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- PDB-7zd2: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa S-adenosyl-L-homocyst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zd2
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase inhibited by Co2+ ions.
要素Adenosylhomocysteinase
キーワードHYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / INHIBITION / METAL BINDING / COBALT
機能・相同性
機能・相同性情報


L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain ...Adenosylhomocysteinase-like / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, conserved site / Adenosylhomocysteinase-like superfamily / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 1. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase signature 2. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / 1,4-BUTANEDIOL / : / HEXANE-1,6-DIOL / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 1,3-PROPANDIOL / Adenosylhomocysteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Malecki, P.H. / Gawel, M. / Brzezinski, K.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreSONATA BIS 2018/30/E/NZ1/00729 ポーランド
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2024
タイトル: A closer look at molecular mechanisms underlying inhibition of S -adenosyl-L-homocysteine hydrolase by transition metal cations.
著者: Gawel, M. / Malecki, P.H. / Sliwiak, J. / Stepniewska, M. / Imiolczyk, B. / Czyrko-Horczak, J. / Jakubczyk, D. / Marczak, L. / Plonska-Brzezinska, M.E. / Brzezinski, K.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylhomocysteinase
B: Adenosylhomocysteinase
C: Adenosylhomocysteinase
D: Adenosylhomocysteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,38439
ポリマ－206,9404
非ポリマー5,44335
水31,1121727
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32940 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area56870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.150, 134.210, 109.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-510-

CL

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase


分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 9種, 1762分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#8: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 % / 解説: 3-D plate
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.02 M 1,6-hexanediol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M (RS)-1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月1日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→29.32 Å / Num. obs: 130661 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.111 % / Biso Wilson estimate: 29.74 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 0.839 / Net I/σ(I): 6.59 / Num. measured all: 406543 / Scaling rejects: 350
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.16-2.213.1160.8011.4129317974694100.6040.96596.6
2.21-2.273.1590.6471.8230124956995360.6850.77999.7
2.27-2.343.1530.5552.1629177927392550.7510.66999.8
2.34-2.413.1750.4732.4928452898189620.8040.56999.8
2.41-2.493.1560.4222.7427489872987090.8490.50999.8
2.49-2.583.170.3663.226724845784290.8680.4499.7
2.58-2.673.1590.3353.4225672814881260.8910.40399.7
2.67-2.783.1670.2564.4124781785978250.9310.30799.6
2.78-2.913.1570.215.1123604751574760.9590.25399.5
2.91-3.053.1570.1835.8622720723371960.9660.2299.5
3.05-3.213.1490.1437.1421445685368110.9790.17299.4
3.21-3.413.1270.1039.6620049646064120.9880.12499.3
3.41-3.643.0890.08211.6118660609660410.9920.09999.1
3.64-3.933.0640.06813.5217344572256610.9940.08198.9
3.93-4.313.0330.05915.5115559523051300.9950.07198.1
4.31-4.822.9970.0541713780473945980.9950.06597
4.82-5.562.9980.0615.311957419939880.9950.07295
5.56-6.812.9350.06214.559665352932930.9950.07593.3
6.81-9.642.7160.04617.696847276325210.9960.05791.2
9.64-29.322.4780.03720.663177155412820.9960.04682.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19.2.4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F3M

