, G0L73_04820, G0L76_03925, G0L77_17435, G0L78_01720, G0L79_04450, G0L83_11890, G0L85_15975, G0L86_000812, G0L88_02390, G0L89_04205, G0L91_04730, G0L93_17950, G0L96_03385, G0L98_18590, G0M00_19130, G0M05_16255, G0M06_000797, G0M13_000386, G0M14_02960, G0M16_02050, G0M18_000979, G0M21_11905, G0M22_000387, G0M25_000386, G0M26_03060, G0M29_000386, G0M30_05720, G0M33_12160, G0M35_05655, G0M36_14210, G0M38_01790, G0M39_00205, G0M40_05845, G0M41_07030, G0M45_06700, G0M46_000387, G0M48_000386, G0M51_18885, G0M53_03230, G0M55_04405, G0M56_01960, G0M58_01960, G0M63_03225, G0M65_01595, G0M67_04405, G0N45_04990, G0N48_08870, G0N51_12275, G0N53_04100, G0N55_07635, G0N57_04235, G0N58_04670, G0N59_10615, G0N60_09690, G0N61_05575, G0N62_05150, G0N64_07260, G0N65_06200, G0N66_09410, G0N67_07280, G0N71_08275, G0N75_10630, G0N78_06745, G0N82_06845, G0N84_07815, G0N85_04100, G0N86_11270, G0N88_07695, G0N89_06295, G0N90_07775, G0N92_16350, G0N94_02910, G0N95_11325, G0N98_10685, G0N99_03385, G0O00_03935, G0O03_07580, G0O10_06805, G0O14_02520, G0O15_13895, G0O18_14755, G0O19_09410, G0O20_06675, G0O22_05735, G0O25_08960, G0O27_07635, G0O31_08180, G0O32_05755, G0O36_06595, G0O37_08385, G0O39_05570, G0O40_13490, G0O41_08050, G0O42_08170, G0O43_09115, G0O44_05530, G0O47_08630, G0O52_07975, G0O55_07350, G0O57_07915, G0O58_10050, G0O59_14250, G0O60_09400, G0O63_04985, G0O66_13570, G0O68_07395, G0O70_08825, G0O71_08830, G0O74_07800, G0O75_07515, G0O77_08670, G0O78_08440, G0O80_07565, G0O81_03470, G0O82_10280, G0O84_08825, G0O85_05775, G0O86_10380, G0O87_07970, G0O88_03850, G0O89_06015, G0O92_08935, G0O93_04240, G0O94_13365, G0O97_02240, G0O99_13400, G0P00_15000, G0P01_02695, G0P02_06645, G0P05_12915, G0P06_08355, G0P08_09050, G0P12_13305, G0P13_05680, G0P17_06760, G0P18_07640, G0P19_05475, G0P24_03400, G0P26_08830, G0P28_08900, G0P30_08560, G0P31_10875, G0P36_12775, G0P37_02110, G0P41_15205, G0P44_03655, G0P45_07105, G0P48_07965, G0P49_00335, G0P52_05645, G0P53_00330, G0P56_10010, G0P57_08830, G0P58_04990, G0P63_06775, G0P65_04880, G0P67_10125, G0P68_07255, G0P69_00325, G0P73_13720, G0P75_01825, G0P76_03245, G1N61_05970, G1N64_05885, G1N66_05875, G1N68_05880, G1N71_05895, G1N72_05885, G1N86_05895, G1N87_05895, G1N91_06610, G1O00_03055, G1O02_05890, G1O04_05895, G1O05_05885, G1O08_05875, G1O10_07975, G1O12_05895, G1O16_05890, G1O17_05965, G1O18_05890, G1O20_05895, G1O23_05895, G1O25_05875, G1O26_05895, G1O27_05955, G1O28_05970, G1O29_05955, G1O32_05875, G1O34_05965, G1O38_06300, G1O40_05895, G1O43_05880, G1O46_03050, G1O48_05970, G1O49_05965, G1O51_05890, G1O53_05950, G1O62_05890, G1O63_05880, G1O65_05970, G1O67_07430, G1O68_05895, G1O69_05895, G1O71_09050, G1O72_05970, G1O76_05970, G1O77_05895, G1O80_05965, G1O81_05890, G1O83_05960, G1O84_05970, G1O87_05970, G1O88_05970, G1O89_05895, G1O90_05970, G1O93_05960, G1O94_05955, G1O96_05965, G1P02_05955, G1P03_05995, G1P06_05950, G1P09_03685, G1P10_05895, G1P12_05970, G1P14_00860, G1P15_08090