+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z98 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of F191M variant Variovorax paradoxus indole monooxygenase (VpIndA1) in complex with methyl phenyl sulfide | ||||||
要素 | Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FAD-dependent monooxygenase / styrene monooxygenase / StyA1 / IMO | ||||||
機能・相同性 | Styrene monooxygenase StyA, putative substrate binding domain / Styrene monooxygenase A putative substrate binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / (methylsulfanyl)benzene / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative dehydrogenase/oxygenase subunit (Flavoprotein) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Variovorax paradoxus EPS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Kratky, J. / Weisse, R. / Strater, N. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023 タイトル: Structural and Mechanistic Studies on Substrate and Stereoselectivity of the Indole Monooxygenase VpIndA1: New Avenues for Biocatalytic Epoxidations and Sulfoxidations. 著者: Kratky, J. / Eggerichs, D. / Heine, T. / Hofmann, S. / Sowa, P. / Weisse, R.H. / Tischler, D. / Strater, N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z98.cif.gz | 174.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7z98.ent.gz | 136.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z98.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7z98_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7z98_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7z98_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7z98_validation.cif.gz | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/7z98 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47308.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Variovorax paradoxus EPS (バクテリア) 株: EPS / 遺伝子: Varpa_4903 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6V140 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-16R / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100 mM Na-acetate pH 5, 1400 mM Na-malonate, 1 mM DTT, 3 mM FAD, 1 mM methyl phenyl sulfide, cryo: 15 % (v/v) ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.73→47.24 Å / Num. obs: 59530 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 514810 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 7z4x 解像度: 1.73→45.93 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.52 Å2 / Biso mean: 37.6668 Å2 / Biso min: 18.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.73→45.93 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
|