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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zeo | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of a hybrid-type G-quadruplex with a snapback loop and an all-syn G-column (hybrid-1R) | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / hybrid G-quadruplex / snapback loop | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ![]() Jana, J. / Vianney, Y.M. / Schroeder, N. / Weisz, K. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Guiding the folding of G-quadruplexes through loop residue interactions. 著者: Jana, J. / Vianney, Y.M. / Schroder, N. / Weisz, K. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 321.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 361.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zekC ![]() 7zemC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6325.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 0.3 mM DNA, 90% H2O/10% D2O / 詳細: 30C, 10 mM potassium phosphate pH 7.0 / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.3 mM / 構成要素: DNA / Isotopic labeling: natural abundance |
試料状態 | 詳細: 30C, 10 mM potassium phosphate pH 7.0 / イオン強度: 10 mM / Label: 1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |