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万見
- PDB-7z7y: REP-related Chom18 variant with double GT mismatch -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z7y
タイトルREP-related Chom18 variant with double GT mismatch
要素Chom18-GT DNA
キーワードDNA / Mismatch / Non-canonical / Base pair / Double helix
機能・相同性STRONTIUM ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Cardiobacterium hominis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Svoboda, J. / Schneider, B. / Berdar, D. / Kolenko, P.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicD_1292120577 チェコ
Czech Academy of SciencesRVO 86652036 チェコ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Conformation-based refinement of 18-mer DNA structures.
著者: Svoboda, J. / Berdar, D. / Kolenko, P. / Cerny, J. / Novakova, Z. / Pavlicek, J. / Schneider, B.
履歴
登録2022年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chom18-GT DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7103
ポリマ－5,5351
非ポリマー1752
水00
1
A: Chom18-GT DNA
ヘテロ分子

A: Chom18-GT DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4206
ポリマ－11,0692
非ポリマー3504
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area6010 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.695, 37.695, 89.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 Chom18-GT DNA


分子量: 5534.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cardiobacterium hominis (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Natrix crystallization screen (Hampton Research) precipitant 16-20% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol buffer 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate salt 0.08 M Magnezium chloride hexahydrate 0.04 M ...詳細: Natrix crystallization screen (Hampton Research) precipitant 16-20% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol buffer 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate salt 0.08 M Magnezium chloride hexahydrate 0.04 M Strontium chloride hexahydrate additive 0.01 M spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月12日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.86 Å / Num. obs: 2556 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.2 % / Biso Wilson estimate: 83.56 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.009 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 1.19 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / 冗長度: 25.5 % / Rmerge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 288 / CC1/2: 0.908 / Rpim(I) all: 0.235 / Rrim(I) all: 1.214 / Χ2: 1.64 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ROS

6ros


解像度: 2.7→34.75 Å / SU ML: 0.4606 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.3545
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3193 114 5.6 %Random
Rwork0.2582 0 --
obs0.2719 2027 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 367 2 0 369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0138633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055971
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0514176
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4727 15 8.43 %
Rwork0.444 178 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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