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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zas | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of cleaved Iripin-4 serpin from tick Ixodes ricinus | |||||||||
要素 | (Iripin-4 serpin) x 2 | |||||||||
キーワード | IMMUNOSUPPRESSANT (免疫抑制剤) / Ixodes ricinus / Iripin-4 / Crystal (結晶) / Cleaved conformation / Serpin (セルピン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of peptidase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Ixodes ricinus (ダニ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kascakova, B. / Kuta Smatanova, I. / Chmelar, J. / Prudnikova, T. | |||||||||
資金援助 | European Union, チェコ, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Conformational transition of the Ixodes ricinus salivary serpin Iripin-4. 著者: Kascakova, B. / Kotal, J. / Havlickova, P. / Vopatkova, V. / Prudnikova, T. / Grinkevich, P. / Kuty, M. / Chmelar, J. / Kuta Smatanova, I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zas.cif.gz | 327.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zas.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7zas.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7zas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7zas | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7zbfC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37855.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ixodes ricinus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K8RJV9 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4151.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ixodes ricinus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K8RJV9 #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-Tris, 25 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.42 Å / Num. obs: 91690 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.92 % / Biso Wilson estimate: 33.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Num. unique obs: 14692 / CC1/2: 0.773 / % possible all: 98.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.512
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MrBUMP 解像度: 2→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.983 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.2259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.4 Å2 / Biso mean: 26.222 Å2 / Biso min: 3.91 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→46.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.049 Å / Rfactor Rfree error: 0
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