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万見
- PDB-7z8e: Crystal structure of the substrate-binding protein YejA from S. m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z8e
タイトルCrystal structure of the substrate-binding protein YejA from S. meliloti in complex with peptide fragment
要素
  • ABC transporter substrate-binding protein
  • GLY-SER-ASP-VAL-ALA
  • SER-SER
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Peptide transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, V. / Travin, D.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Dual-Uptake Mode of the Antibiotic Phazolicin Prevents Resistance Acquisition by Gram-Negative Bacteria.
著者: Travin, D.Y. / Jouan, R. / Vigouroux, A. / Inaba-Inoue, S. / Lachat, J. / Haq, F. / Timchenko, T. / Sutormin, D. / Dubiley, S. / Beis, K. / Morera, S. / Severinov, K. / Mergaert, P.
履歴
登録2022年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter substrate-binding protein
B: GLY-SER-ASP-VAL-ALA
D: SER-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,78410
ポリマ－70,1613
非ポリマー6237
水10,593588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area25150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)59.900, 73.770, 140.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 69521.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
遺伝子: CDO24_03695, CN211_22115, GHK53_10045, GHK55_21585
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A222JNH8

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質・ペプチド GLY-SER-ASP-VAL-ALA


分子量: 447.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This is a fortuitous ligand of SmYejA originating from protein degradation or E.coli peptides
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド SER-SER


分子量: 192.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This is a fortuitous ligang of YejA / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 595分子

#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 14% PEG 8K, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→65.35 Å / Num. obs: 86259 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / Rmerge(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 4780 / CC1/2: 0.54

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ICQ

5icq


解像度: 1.58→65.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU R Cruickshank DPI: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Blow DPI: 0.094 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.091
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 3629 4.92 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.17 73828 85.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 117.66 Å2 / Biso mean: 26.33 Å2 / Biso min: 11.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7544 Å20 Å20 Å2
2---0.3101 Å20 Å2
3----0.4443 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→65.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4808 0 51 588 5447
Biso mean--45.25 35.55 -
残基数----595
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1734SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes867HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5002HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion619SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6030SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5002HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6775HARMONIC20.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.92
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 76 5.15 %
Rwork0.2221 1401 -
all0.2242 1477 -
obs--14.16 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.1444 Å / Origin y: -9.6429 Å / Origin z: 17.2749 Å
111213212223313233
T-0.0801 Å20.0178 Å2-0.0035 Å2--0.0908 Å2-0.0001 Å2---0.1001 Å2
L0.4182 °20.0968 °2-0.0668 °2-0.3001 °2-0.0925 °2--0.4529 °2
S0.005 Å °-0.0105 Å °0.0321 Å °0.0418 Å °0.0007 Å °0.0255 Å °-0.0513 Å °-0.0066 Å °-0.0056 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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