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- PDB-7zfm: Engineered Protein Targeting the Zika Viral Envelope Fusion Loop -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zfm
タイトルEngineered Protein Targeting the Zika Viral Envelope Fusion Loop
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / ZIKV / Neutralization / E protein / Fusion Loop
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, E. coli cyclophilin A-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / SUCCINIC ACID / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.711 Å
データ登録者Athayde, D. / Archer, M. / Viana, I.F.T. / Adan, W.C.S. / Xavier, L.S.S. / Lins, R.D.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia ポルトガル
引用
ジャーナル: SSRN / 年: 2022
タイトル: In Vitro Neutralisation of Zika Virus by an Engineered Protein Targeting the Viral Envelope Fusion Loop
著者: Viana, I.F.T. / Cruz, C.H.B. / Athayde, D. / Adan, W.C.S. / Xavier, L.S.S. / Archer, M. / Lins, R.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Data processing and analysis with the autoPROC toolbox.
著者: Vonrhein, C. / Flensburg, C. / Keller, P. / Sharff, A. / Smart, O. / Paciorek, W. / Womack, T. / Bricogne, G.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: XDS.
著者: Kabsch, W.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Scaling and assessment of data quality.
著者: Evans, P.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: How good are my data and what is the resolution?
著者: Evans, P.R. / Murshudov, G.N.
#7: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Overview of the CCP4 suite and current developments.
著者: Winn, M.D. / Ballard, C.C. / Cowtan, K.D. / Dodson, E.J. / Emsley, P. / Evans, P.R. / Keegan, R.M. / Krissinel, E.B. / Leslie, A.G. / McCoy, A. / McNicholas, S.J. / Murshudov, G.N. / Pannu, N. ...著者: Winn, M.D. / Ballard, C.C. / Cowtan, K.D. / Dodson, E.J. / Emsley, P. / Evans, P.R. / Keegan, R.M. / Krissinel, E.B. / Leslie, A.G. / McCoy, A. / McNicholas, S.J. / Murshudov, G.N. / Pannu, N.S. / Potterton, E.A. / Powell, H.R. / Read, R.J. / Vagin, A. / Wilson, K.S.
履歴
登録2022年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,40427
ポリマ－41,3502
非ポリマー2,05425
水5,242291
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,96416
ポリマ－20,6751
非ポリマー1,28915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,44011
ポリマ－20,6751
非ポリマー76510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.618, 81.618, 113.282
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1275-

HOH

21B-1213-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Rotamase A / ZVAP3


分子量: 20675.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ppiA, rot, rotA, b3363, JW3326 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star pLysS / 参照: UniProt: P0AFL3, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 6種, 316分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 % / 解説: Clear Octahedron Shaped Crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0 M Succinic acid, 0.1 M Hepes pH 7.0 and 1% w/v PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.711→66.221 Å / Num. obs: 37153 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 12.91 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways through the data processing procedure (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejection during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0451 / Rpim(I) all: 0.0127 / Rrim(I) all: 0.0469 / Net I/σ(I): 28.45 / Num. measured all: 479564
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
5.011-66.22112.420.023685.3923061230611857185710.00690.024699.9
3.937-5.01113.660.024687.3125395253951859185910.00680.025699.9
3.417-3.93713.40.029275.3624879248791856185610.00810.0304100
3.095-3.41714.30.036862.8426579265791859185910.010.0382100
2.867-3.09514.520.047350.6626969269691857185710.01270.049100
2.692-2.86714.580.062239.612708927089185818580.9990.01680.0645100
2.553-2.69214.210.080731.412639726397185718570.9990.0220.0837100
2.439-2.55314.940.100925.932772227722185618560.9980.02690.1044100
2.342-2.43914.780.115922.962747227472185918590.9980.0310.12100
2.259-2.34214.60.137919.62714427144185918590.9970.03720.1429100
2.187-2.25914.120.189915.522617826178185418540.9950.05230.1971100
2.123-2.18714.730.217813.12740327403186018600.9940.05840.2256100
2.066-2.12314.80.275910.982747427474185618560.9910.07410.2858100
2.015-2.06614.840.34958.692760327603186018600.9860.09350.362100
1.967-2.01513.360.42766.342481924819185818580.9730.12090.4447100
1.924-1.96712.080.5384.662239222392185418540.9450.160.5618100
1.885-1.9249.730.75062.991811318113186118610.8660.24910.7927100
1.849-1.8858.290.78312.321539315393185618560.8070.28190.835399.6
1.804-1.8497.170.83561.851332013320185818580.6940.32460.901581.9
1.711-1.8047.621.09551.471416214162185918590.5780.41441.17654.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROC1.0.5データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
XDSBUILT 20200417データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J2A

1j2a


解像度: 1.711→66.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.112
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2206 1777 -RANDOM
Rwork0.1885 ---
obs0.19 37153 88.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3939 Å20 Å20 Å2
2---0.3939 Å20 Å2
3---0.7878 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.711→66.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2520 0 135 291 2946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085321HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.059504HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1610SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes898HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2797HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion352SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies15HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4468SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.15
LS精密化 シェル解像度: 1.711→1.76 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3234 43 -
Rwork0.2879 --
obs--21.91 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63910.1554-0.42111.9148-0.19991.54080.00990.1671-0.05370.16710.0273-0.0558-0.0537-0.0558-0.0372-0.00380.0290.0281-0.06940.00130.006121.127245.246349.0288
21.49090.0693-0.29862.0964-1.13321.89280.09260.0632-0.10250.0632-0.31430.302-0.10250.3020.2217-0.1077-0.0584-0.0130.0760.079-0.056150.380850.311738.2431
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 167
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1001 - 1204
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B3 - 167
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1001 - 1202

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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