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- PDB-7zbh: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH (BB0789) from Borrelia bu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zbh
タイトルATP-dependent zinc metalloprotease FtsH (BB0789) from Borrelia burgdorferi
要素ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
キーワードHYDROLASE / Lyme disease / borreliosis / metalloprotease.
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / cell division / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M41 / Peptidase M41, FtsH extracellular / FtsH Extracellular / Peptidase, FtsH / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain ...Peptidase M41 / Peptidase M41, FtsH extracellular / FtsH Extracellular / Peptidase, FtsH / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
類似検索 - 構成要素
生物種Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Brangulis, K.
資金援助 Latvia, 1件
組織認可番号国
Other governmentlzp-2020/2-0378 Latvia
引用ジャーナル: To be published
タイトル: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH (BB0789) from Borrelia burgdorferi
著者: Brangulis, K.
履歴
登録2022年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
B: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
D: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
F: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
I: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
K: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,47818
ポリマ－299,5226
非ポリマー2,95612
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23140 Å2
ΔGint-306 kcal/mol
Surface area94060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)153.810, 192.800, 114.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22D
13A
23F
14A
24I
15A
25K
16B
26D
17B
27F
18B
28I
19B
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110D
210F
111D
211I
112D
212K
113F
213I
114F
214K
115I
215K

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 169 - 603 / Label seq-ID: 8 - 442

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22DC
13AA
23FD
14AA
24IE
15AA
25KF
16BB
26DC
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27FD
18BB
28IE
19BB
29KF
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210FD
111DC
211IE
112DC
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113FD
213IE
114FD
214KF
115IE
215KF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
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11
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15

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH


分子量: 49920.395 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: ftsH, BB_0789 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O51729, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate 0.1 M Tris pH 8.5 28% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→96.75 Å / Num. obs: 40345 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4585 / CC1/2: 0.898

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→96.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.73 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3316 2048 5.1 %RANDOM
Rwork0.2788 ---
obs0.2814 38297 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 314.61 Å2 / Biso mean: 118.828 Å2 / Biso min: 46.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.07 Å2-0 Å2-1.45 Å2
2--4.45 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→96.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16228 0 0 0 16228
残基数----2210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01316418
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.01615691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.62922118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4031.58335998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.72152163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60723.082691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.013152720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2071577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.22253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.023334
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A110460.1
12B110460.1
21A111000.11
22D111000.11
31A110540.1
32F110540.1
41A110130.11
42I110130.11
51A110820.11
52K110820.11
61B110830.1
62D110830.1
71B111750.1
72F111750.1
81B110970.11
82I110970.11
91B112050.1
92K112050.1
101D111670.09
102F111670.09
111D110910.11
112I110910.11
121D111700.1
122K111700.1
131F111900.1
132I111900.1
141F112610.1
142K112610.1
151I112360.11
152K112360.11
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 152 -
Rwork0.359 2833 -
all-2985 -
obs--98.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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