PDB-7ze9: Structure of an AA16 LPMO-like protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ze9

タイトル

Structure of an AA16 LPMO-like protein

要素

Chitin-binding type-4 domain-containing protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Carbohydrate Active Enzyme / Auxillary Activity / LPMO / AA16

機能・相同性

: / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / metal ion binding / ACETATE ION / COPPER (II) ION / Chitin-binding type-4 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thermothelomyces thermophilus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.646 Å

データ登録者

Huang, Z. / Banerjee, S. / Muderspach, S.J. / Sun, P. / van Berkel, W.J.H. / Kabel, M.A. / Lo Leggio, L.

資金援助

デンマーク, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: AA16 Oxidoreductases Boost Cellulose-Active AA9 Lytic Polysaccharide Monooxygenases from Myceliophthora thermophila.
著者: Sun, P. / Huang, Z. / Banerjee, S. / Kadowaki, M.A.S. / Veersma, R.J. / Magri, S. / Hilgers, R. / Muderspach, S.J. / Laurent, C.V.F.P. / Ludwig, R. / Cannella, D. / Lo Leggio, L. / van ...

履歴

登録	2022年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ze9.cif.gz	126.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ze9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ze9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/7ze9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/7ze9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

BBB: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

CCC: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

ヘテロ分子

65.8 kDa, 3 ポリマー
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1

AAA: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
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2

BBB: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.424, 52.154, 88.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.666, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB CCC)

-
タンパク質 , 1種, 3分子 AAABBBCCC

#1: タンパク質	Chitin-binding type-4 domain-containing protein 分子量: 20510.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus (菌類) 株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2306267 / 発現宿主: Thermothelomyces thermophilus (菌類) / 参照: UniProt: G2QH80

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 155分子

#5: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M buffer system 1 (1 M MES/ 1M Imidazole, pH 6.5), 45% EDO_P8K (40% w/v Ethylene glycol, 20% w/v PEG 8000), divalent cations (0.3 M Magnesium Chloride, O.3 M Calcium Chloride)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.646→85.554 Å / Num. obs: 19765 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.65→2.69 Å / Num. unique obs: 978 / CC_1/2: 0.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold model

解像度: 2.646→85.554 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / WR_factor R_free: 0.23 / WR_factor R_work: 0.173 / SU B: 11.827 / SU ML: 0.235 / Average fsc free: 0.9014 / Average fsc work: 0.9184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.742 / ESU R Free: 0.3 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2333	967	4.892 %
R_work	0.1776	18798	-
all	0.18	-	-
obs	-	19765	99.053 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	-0 Å²	-0.471 Å²
2-	-	2.542 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.064 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.646→85.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3815	0	288	152	4255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.66	1.746	5792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.244	1.662	8366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.314	5	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.762	23.676	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.87	15	555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.12	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	843
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.159	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.604	5.222	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.591	5.219	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.345	7.815	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.344	7.817	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.811	5.674	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.81	5.675	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.961	8.365	3347
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.96	8.366	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.813	60.627	4444
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.816	60.637	4437

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.646-2.715	0.334	57	0.309	1397	0.31	1462	0.756	0.796	99.4528	0.294
2.715-2.789	0.31	58	0.267	1368	0.268	1430	0.852	0.858	99.7203	0.253
2.789-2.87	0.295	74	0.233	1304	0.236	1384	0.856	0.885	99.5665	0.218
2.87-2.958	0.292	61	0.223	1269	0.226	1334	0.878	0.895	99.7001	0.205
2.958-3.055	0.324	65	0.228	1232	0.233	1302	0.871	0.889	99.616	0.209
3.055-3.162	0.32	57	0.2	1180	0.206	1239	0.871	0.907	99.8386	0.18
3.162-3.281	0.284	67	0.205	1172	0.21	1243	0.893	0.911	99.6782	0.189
3.281-3.415	0.27	71	0.186	1101	0.191	1178	0.913	0.94	99.4907	0.174
3.415-3.567	0.244	50	0.178	1063	0.181	1119	0.919	0.951	99.4638	0.171
3.567-3.74	0.193	58	0.16	1029	0.162	1093	0.955	0.957	99.451	0.155
3.74-3.942	0.247	46	0.181	963	0.184	1020	0.93	0.949	98.9216	0.173
3.942-4.181	0.255	44	0.156	926	0.161	983	0.937	0.954	98.6775	0.152
4.181-4.469	0.194	55	0.133	833	0.136	919	0.951	0.969	96.6268	0.135
4.469-4.826	0.127	30	0.123	783	0.123	850	0.976	0.973	95.6471	0.128
4.826-5.285	0.22	49	0.131	726	0.136	802	0.948	0.972	96.6334	0.136
5.285-5.905	0.194	33	0.15	674	0.152	709	0.957	0.971	99.7179	0.159
5.905-6.814	0.219	26	0.159	626	0.161	656	0.941	0.966	99.3902	0.165
6.814-8.332	0.27	33	0.158	503	0.164	538	0.917	0.958	99.6283	0.17
8.332-11.727	0.123	22	0.153	408	0.151	435	0.978	0.966	98.8506	0.173
11.727-85.554	0.192	11	0.306	241	0.301	258	0.915	0.902	97.6744	0.352

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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