, G1P17_05970, G1P19_05965, G1P23_05965, G1P24_05885, G1P25_05970, G1P26_05890, G1P29_05975, G1P31_05950, G1P35_05895, G1P36_05890, G1P37_05920, G1P40_03125, G1P44_05890, G1P45_05960, G1P47_05965, G1P48_05970, G1P51_05970, G1P52_05920, G1P53_05920, G1P54_05970, G1P55_05965, G1P56_05950, G1P57_05970, G1P58_05955, G1P59_05970, G1P61_08375, G1P64_05970, G1P67_05965, G1P69_05875, G1P72_10265, G1P75_05895, G1P76_05880, G1P78_03700, G1P83_03715, G1P84_05890, G1P87_05960, G1P90_05715, G1P91_05955, G1Q03_05890, G1Q08_05185, G1Q67_05960, G1Q78_05595, G1Q81_05965, G1Q83_05970, G1Q84_05625, G1Q85_05925, G1Q86_05880, G1Q88_03055, G1Q90_05955, G1Q91_05895, G1Q93_04950, G1Q96_05860, G1Q98_05895, G1Q99_05955, G1R01_05875, G1R02_03055, G1R03_05965, G1R04_05970, G1R08_05945, G1R13_05450, G1R15_05045, G1R20_03845, G1R21_05650, G1R22_03130, G1R23_03685, G1R27_05870, G1R28_05970, G1R29_05965, G1R30_05970, G1R31_06165, G1R36_05970, G1R38_05890, G1R40_03130, G1R42_03055, G1R44_05965, G1R45_07650, G1R47_03700, G1R48_03395, G1R51_05880, G1R52_08035, G1R53_05950, G1R63_05970, G1R69_00860, G1R87_03685, G1R93_05880, G1S02_05970, G2203_08010, G2212_16670, G2218_10055, G2221_14440, G2279_12050, G2290_12650, G2793_13330, G2918_13520, G2951_06210, G3221_002687, G3230_003613, G3231_002106, G3247_003536, G3248_001297, G3254_000041, G3263_002896, G3270_003435, G3275_000730, G3312_001759, G3336_003551, G3357_001662, G3369_000598, G3433_000039, G3460_000171, G3464_002693, G3593_003627, G3A35_06005, G3V06_000996, G3V14_003115, G3V17_000446, G3V21_001922, G3V56_000559, G3V57_001798, G3X03_001804, G4189_001061, G4190_000739, G4192_000812, G4198_000464, G4201_002101, G4202_001475, G4A01_003277, G4A73_001924, G4A83_004288, G4A85_000794, G4A87_001128, G4B68_002273, G4B72_002691, G4B74_000681, G4C74_000731, G4D32_002863, G4D46_002458, G4F88_00970, G4F89_00970, G4F91_00970, G4F92_00970, G4G47_002693, G4G62_000410, G4G67_002618, G4G68_003383, G4G75_001677, G4G76_001466, G4G79_002670, G4G97_002413, G4H00_000793, G4H04_004572, G4H07_003669, G4H08_000532, G4H18_000731, G4H21_000731, G4H24_000730, G4H63_001252, G4I66_003375, G4J07_001211, G4J08_002078, G4J11_000370, G4J12_000193, G4J18_002023, G4J20_003006, G4J37_004094, G4J39_002351, G4J41_001527, G4J45_002735, G4J90_001712, G4K02_000287, G4K03_000466, G4O54_000644, G4O56_001570, G4O59_000812, G4O60_000681, G4O67_000089, G4O69_001284, G4P29_001084, G4P83_001851, G4P85_000793, G4P89_003493, G4P91_001061, G4P93_001762, G4Q12_003651, G4Q28_000730, G4Q31_000728, G4Q50_002142, G4Q52_001801, G4Q59_002806, G4Q60_000793, G4Q63_002240, G4Q67_002883, G4Q94_003297, G4R01_000792, G4R02_002284, G4R15_002694, G4R16_000737, G4W68_003700, G4W73_000555, G4W86_000984, G4W87_000730, G4W88_000730, G4W91_000171, G4Y10_003993, G9269_000834, G9302_000793, G9304_001305, G9305_003574, G9309_000405, G9313_000793, G9314_004791, G9367_001474, G9381_000651, G9C24_000382, G9C41_000996, G9C46_000850, G9C47_000681, G9C49_001054, G9C57_000728, G9C64_002283, G9G03_000497, G9G04_003111, G9G34_001926, G9G36_000577, G9G45_002412, G9G50_002044, G9G62_002044, G9W19_001373, G9W28_001671, G9W45_000065, G9W52_002689, G9W63_002268, G9W65_000728, G9W79_002140, G9W95_000731, G9W96_002672, G9X40_002429, GB021_12045, GB040_11900, GB055_08450, GB076_09505, GB106_05935, GB114_08425, GB120_05560, GB122_13965, GB131_01480, GB139_06875, GB171_04135, GB209_06840, GB221_07870, GB224_00855, GB238_15785, GB280_05645, GB321_07520, GB331_07235, GB339_13210, GB342_05095, GB368_12215, GB372_06145, GB416_14990, GB452_06040, GB459_14220, GB466_12015, GB505_11895, GB510_10150, GB551_04205, GB567_10895, GB645_16180, GBS44_03925, GBS58_06025, GBV53_06495, GBV54_10940, GBV60_02935, GBW03_15445, GBW44_14930, GBW52_04530, GBW76_13765, GBX12_15340, GBX20_14950, GBX46_08290, GBX55_07645, GBX64_03960, GBY13_11225, GBY23_15345, GBY73_06075, GBZ51_19885, GBZ55_00575, GCZ80_15175, GEZ01_02980, GJE27_05655, GJE28_04530, GNA88_002718, GNA97_002865, GNA99_002432, GNB28_002419, GNB36_000624, GNB86_001092, GNC11_000727, GNC19_001070, GNC45_001165, GNC75_002133, GNC95_001305, GT380_05455, GTH60_03850, GTH62_02950, GTH63_08330, GTH66_08435, GTH67_11860, GTH68_08760, GTH70_03975, GTH72_08690, GTH73_05575, GTH75_06305, GTH77_02135, GTH78_08775, GTH79_06410, GTH81_13490, GTH85_09070, GTH87_09400, GTH89_05040, GTH90_06140, GTH91_00195, GTH93_08825, GTH94_05825, GTH99_03645, GXC51_05525, GXC56_05525, GXG40_05525, GYI58_17275, GYI62_000736, GYI77_09250, GYJ04_02110, GYJ24_05825, GYJ27_19115, GYJ28_003979, GYJ30_10035, GYJ32_11340, GYJ53_05965, GYJ59_05485, GYJ60_05955, H8S97_18675, JJB80_18360, JJB81_18355, KP44_05620, NG06_06920, R035_07945, Z700_03565, ZV17_16945, ZV33_03590, ZX03_04645, ZY40_05085
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2J0RDY6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1% Tryptone 1mM Sodium azide 50mM HEPES pH 7.0 12% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→34.5 Å / Num. obs: 9080 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 46.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.076 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 475 / CC1/2: 0.655 / Rpim(I) all: 0.52 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AK7

7ak7


解像度: 1.95→34.49 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 36.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 416 4.64 %RANDOM
Rwork0.1974 8540 --
obs0.1999 8956 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.28 Å2 / Biso mean: 56.4175 Å2 / Biso min: 32.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→34.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数814 0 1 47 862
Biso mean--94.05 64.45 -
残基数----104
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.230.3021580.27728443002100
2.23-2.810.29831340.24172828296299
2.81-34.490.23371240.1782868299299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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