PDB-7zal: FNIP family proteins from Cafeteria roenbergensis virus (CroV): l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zal

タイトル

FNIP family proteins from Cafeteria roenbergensis virus (CroV): leucine-rich repeats with novel structural features

要素

Crov539

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / FNIP IP22 LRR

機能・相同性

FNIP / : / FNIP Repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / FNIP repeat-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Cafeteria roenbergensis virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.732 Å

データ登録者

Huyton, T. / Goerlich, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of FNIP/FGxxFN motif-containing leucine-rich repeat proteins.
著者: Huyton, T. / Jaiswal, M. / Taxer, W. / Fischer, M. / Gorlich, D.

履歴

登録	2022年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zal.cif.gz	681.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zal.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zal_validation.pdf.gz	461.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zal_full_validation.pdf.gz	477.1 KB	表示
XML形式データ	7zal_validation.xml.gz	60.6 KB	表示
CIF形式データ	7zal_validation.cif.gz	83.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7zal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/7zal	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nyr 6nys
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Crov539

BBB: Crov539

CCC: Crov539

DDD: Crov539

EEE: Crov539

FFF: Crov539

205 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Crov539

EEE: Crov539

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Crov539

CCC: Crov539

登録者が定義した集合体
68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

DDD: Crov539

FFF: Crov539

登録者が定義した集合体
68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.012, 113.453, 236.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CCC
2	1	BBB
3	1	DDD
4	1	AAA
5	1	EEE
6	1	FFF

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 40 - 250 / Label seq-ID: 42 - 252

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	CCC	C
2	2	BBB	B
3	3	DDD	D
4	4	AAA	A
5	5	EEE	E
6	6	FFF	F

NCSアンサンブル: (詳細: Global NCS restraints between domains: 1 2 3 4 5 6)

#1: タンパク質	Crov539 分子量: 34087.035 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cafeteria roenbergensis virus (ウイルス) 株: BV-PW1 / 遺伝子: crov539 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3T5W0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: rods
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-TRIS pH 6.5, 10% PEG10,000, 0.2M Potassium Sodium Tartrate tetrahydrate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→49.46 Å / Num. obs: 999128 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.73→2.79 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 57315 / CC_1/2: 0.44 / R_pim(I) all: 0.788 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 2.732→49.439 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 37.395 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.753 / ESU R Free: 0.344 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2666	3577	4.931 %
R_work	0.2197	68959	-
all	0.222	-	-
obs	-	72536	99.662 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.209 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.787 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-9.174 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.613 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.732→49.439 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14496	0	0	304	14800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	14934
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	14196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.112	1.643	20382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.249	1.572	32856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.271	5	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.581	25.826	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.268	15	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.531	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	16542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.169	0.2	2637
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	13698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	7172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	7046
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.38	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.34	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.302	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.638	4.581	7002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.638	4.581	7001
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.152	6.872	8742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.152	6.872	8743
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.437	4.631	7931
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.437	4.631	7932
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.815	6.925	11640
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.815	6.925	11641
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.991	86.137	58183
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.957	86.053	58116

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: loose positional; loose thermal / Weight B_iso : 10 / Weight position: 5

Dom-ID	Auth asym-ID	Rms dev B_iso (Å²)	Rms dev position (Å)
1	CCC	14.45607	0.61698
2	BBB	3.35635	0.74988
3	DDD	5.09335	0.75031
4	AAA	11.14123	0.67554
5	EEE	11.20079	0.71189
6	FFF	17.48992	0.86597

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.732-2.803	0.374	234	0.36	4858	X-RAY DIFFRACTION	95.8043
2.803-2.879	0.375	250	0.354	4925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.879-2.963	0.346	225	0.352	4786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.963-3.054	0.38	262	0.324	4653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.054-3.154	0.329	231	0.303	4546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.154-3.265	0.317	214	0.294	4375	X-RAY DIFFRACTION	100
3.265-3.388	0.285	213	0.26	4216	X-RAY DIFFRACTION	100
3.388-3.526	0.298	219	0.247	4065	X-RAY DIFFRACTION	99.9767
3.526-3.683	0.32	202	0.247	3906	X-RAY DIFFRACTION	100
3.683-3.862	0.299	198	0.229	3746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.862-4.071	0.284	193	0.22	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
4.071-4.317	0.246	169	0.197	3365	X-RAY DIFFRACTION	100
4.317-4.615	0.234	199	0.179	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
4.615-4.984	0.167	165	0.163	2942	X-RAY DIFFRACTION	99.9678
4.984-5.459	0.219	142	0.172	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
5.459-6.102	0.273	115	0.191	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
6.102-7.042	0.277	118	0.2	2212	X-RAY DIFFRACTION	100
7.042-8.617	0.337	97	0.23	1907	X-RAY DIFFRACTION	100
8.617-12.155	0.17	89	0.16	1500	X-RAY DIFFRACTION	100
12.155-49.43	0.248	42	0.184	890	X-RAY DIFFRACTION	97.7964

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2242	-0.5522	-0.4174	1.7269	1.0525	3.2082	0.2098	0.0906	0.0292	-0.2014	-0.0628	-0.2625	-0.0715	0.3791	-0.147	0.0452	0.0296	0.031	0.6457	0.023	0.286	3.515	52.662	62.181
2	1.3339	1.7204	1.3138	3.6724	1.9798	2.3523	-0.235	-0.0437	0.7688	-0.5909	-0.2402	0.7849	-0.1797	-0.1223	0.4752	0.1135	0.0817	-0.108	0.7138	0.0687	0.6209	29.959	51.823	26.727
3	0.8603	0.6824	-0.5357	1.6826	-1.0443	2.9921	0.0001	-0.032	-0.1747	-0.1541	-0.1662	-0.2545	-0.066	0.3172	0.1661	0.0319	0.0382	0.0213	0.7645	0.0145	0.2782	21.193	1.428	30.38
4	0.903	0.7814	0.705	2.0469	2.0192	4.9762	0.3915	-0.0094	0.0964	0.4904	0.0802	-0.1138	0.4134	0.4141	-0.4717	0.1881	0.0256	-0.0003	0.7661	-0.0298	0.5866	51.884	57.994	54.594
5	0.7561	1.3186	0.7898	3.6362	1.7943	2.2212	-0.0168	-0.0009	-0.1642	0.0204	0.1184	-0.4195	0.2585	0.1039	-0.1016	0.1021	0.0587	-0.0589	0.7671	0.0349	0.2161	22.787	10.952	97.514
6	1.155	1.5355	-0.9889	5.5407	-1.5455	0.967	0.2008	0.0079	0.445	-0.1133	0.2178	0.9223	-0.2985	0.072	-0.4187	0.3514	-0.0571	-0.0402	0.7505	-0.0322	0.3861	24.698	46.686	97.411

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	-1 - 290
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	-1 - 290
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	-1 - 290
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	-1 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EEE	-1 - 290
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FFF	-1 - 290

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)