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万見
- PDB-7ze0: Solution structure of the PulM C-terminal domain from Klebsiella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ze0
タイトルSolution structure of the PulM C-terminal domain from Klebsiella oxytoca
要素Type II secretion system protein M
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Klebsiella oxytoca T2SS GENERAL SECRETION PATHWAY Ferredoxin-like domain
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lopez-Castilla, A. / Bardiaux, B. / Nilges, M. / Francetic, O. / Izadi-Pruneyre, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-14-CE09-0004 フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure and dynamic association of an assembly platform subcomplex of the bacterial type II secretion system.
著者: Dazzoni, R. / Li, Y. / Lopez-Castilla, A. / Brier, S. / Mechaly, A. / Cordier, F. / Haouz, A. / Nilges, M. / Francetic, O. / Bardiaux, B. / Izadi-Pruneyre, N.
履歴
登録2022年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II secretion system protein M
B: Type II secretion system protein M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8762
ポリマ－17,8762
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, mass spectrometry, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Type II secretion system protein M / T2SS protein M / General secretion pathway protein M


分子量: 8938.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The S79 comes from the TEV cleavage / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: DVB85_16620 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B2TA77

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HMQC
131isotropic23D CBCA(CO)NH
1171isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D C(CO)NH
1101isotropic23D HNCO
1181isotropic23D HN(CA)CO
161isotropic23D H(CCO)NH
1121isotropic23D 1H-15N NOESY
1111isotropic23D 1H-13C NOESY
1152isotropic23D 13C/15N-filtered NOESY
1161isotropic22D (HB)CB(CGCD)HD
1191isotropic22D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] PulM, 50 mM Hepes, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O[13C, 15N] PulM 400uM in Hepes 50mM, NaCl 50mMPulM uniform labelled90% H2O/10% D2O
solution2400 uM 50% [13C, 15N] and 50% [12C, 14N] PulM, 50 mM Hepes, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O50%[13C, 15N] and 50%[12C, 14N] PulM 400uM in Hepes 50mM, NaCl 50mMPulM mixed labelled90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMPulM[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMHepesnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
400 uMPulM50% [13C, 15N] and 50% [12C, 14N]2
50 mMHepesnatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: Hepes 50mM pH7, NaCl, 50 mM / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
TopSpinBruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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