PDB-7zbg: Human Topoisomerase II Beta ATPase ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zbg

タイトル

Human Topoisomerase II Beta ATPase ADP

要素

DNA topoisomerase 2-beta

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA Topoisomerase II Beta / Human / ATPase Domain / TOP2B

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / cellular response to ATP / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / ribonucleoprotein complex binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ling, E.M. / Basle, A. / Cowell, I.G. / Blower, T.R. / Austin, C.A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: A comprehensive structural analysis of the ATPase domain of human DNA topoisomerase II beta bound to AMPPNP, ADP, and the bisdioxopiperazine, ICRF193.
著者: Ling, E.M. / Basle, A. / Cowell, I.G. / van den Berg, B. / Blower, T.R. / Austin, C.A.

履歴

登録	2022年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zbg.cif.gz	162.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zbg.ent.gz	121.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zbg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zbg_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zbg_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7zbg_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	7zbg_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/7zbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/7zbg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qfnC 7qfoSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (21) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (2) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (21)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (6)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (2)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA topoisomerase 2-beta

ヘテロ分子

46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA topoisomerase 2-beta

ヘテロ分子

A: DNA topoisomerase 2-beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.400, 103.400, 67.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-649- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	DNA topoisomerase 2-beta / DNA topoisomerase II / beta isozyme 分子量: 45665.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP2B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q02880, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

-
非ポリマー , 5種, 57分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ITH / 4-[(2S,3R)-3-[3,5-bis(oxidanylidene)piperazin-1-ium-1-yl]butan-2-yl]piperazin-4-ium-2,6-dione 分子量: 284.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M bis tris (pH 5.5), 25 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→53.714 Å / Num. obs: 18666 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.2 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1821 / CC_1/2: 0.565

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0326	精密化
xia2		データ削減
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
MolProbity		モデル構築
pointless		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7QFO

7qfo

解像度: 2.3→53.714 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 8.481 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.252 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2593	983	5.268 %
R_work	0.1972	17678	-
all	0.201	-	-
obs	-	18661	99.727 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.456 Å²	0.228 Å²	0 Å²
2-	-	0.456 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.479 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→53.714 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2909	0	68	50	3027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.82	1.638	4111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.587	1.573	6656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.326	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.198	22.727	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.17	10.189	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.43	10	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	684
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.063	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.295	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.542	4.079	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.527	4.076	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.393	6.106	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.392	6.108	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.763	4.599	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.761	4.599	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.108	6.639	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.106	6.639	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.59	50.65	3276
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.554	50.754	3274

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.245	60	0.252	1304	0.252	1364	0.946	0.954	100	0.24
2.36-2.424	0.271	63	0.219	1258	0.221	1321	0.941	0.965	100	0.198
2.424-2.494	0.327	68	0.234	1227	0.239	1295	0.919	0.961	100	0.209
2.494-2.571	0.275	67	0.208	1192	0.212	1259	0.953	0.971	100	0.182
2.571-2.655	0.305	43	0.227	1165	0.23	1208	0.934	0.965	100	0.196
2.655-2.748	0.285	36	0.254	1139	0.255	1178	0.935	0.952	99.7453	0.226
2.748-2.851	0.293	76	0.206	1073	0.211	1149	0.944	0.973	100	0.175
2.851-2.968	0.335	58	0.196	1030	0.204	1088	0.926	0.976	100	0.168
2.968-3.099	0.27	61	0.186	1010	0.191	1071	0.948	0.977	100	0.159
3.099-3.25	0.251	69	0.18	938	0.185	1007	0.961	0.979	100	0.157
3.25-3.425	0.279	39	0.204	926	0.207	970	0.945	0.974	99.4845	0.178
3.425-3.632	0.24	60	0.201	843	0.203	906	0.967	0.977	99.6689	0.176
3.632-3.881	0.24	50	0.201	786	0.204	855	0.963	0.976	97.7778	0.174
3.881-4.19	0.226	52	0.171	752	0.175	821	0.972	0.981	97.9294	0.15
4.19-4.587	0.222	43	0.147	690	0.151	733	0.973	0.987	100	0.138
4.587-5.124	0.221	35	0.162	663	0.165	698	0.975	0.986	100	0.155
5.124-5.908	0.313	31	0.201	562	0.207	593	0.945	0.981	100	0.189
5.908-7.214	0.212	26	0.172	497	0.174	523	0.975	0.983	100	0.161
7.214-10.111	0.202	24	0.198	389	0.198	413	0.975	0.979	100	0.198
10.111-53.714	0.356	22	0.263	234	0.269	258	0.944	0.962	99.2248	0.284

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 57分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 57分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 57分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)