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- PDB-7zcv: Rgg144 of Streptococcus pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zcv
タイトルRgg144 of Streptococcus pneumoniae
要素Transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / quorum sensing protein / transcription regulator
機能・相同性Transcription activator MutR, C-terminal / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wallis, R. / Girija, U.V. / Yesilkaya, H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2022
タイトル: Structure-function analysis for the development of peptide inhibitors for a Gram-positive quorum sensing system.
著者: Abdullah, I.T. / Ulijasz, A.T. / Girija, U.V. / Tam, S. / Andrew, P. / Hiller, N.L. / Wallis, R. / Yesilkaya, H.
履歴
登録2022年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9722
ポリマ－67,9722
非ポリマー00
水7,386410
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area26100 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.479, 80.871, 106.534
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and resid 5 through 287)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 5 - 287 / Label seq-ID: 5 - 287

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2(chain B and resid 5 through 287)BB

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 33986.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: mutR, ERS021218_00146, ERS096071_01044, SAMEA3381574_00832, SAMEA3389353_01155
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E7KI02
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris propane pH 7.5, containing 200 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate and PEG4K (18-26%)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→32.51 Å / Num. obs: 52047 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 1.031 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5148 / CC1/2: 0.526 / Rpim(I) all: 0.412

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→32.51 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 2565 4.93 %
Rwork0.1885 49481 -
obs0.1898 52046 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.5 Å2 / Biso mean: 44.2349 Å2 / Biso min: 19.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→32.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4732 0 0 410 5142
Biso mean---46.3 -
残基数----568
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2747X-RAY DIFFRACTION7.911TORSIONAL
12B2747X-RAY DIFFRACTION7.911TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9-1.940.34451370.303927322869
1.94-1.980.27811290.281227032832
1.98-2.020.30211410.256927162857
2.02-2.070.28951260.237127062832
2.07-2.120.25231580.227327102868
2.12-2.170.28151210.222627702891
2.17-2.240.24221450.206526832828
2.24-2.310.22651440.205927402884
2.31-2.390.22411480.196627012849
2.39-2.490.24341540.198927042858
2.49-2.60.22451260.200927912917
2.6-2.740.1991350.202127262861
2.74-2.910.23911400.202527572897
2.91-3.140.2381480.194427552903
3.14-3.450.23531790.186427312910
3.45-3.950.16661510.159427862937
3.95-4.970.18371530.150228072960
4.97-32.510.19121300.18229633093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36670.0291-0.10986.4663-0.55381.3734-0.19580.0987-0.5337-0.14540.10220.01450.4038-0.12760.07360.3033-0.05550.10490.337-0.09290.422614.8775-8.51938.0115
24.29041.0105-1.15773.1308-1.85835.10530.06170.64710.4995-0.23760.27230.5238-0.4182-0.3995-0.28350.27050.0079-0.0120.27350.03640.29639.400621.680435.1266
33.35142.11550.58167.78842.68712.7925-0.09980.0184-0.06310.14550.1009-0.21240.0712-0.05620.01580.22870.010.00520.2038-0.00620.177419.497519.59247.1903
45.8397-5.6748-1.84216.89261.2034.84-0.6733-0.6024-0.24440.76680.73380.08780.7110.6554-0.09290.32780.0533-0.05960.3543-0.05030.230129.977620.229252.0346
53.7207-2.0235-0.76167.34983.79413.9866-0.17580.1340.2466-0.32480.2538-0.2692-0.30270.4542-0.08170.2586-0.0744-0.05520.21830.0390.165440.019827.983442.8623
66.2914-3.9871-3.58648.7658.76979.7606-0.0210.09420.3033-0.4787-0.14880.1356-0.3965-0.51250.13260.4375-0.0481-0.1420.37730.13060.336334.361932.248336.9465
75.40782.148-0.35516.01721.18053.459-0.32130.4644-0.3865-0.16360.21710.50750.2059-0.4610.06240.1928-0.080.05850.3121-0.05810.37320.5992-0.444941.8861
85.5879-2.53110.80031.83820.15541.0367-0.1819-0.8252-0.23870.74880.22920.07860.66530.4742-0.02360.62690.16490.00070.56840.02010.36628.6778-7.240752.0063
92.21140.6719-0.41632.90560.98682.0053-0.1514-0.2231-0.05930.08880.1517-0.03360.11370.35380.01450.24480.0781-0.03080.3321-0.05630.191642.0849-3.526835.5195
103.7467-5.0493-4.95948.77514.7149.0310.027-0.3334-0.63110.48790.0938-0.82280.41780.5737-0.13210.4141-0.0671-0.14360.6824-0.11280.588954.75272.674941.9167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 89 )A5 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 152 )A90 - 152
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 153 through 208 )A153 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 209 through 230 )A209 - 230
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 231 through 269 )A231 - 269
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 270 through 287 )A270 - 287
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 58 )B3 - 58
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 59 through 109 )B59 - 109
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 110 through 269 )B110 - 269
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 270 through 287 )B270 - 287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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