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- PDB-7z8d: Structure of Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Spha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z8d
タイトルStructure of Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV by fixed-target serial synchrotron crystallography (room temperature, 26keV)
要素(Reaction center protein ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosynthetic reaction center / bacteriochlorophyll / Rhodobacter sphaeroides / serial crystallography / mesophase crystallization / lipid sponge phase / lipid cubic phase / spheroidene / ubiquinone
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / photosynthesis, light reaction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / DODECANE / : / PENTADECANE / Chem-NKP / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / SPEROIDENONE / UBIQUINONE-10 ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / DODECANE / : / PENTADECANE / Chem-NKP / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / SPEROIDENONE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A.G. / Selikhanov, G.K. / Guenther, S. / Petrova, T. / Meents, A. / Fufina, T.Y. / Vasilieva, L.G.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research18-02-40008_mega ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Photosynthetic Reaction Center From Rhodobacter Sphaeroides strain RV by fixed-target serial synchrotron crystallography (room temperature, 26keV)
著者: Gabdulkhakov, A.G. / Selikhanov, G.K. / Guenther, S. / Meents, A. / Fufina, T.Y. / Vasilieva, L.G.
履歴
登録2022年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Reaction center protein H chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,55625
ポリマ－91,5313
非ポリマー10,02522
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37550 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area29170 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)102.500, 102.500, 237.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 26284.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
遺伝子: puhA
発現宿主: Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
株 (発現宿主): RV / 参照: UniProt: P0C0Y7
#2: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31360.416 Da / 分子数: 1 / Mutation: S178T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
遺伝子: pufL
発現宿主: Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
参照: UniProt: P0C0Y8
#3: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 33885.922 Da / 分子数: 1 / Mutation: S8T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
遺伝子: pufM
発現宿主: Cereibacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
株 (発現宿主): RV / 参照: UniProt: P0C0Y9

-
非ポリマー , 13種, 201分子

#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE


分子量: 229.402 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE


分子量: 170.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#8: 化合物 ChemComp-MYS / PENTADECANE


分子量: 212.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#9: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#10: 化合物 ChemComp-NKP / (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate / 18:1 LPA / oleoyl lysophosphatidic acid


分子量: 436.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41O7P
#11: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-SPN / SPEROIDENONE


分子量: 594.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H70O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#15: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: small tubes
詳細: 1-mono-oleyl-rac-glycerol (MO), 1,2,3-heptanetriol, Jeffamine M600, N,N-dimethyldodecylamine-N-oxide (LDAO)

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.4769 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.4769 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 70474 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 38.14 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 10.06
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 5099 / CC1/2: 0.54 / Rrim(I) all: 1.9 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: Roadruner / Sample holding: silicon chip

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6z1j

6z1j


解像度: 2.14→47.05 Å / SU ML: 0.2604 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.7241
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2133 3542 5.03 %
Rwork0.1792 66932 -
obs0.1809 70474 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→47.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6487 0 712 179 7378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00737762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.953410620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04981060
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00811307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.09512752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.170.35891490.34622571X-RAY DIFFRACTION99.13
2.17-2.20.29021440.29572623X-RAY DIFFRACTION99.78
2.2-2.230.29611490.26742655X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.270.29041230.26052652X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.310.33991300.25932617X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.340.2831340.24152654X-RAY DIFFRACTION99.96
2.34-2.390.28361410.23212669X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.430.28921390.22312611X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.480.28311240.22492665X-RAY DIFFRACTION99.96
2.48-2.540.2431420.22382656X-RAY DIFFRACTION99.96
2.54-2.60.25341460.21112648X-RAY DIFFRACTION99.96
2.6-2.660.25271470.20052656X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.730.2451180.18372671X-RAY DIFFRACTION99.93
2.73-2.810.20131370.16832655X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.90.18071470.16642679X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.010.21541320.15642673X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.130.21611640.16412648X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.270.21511410.15992684X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.440.19241580.1452687X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.660.1441560.14472689X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.940.17961530.14082698X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.340.19171480.14922708X-RAY DIFFRACTION100
4.34-4.960.18751330.15432767X-RAY DIFFRACTION99.97
4.97-6.250.21521440.18622787X-RAY DIFFRACTION100
6.25-47.050.19581430.1842909X-RAY DIFFRACTION97.48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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