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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z8e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the substrate-binding protein YejA from S. meliloti in complex with peptide fragment | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Peptide transporter | ||||||
機能・相同性 | Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / ABC transporter substrate-binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sinorhizobium meliloti (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Morera, S. / Vigouroux, V. / Travin, D.Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2023 タイトル: Dual-Uptake Mode of the Antibiotic Phazolicin Prevents Resistance Acquisition by Gram-Negative Bacteria. 著者: Travin, D.Y. / Jouan, R. / Vigouroux, A. / Inaba-Inoue, S. / Lachat, J. / Haq, F. / Timchenko, T. / Sutormin, D. / Dubiley, S. / Beis, K. / Morera, S. / Severinov, K. / Mergaert, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7z8e.cif.gz | 263 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7z8e.ent.gz | 207.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7z8e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/7z8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/7z8e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5icqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 69521.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) 遺伝子: CDO24_03695, CN211_22115, GHK53_10045, GHK55_21585 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A222JNH8 |
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-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BD
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 447.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: This is a fortuitous ligand of SmYejA originating from protein degradation or E.coli peptides 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 192.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This is a fortuitous ligang of YejA / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 4種, 595分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 14% PEG 8K, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→65.35 Å / Num. obs: 86259 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.67 Å / Rmerge(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 4780 / CC1/2: 0.54 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ICQ 解像度: 1.58→65.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU R Cruickshank DPI: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Blow DPI: 0.094 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.091
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原子変位パラメータ | Biso max: 117.66 Å2 / Biso mean: 26.33 Å2 / Biso min: 11.93 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.58→65.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.58→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -6.1444 Å / Origin y: -9.6429 Å / Origin z: 17.2749 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |