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- PDB-7zf5: SARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-12 and Beta-54 Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zf5
タイトルSARS-CoV-2 Omicron RBD in complex with Omi-12 and Beta-54 Fabs
要素
  • Beta-54 heavy chain
  • Beta-54 light chain
  • Omi-12 heavy chain
  • Omi-12 light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Omicron (Ο) / BA.1 (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) / BA.2 (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) / RBD / antibody (抗体) / Fab / Omi-12 / Beta-54 / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.32 Å
データ登録者Zhou, D. / Huo, J. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Potent cross-reactive antibodies following Omicron breakthrough in vaccinees.
著者: Rungtiwa Nutalai / Daming Zhou / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Piyada Supasa / Chang Liu / Jiandong Huo / Alexander J Mentzer / Helen M E Duyvesteyn / Aiste Dijokaite-Guraliuc / ...著者: Rungtiwa Nutalai / Daming Zhou / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Piyada Supasa / Chang Liu / Jiandong Huo / Alexander J Mentzer / Helen M E Duyvesteyn / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Donal Skelly / Thomas G Ritter / Ali Amini / Sagida Bibi / Sandra Adele / Sile Ann Johnson / Bede Constantinides / Hermione Webster / Nigel Temperton / Paul Klenerman / Eleanor Barnes / Susanna J Dunachie / Derrick Crook / Andrew J Pollard / Teresa Lambe / Philip Goulder / / Neil G Paterson / Mark A Williams / David R Hall / Juthathip Mongkolsapaya / Elizabeth E Fry / Wanwisa Dejnirattisai / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton /
要旨: Highly transmissible Omicron variants of SARS-CoV-2 currently dominate globally. Here, we compare neutralization of Omicron BA.1, BA.1.1, and BA.2. BA.2 RBD has slightly higher ACE2 affinity than BA. ...Highly transmissible Omicron variants of SARS-CoV-2 currently dominate globally. Here, we compare neutralization of Omicron BA.1, BA.1.1, and BA.2. BA.2 RBD has slightly higher ACE2 affinity than BA.1 and slightly reduced neutralization by vaccine serum, possibly associated with its increased transmissibility. Neutralization differences between sub-lineages for mAbs (including therapeutics) mostly arise from variation in residues bordering the ACE2 binding site; however, more distant mutations S371F (BA.2) and R346K (BA.1.1) markedly reduce neutralization by therapeutic antibody Vir-S309. In-depth structure-and-function analyses of 27 potent RBD-binding mAbs isolated from vaccinated volunteers following breakthrough Omicron-BA.1 infection reveals that they are focused in two main clusters within the RBD, with potent right-shoulder antibodies showing increased prevalence. Selection and somatic maturation have optimized antibody potency in less-mutated epitopes and recovered potency in highly mutated epitopes. All 27 mAbs potently neutralize early pandemic strains, and many show broad reactivity with variants of concern.
履歴
登録2022年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Beta-54 heavy chain
L: Beta-54 light chain
B: Beta-54 heavy chain
C: Beta-54 light chain
E: Spike protein S1
A: Spike protein S1
D: Omi-12 heavy chain
F: Omi-12 light chain
G: Omi-12 heavy chain
I: Omi-12 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,01710
ポリマ－238,01710
非ポリマー00
水0
1
H: Beta-54 heavy chain
L: Beta-54 light chain
E: Spike protein S1
D: Omi-12 heavy chain
F: Omi-12 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0085
ポリマ－119,0085
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-54 heavy chain
C: Beta-54 light chain
A: Spike protein S1
G: Omi-12 heavy chain
I: Omi-12 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0085
ポリマ－119,0085
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.492, 156.014, 122.089
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.274, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "E"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "H"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "L"
d_1ens_4chain "D"
d_2ens_4chain "G"
d_1ens_5(chain "F" and (resid 1 through 163 or resid 165 through 212))
d_2ens_5(chain "I" and (resid 1 through 163 or resid 165 through 212))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRLYSF1 - 187
d_21ens_1THRLYSE1 - 187
d_11ens_2GLNCYSC1 - 229
d_21ens_2GLNCYSA1 - 229
d_11ens_3ASPCYSD1 - 213
d_21ens_3ASPCYSB1 - 213
d_11ens_4GLULYSG1 - 224
d_21ens_4GLULYSI1 - 224
d_11ens_5ALASERH1 - 163
d_12ens_5THRARGH165 - 212
d_21ens_5ALASERJ1 - 163
d_22ens_5THRARGJ165 - 212

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4
ens_5

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.363467536446, 0.471275897535, -0.803610837627), (-0.520071795547, -0.818325591259, -0.244680514482), (-0.772927342916, 0.329001907431, 0.542532088895)-79.2660252108, -19.5388933818, -65.2056602741
2given(-0.32852997839, 0.433446664931, -0.839161511248), (-0.524282581446, -0.822715757629, -0.21969651099), (-0.785618118485, 0.367780873359, 0.497535326484)-75.9038883703, -19.2484549097, -67.7922181646
3given(-0.325453246391, 0.428969838059, -0.842653583894), (-0.520326972865, -0.825354997955, -0.21920074968), (-0.789518857104, 0.367115792887, 0.491819040797)-75.813061712, -18.9622683146, -68.0460818374
4given(-0.335634031832, -0.506381570039, -0.7943094499), (0.47610498004, -0.818783818343, 0.320806961897), (-0.81281845738, -0.270500950729, 0.515902501445)-87.9724763661, 42.8862608047, -33.621272674
5given(-0.321176963034, -0.504660094562, -0.801351076228), (0.463230334297, -0.82176092392, 0.331853343068), (-0.825992140279, -0.264626478031, 0.497704542195)-87.6887239364, 42.8780137167, -33.1673513334

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要素

#1: 抗体 Beta-54 heavy chain


分子量: 24547.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Beta-54 light chain


分子量: 23264.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1 / SARS-CoV-2 Omicron Spike protein


分子量: 23157.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 抗体 Omi-12 heavy chain


分子量: 24514.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Omi-12 light chain


分子量: 23524.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 18% (w/v) PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.3→96 Å / Num. obs: 11809 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.938 / Rmerge(I) obs: 0.508 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 5.325→6.191 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 327 / CC1/2: 0.339 / % possible all: 36.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA1.19_4092データ収集
PHENIX1.19_4092精密化
GDA1.19_4092データ収集
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PS6

7ps6


解像度: 5.32→95.49 Å / SU ML: 0.4162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.7672
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 321 4.94 %
Rwork0.249 6179 -
obs0.2494 6500 50.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 130.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.32→95.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16306 0 0 0 16306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005616714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.693522752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04392544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.27455982
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.00127542214494
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.311348179026
ens_3d_2DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.34421971051
ens_4d_2GX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.479054640241
ens_5d_2HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.396793180051
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5.32-6.710.2793380.2871749X-RAY DIFFRACTION12.22
6.71-95.490.25352830.24545430X-RAY DIFFRACTION87.84
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -42.6285688793 Å / Origin y: 16.8568433499 Å / Origin z: -21.9527909799 Å
111213212223313233
T1.05971635669 Å2-0.15424420323 Å20.0339551291796 Å2-0.601687299308 Å2-0.0432000813468 Å2--0.68772046407 Å2
L1.12620191527 °2-0.348579210208 °20.0541392367454 °2-0.294214972423 °20.0813857636181 °2---0.0307715122992 °2
S-0.0488840999554 Å °0.396548972062 Å °-0.242837404773 Å °0.0777028936308 Å °-0.108698708614 Å °0.0489455291663 Å °-0.0570071028271 Å °0.0066262898888 Å °0.01781255263 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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