6f3m


解像度: 2.16→29.32 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 1045 0.8 %
Rwork0.1799 129518 -
obs0.1803 130563 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.29 Å2 / Biso mean: 37.2308 Å2 / Biso min: 16.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→29.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14208 0 315 1742 16265
Biso mean--34.71 42.04 -
残基数----1844
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.16-2.270.30841480.2606183511849998
2.27-2.410.28671510.22561864518796100
2.41-2.60.28861500.21161869218842100
2.6-2.860.22921510.19921869718848100
2.86-3.270.27511510.187186861883799
3.27-4.120.211500.155185901874099
4.12-29.320.1651440.1492178571800194
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08770.2050.15041.26780.27430.6212-0.02530.0925-0.3525-0.00870.01850.13050.2001-0.11840.00920.2737-0.07250.00610.2254-00.28587.4377-49.796228.8222
21.9780.3283-0.86860.8729-0.07730.3991-0.06260.38980.1696-0.14850.09360.18090.0238-0.0544-0.00740.2794-0.043-0.04040.29370.02660.21266.927-32.943923.8878
31.0629-0.5256-0.10780.9576-0.43360.6708-0.03120.3526-0.066-0.22140.01710.0410.0977-0.07950.01230.2936-0.076-0.03750.3558-0.0230.195417.6435-26.49418.7593
42.00420.10410.30031.6289-0.97713.7817-0.12440.6397-0.3686-0.5909-0.0677-0.22370.46270.02140.14580.4245-0.07180.05190.4104-0.0860.263723.2705-38.13926.3947
50.61490.57980.1271.1639-0.01640.29240.0332-0.14360.0450.2161-0.05980.28780.0472-0.15020.03540.2609-0.05660.04780.2863-0.01070.26171.4738-29.646840.2161
61.37990.683-0.05211.2011-0.11171.1029-0.16040.3418-0.4955-0.26060.1193-0.56110.2240.27480.03550.3357-0.0080.12360.3983-0.12790.512652.0625-39.393315.23
71.23040.6849-0.19512.0071-0.14560.78780.0032-0.1097-0.2360.1727-0.0213-0.29330.05990.10070.01710.21970.0009-0.03670.21890.0230.254338.5364-33.449839.2025
80.6102-0.84120.11051.1377-0.04130.7039-0.33150.5796-0.0301-0.36490.2661-0.8503-0.0410.46550.08060.331-0.08590.19040.5646-0.1170.663561.7822-28.315911.2856
91.0119-0.02230.15121.5342-0.30350.9338-0.02980.44510.0559-0.44420.0947-0.4301-0.20910.2331-0.06840.384-0.0910.09580.41160.00640.292648.2673-10.38478.7374
101.86010.3365-0.30870.70420.00260.4250.01070.03660.3144-0.03870.0361-0.076-0.12810.0865-0.04190.2787-0.0748-0.01130.2398-0.0010.3548.496111.5132.5785
111.1652-0.3148-0.15221.27650.74990.95890.0130.32390.2618-0.3833-0.0164-0.049-0.2517-0.0351-0.00230.355-0.0742-0.00690.33590.09030.265631.38461.895412.3448
120.80720.95220.07881.23740.23650.22020.0043-0.0731-0.13580.04420.041-0.37870.00720.1925-0.03890.2317-0.0426-0.04060.3008-0.00480.350856.7956-7.700336.5034
131.48730.49660.20031.3679-0.00461.0007-0.01650.05240.52810.0079-0.00820.4547-0.2788-0.31910.02040.3230.0598-0.01360.33890.02350.49071.78897.597931.3622
141.10940.42860.17652.07260.20260.5690.0388-0.17390.16680.3058-0.04970.1023-0.0088-0.0610.01960.2511-0.02930.02130.2208-0.03790.192820.9206-5.934546.9189
150.54240.11510.32381.65140.19531.01740.00670.10910.1014-0.1523-0.0580.5249-0.0524-0.33090.06220.2208-0.0172-0.07870.37710.04050.3612-3.3305-9.580720.0115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 165 )A10 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 166 through 215 )A166 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 216 through 350 )A216 - 350
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 351 through 383 )A351 - 383
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 384 through 469 )A384 - 469
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 10 through 215 )B10 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 216 through 383 )B216 - 383
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 384 through 424 )B384 - 424
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 425 through 469 )B425 - 469
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 9 through 215 )C9 - 215
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 216 through 383 )C216 - 383
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 384 through 469 )C384 - 469
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 10 through 215 )D10 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 216 through 383 )D216 - 383
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 384 through 469 )D384 - 469

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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