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- PDB-7zao: Structure of BPP43_05035 of Brachyspira pilosicoli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zao
タイトルStructure of BPP43_05035 of Brachyspira pilosicoli
要素Sialidase (Neuraminidase) family protein-like protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / bacterial membrane protein / adhesion-molecule
機能・相同性Sialidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / Sialidase (Neuraminidase) family protein-like protein
機能・相同性情報
生物種Brachyspira pilosicoli (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rajan, A. / Gallego, P. / Pelaseyed, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Wenner-Gren Foundation 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: BPP43_05035 is a Brachyspira pilosicoli cell surface adhesin that weakens the integrity of the epithelial barrier during infection
著者: Rajan, A. / Gallego, P. / Dolan, B. / Patel, P. / Dwibedi, C. / Luis, A.S. / Trillo-Muyo, S. / Arike, L. / van der Post, S. / Simren, M. / Pelaseyed, T.
履歴
登録2022年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Sialidase (Neuraminidase) family protein-like protein
B: Sialidase (Neuraminidase) family protein-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6166
ポリマ－98,5182
非ポリマー974
水5,368298
1
A: Sialidase (Neuraminidase) family protein-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3083
ポリマ－49,2591
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sialidase (Neuraminidase) family protein-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3083
ポリマ－49,2591
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.907, 101.358, 154.974
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 26 through 188 or resid 190 through 454 or resid 501 through 502))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 26 through 188 or resid 190 through 454 or resid 501 through 502))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASNASNILEILEAA26 - 18826 - 188
d_12TRPTRPTYRTYRAA190 - 454190 - 454
d_13MGMGMGMGAC - D501 - 502
d_21ASNASNILEILEBB26 - 18826 - 188
d_22TRPTRPTYRTYRBB190 - 454190 - 454
d_23MGMGMGMGBE - F501 - 502

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要素

#1: タンパク質 Sialidase (Neuraminidase) family protein-like protein


分子量: 49259.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brachyspira pilosicoli (バクテリア)
遺伝子: BPP43_05035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3B6VYW6
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris buffer pH 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.17 Å / Num. obs: 60457 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.46 Å2 / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.549 / Num. unique obs: 740 / CC1/2: 0.528

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→48.17 Å / SU ML: 0.2982 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6146
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2232 3033 5.02 %
Rwork0.1827 57378 -
obs0.1847 60411 97.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6414 0 4 298 6716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00936554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16928876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0701972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00751170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7519918
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.517600270139 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.35271170.29072385X-RAY DIFFRACTION89.97
2.23-2.270.32371330.28672479X-RAY DIFFRACTION93.35
2.27-2.310.35121390.25852577X-RAY DIFFRACTION96.86
2.31-2.350.30881280.23982589X-RAY DIFFRACTION98.48
2.35-2.40.32011350.22742654X-RAY DIFFRACTION99.15
2.4-2.450.27021370.22512613X-RAY DIFFRACTION99.06
2.45-2.50.25271450.21192628X-RAY DIFFRACTION98.65
2.5-2.560.27241230.21862631X-RAY DIFFRACTION98.78
2.56-2.620.27191420.21092631X-RAY DIFFRACTION98.89
2.62-2.690.27271380.21432616X-RAY DIFFRACTION98.53
2.69-2.770.28891420.22442629X-RAY DIFFRACTION98.05
2.77-2.860.26691290.21922635X-RAY DIFFRACTION98.19
2.86-2.960.24391280.20432637X-RAY DIFFRACTION97.95
2.96-3.080.26511440.20282604X-RAY DIFFRACTION97.65
3.08-3.220.22471510.19242596X-RAY DIFFRACTION97.86
3.22-3.390.23551270.19472645X-RAY DIFFRACTION97.81
3.39-3.60.21451620.18352620X-RAY DIFFRACTION97.65
3.6-3.880.21181590.15782591X-RAY DIFFRACTION96.69
3.88-4.270.1621410.14562619X-RAY DIFFRACTION96.44
4.27-4.890.13731220.12032637X-RAY DIFFRACTION96.17
4.89-6.160.15951570.13382626X-RAY DIFFRACTION95.5
6.16-48.170.19421340.15752736X-RAY DIFFRACTION93.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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