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- PDB-7z9d: Deinococcus radiodurans BphP PAS-GAF H260A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z9d
タイトルDeinococcus radiodurans BphP PAS-GAF H260A mutant
要素Bacteriophytochrome
キーワードTRANSFERASE / KINASE / PHOTOSENSOR / PHYTOCHROME
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...: / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-LBV / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Takala, H.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland285461, 330678 フィンランド
引用ジャーナル: Photochem Photobiol Sci / 年: 2022
タイトル: Conserved histidine and tyrosine determine spectral responses through the water network in Deinococcus radiodurans phytochrome.
著者: Lehtivuori, H. / Rumfeldt, J. / Mustalahti, S. / Kurkinen, S. / Takala, H.
履歴
登録2022年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0436
ポリマ－37,1621
非ポリマー8815
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14560 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)93.930, 54.390, 70.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein


分子量: 37162.387 Da / 分子数: 1 / 変異: H260A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: bphP, DR_A0050 / プラスミド: pET21B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.95
詳細: sodium acetate, PEG 400, DTT, 2-methyl-2,4-pentanediol
Temp details: cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→19.91 Å / Num. obs: 28767 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.871 % / Biso Wilson estimate: 34.482 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 0.813 / Net I/σ(I): 7.38 / Num. measured all: 140132 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.88-1.934.6371.6830.679385208420240.3241.89797.1
1.93-24.9411.3970.9113804279527940.4121.563100
2-2.25.0110.831.7429795596059460.6870.92799.8
2.2-2.54.9550.4483.2528431575557380.8870.50299.7
2.5-34.8310.2086.625008522151770.970.23499.2
3-44.5790.0815.3718376414340130.9950.0996.9
4-65.0650.0525.8210980217421680.9980.05699.7
6-104.8920.04428.5335477287250.9980.0599.6
10-19.914.4290.02737.158062131820.9990.03185.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.88 Å19.91 Å
Translation1.88 Å19.91 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSJun 1, 2017データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2O9C

2o9c


解像度: 1.88→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.622 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.1481 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1439 5 %RANDOM
Rwork0.1873 ---
obs0.1892 27327 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.82 Å2 / Biso mean: 36.495 Å2 / Biso min: 21.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å2-0 Å2-1.48 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2352 0 63 265 2680
Biso mean--36.06 44.89 -
残基数----309
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0132567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0152461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.6753524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2111.5785653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.045324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48821.157121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81615384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1561519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02562
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.928 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 102 -
Rwork0.423 1936 -
all-2038 -
obs--97.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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