+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zcp | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Nitrite-bound MSOX movie series dataset 17 (13.6 MGy) of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS 375 (two-domain) - nitric oxide (NO) intermediate | |||||||||
![]() | Copper-containing nitrite reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Nitrite reductase / Copper nitrite reductase / Copper-containing nitrite reductase / BrNiR / Br2DNiR / nitrite-bound / MSOX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rose, S.L. / Baba, S. / Okumura, H. / Antonyuk, S.V. / Sasaki, D. / Tosha, T. / Kumasaka, T. / Eady, R.R. / Yamamoto, M. / Hasnain, S.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Single crystal spectroscopy and multiple structures from one crystal (MSOX) define catalysis in copper nitrite reductases. 著者: Rose, S.L. / Baba, S. / Okumura, H. / Antonyuk, S.V. / Sasaki, D. / Hedison, T.M. / Shanmugam, M. / Heyes, D.J. / Scrutton, N.S. / Kumasaka, T. / Tosha, T. / Eady, R.R. / Yamamoto, M. / Hasnain, S.S. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 149 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7qxkC ![]() 7qy4C ![]() 7qycC ![]() 7zcnC ![]() 7zcoSC ![]() 7zcqC ![]() 7zcrC ![]() 7zcsC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 38288.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ORS 375 / 遺伝子: nirK, BRAO375_4030011 / プラスミド: PET-26B(+) / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 多糖 |
-非ポリマー , 6種, 548分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NO.gif)
![](data/chem/img/NO2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NO.gif)
![](data/chem/img/NO2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NO / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.8 M (NH4)2SO2 and 50mM HEPES buffer pH 5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→75.65 Å / Num. obs: 112299 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 11.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 5613 / CC1/2: 0.339 / Rpim(I) all: 0.816 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7ZCO 解像度: 1.29→75.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 2.916 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.794 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.29→75.65 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|