ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.19.2-4158 | 精密化 | XDS | | データ削減 | Aimless | 0.7.7データスケーリング | PHASER | 2.8.3位相決定 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WW9 解像度: 1.56→47.73 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.86 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1827 | 2271 | 4.89 % |
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Rwork | 0.1616 | 44128 | - |
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obs | 0.1626 | 46399 | 99.99 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 83.24 Å2 / Biso mean: 27.5227 Å2 / Biso min: 12.9 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.56→47.73 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1907 | 0 | 106 | 159 | 2172 |
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Biso mean | - | - | 18.79 | 34.08 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 251 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 % 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all |
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1.56-1.59 | 0.1622 | 143 | 0.1274 | 2721 | 2864 | 1.59-1.63 | 0.1423 | 129 | 0.1227 | 2716 | 2845 | 1.63-1.67 | 0.1284 | 132 | 0.1097 | 2705 | 2837 | 1.67-1.72 | 0.1444 | 150 | 0.1154 | 2704 | 2854 | 1.72-1.77 | 0.1509 | 119 | 0.1308 | 2738 | 2857 | 1.77-1.82 | 0.1569 | 126 | 0.1265 | 2736 | 2862 | 1.82-1.89 | 0.1831 | 142 | 0.148 | 2716 | 2858 | 1.89-1.97 | 0.1629 | 153 | 0.1552 | 2707 | 2860 | 1.97-2.05 | 0.1711 | 153 | 0.143 | 2721 | 2874 | 2.06-2.16 | 0.1696 | 148 | 0.1585 | 2761 | 2909 | 2.16-2.3 | 0.1887 | 134 | 0.1637 | 2735 | 2869 | 2.3-2.48 | 0.1734 | 147 | 0.1638 | 2763 | 2910 | 2.48-2.73 | 0.2051 | 135 | 0.1625 | 2771 | 2906 | 2.73-3.12 | 0.2151 | 144 | 0.1874 | 2796 | 2940 | 3.12-3.93 | 0.1951 | 147 | 0.1818 | 2846 | 2993 | 3.93-47.73 | 0.1851 | 169 | 0.1665 | 2992 | 3161 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.5324 | 0.4856 | -0.3595 | 0.4714 | -0.3779 | 0.3194 | -0.0568 | 0.2255 | -0.0949 | -0.0907 | 0.0113 | -0.0763 | 0.0505 | 0.0246 | -0.0006 | 0.1748 | 0.0264 | 0.02 | 0.2452 | -0.0162 | 0.187 | 20.5196 | 3.9371 | -12.7517 | 2 | 1.616 | -0.4681 | 0.4467 | 0.9873 | -0.1617 | 0.1524 | 0.0513 | 0.4365 | 0.0525 | -0.2269 | -0.0447 | -0.0507 | 0.0377 | 0.0659 | -0.0021 | 0.1613 | 0.0025 | 0.01 | 0.2531 | 0.0295 | 0.1346 | 12.7032 | 15.3351 | -15.4729 | 3 | 1.2036 | -0.4971 | 0.3219 | 0.9844 | -0.1586 | 0.2938 | 0.1475 | 0.1772 | -0.1796 | -0.26 | 0.0341 | 0.1372 | 0.164 | 0.0131 | 0.0271 | 0.2263 | 0.001 | -0.0592 | 0.203 | -0.0324 | 0.1924 | -0.2384 | 3.655 | -15.8781 | 4 | 0.849 | -0.1555 | -0.0486 | 1.0141 | -0.6076 | 0.3956 | 0.0547 | 0.1958 | -0.3619 | -0.2317 | 0.0614 | 0.0111 | 0.1859 | 0.0982 | -0.0041 | 0.2753 | 0.0158 | -0.0327 | 0.2103 | -0.0696 | 0.2254 | 13.0198 | -5.4389 | -12.8279 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 2 through 34 )A2 - 34 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 35 through 118 )A35 - 118 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 119 through 202 )A119 - 202 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 203 through 252 )A203 - 252 | | | | | | | | |
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